[zbiorczy] Dinozaury - nowe informacje 2017

[Ag.Ent]

Z kompleksowymi zmianami bym jednak poczekał - na razie mamy jedną analizę baaaaaardzo różniącą się od konsensusu. Zobaczymy, co na to inni - a na pewno będzie to szeroko dyskutowane.

Szczerze mówiąc, dla mnie to najbardziej szokująca praca w tym roku (a właściwie to już od bardzo dawna). W najbliższym czasie będę musiał się dokładnie z nią zapoznać, żeby wyrobić sobie konkretniejsze zdanie.

Z mniej sensacyjnych informacji:
Jiang B. et al. 2017. Cellular preservation of musculoskeletal specializations in the Cretaceous bird Confuciusornis. Nat. Commun. 8, 14779. https://doi.org/10.1038/ncomms14779

[nazuul]

"Z kompleksowymi zmianami bym jednak poczekał" - ja też. Tylko w nowych opisach bym raczej nie wpisywał Saurischia i Ornithischia. W Kategoria:Dinosauria bym zrobił trychotomię u podstawy. Patrząc na dane z suplementu, to analiza jest raczej mocna.

kto napisze sensację na główną?

[nazuul]

Ja coś machne

[Ag.Ent]

"Z kompleksowymi zmianami bym jednak poczekał" - ja też. Tylko w nowych opisach bym raczej nie wpisywał Saurischia i Ornithischia. W Kategoria:Dinosauria bym zrobił trychotomię u podstawy. Patrząc na dane z suplementu, to analiza jest raczej mocna.

Zależy w których opisach ;) W przypadku zauropodomorfów nazwa Saurischia jest dalej niekwestionowana, a w przypadku ptasiomiednicznych - Ornithischia. Nie wiadomo tylko, czy teropody są gadziomiedniczne (ha, jak to brzmi ).

Co do trychotomii (Sauropodomorpha, Theropoda, Ornithischia) to chyba dobry pomysł. Tylko co wtedy z herrerazaurami? Wrzucamy je do zauropodomorfów? Trochę głupio to wygląda (chociaż 40-50 lat temu tak je klasyfikowano).

Biorąc pod uwagę tę nową filogenezę interesująco przedstawiałyby się też m.in. ewolucja piór (apomorfia Ornithoscelida?). Warto jednak zauważyć, że w analizie Barona i in. brakuje kilku ważnych taksonów, jak Buriolestes, który miałby istotne implikacje dla ewolucji sposobu pobierania pokarmu (i ogólnie ustalenia, które stany cech są pierwotne), zwłaszcza jeśli to faktycznie zauropodomorf.

[nazuul]

gotowe (wkleiłem też ostatnie zdanie poprzednika):

Jesteśmy świadkami największej rewolucji w dziedzinie badań nad pokrewieństwem dinozaurów od wielu lat. Właśnie opublikowane w Nature badanie brytyjskich naukowców - Matthewa Barona, Davida Normana i Paula Barretta zatrząsnęło samymi podstawami.
Podchodząc do tematu, Baron i współpracownicy przyjęli za punkt wyjścia swoją specjalizację - dinozaury ptasiomiedniczne. Zauważyli, że w badaniach nad wczesną ewolucją dinozaurów jest ich mało a punkt ciężkości debaty spoczywa na gadziomiednicznych. Naukowcy zebrali setki cech anatomicznych z poprzednich badań i dodali ponad 60 nowych. Stworzyli więc macierz danych zawierającą 74 gatunki i 457 ich zmiennych cech.

Jak sądzono od 1887 r., dinozaury dzieliły się na Ornitischia (ptasiomiedniczne) i Saurischia (gadziomiedniczne). Do tych ostatnich zalicza się drapieżne Theropoda (w tym ptaki) i roślinożerne Sauropomorpha. Badanie Barona i in. burzy ten schemat.
Najważniejszym wynikiem nowej analizy jest pokrewieństwo teropodów i ptasiomiednicznych. Sauropomorpha, do których należą Herrerasauria, oddzieliły się wcześniej. Dinozaury były pierwotnie dwunożne i wszystkożerne. Herrerasauria i Theropoda przystosowały się do drapieżnictwa a Sauropomorpha i Ornitischia do pożywiania się roślinami.
Dodać trzeba, że nowa hipoteza ma silne wsparcie. Uzyskanie tradycyjnego kladu Theropoda+Sauropomorpha, z wyłączeniem Ornitischia, powoduje zwiększenie liczby potrzebnych do takiego scenariusza zmian ewolucyjnych o 20. Ornitischia i Theropoda łączy 21 cech, m.in. diasterma na przedzie górnej szczęki i zrośnięcie kości stępu i śródstopia (wiele z nich wcześniej wskazał Mickey Mortimer [online, 2010]). Zwraca uwagę, że poza pterozaurami nitkowate włókna pokrywające ciało (prapióra?) znane są właśnie u teropodów i dinozaurów ptasiomiednicznych.
Istotnym wynikiem jest pozycja środkowotriasowego (anizyk, 247-242 mln lat temu) Nyasasaurus. Jest on zauropodomorfem bardziej zaawansowanym od Herrerasauria, Guaibasauridae, Thecodontosauridae i Plateosauridae. Zatem grupy te musiały istnieć już w środkowym triasie. Autorzy powołali się jednak na informację od Sterlinga Nesbitta, że datowanie osadów, z których pochodzi Nyasasaurus jest obecnie przedmiotem rewizji.
Poza tym badanie ma też inne ciekawe, lecz nie aż tak fundamentalne wyniki, np. Dracoraptor i Sarcosaurus w Dilophosauridae. Ponadto zauropodomorfowe cechy Eoraptor są problematyczne.
Warto jednak zauważyć, że w analizie Barona i in. brakuje kilku ważnych taksonów, jak Buriolestes, który miałby istotne implikacje dla ewolucji sposobu pobierania pokarmu i ogólnie ustalenia, które stany cech są pierwotne. Przez brak bardziej zaawansowanych teropodów nowe badanie niewiele mówi o ich ewolucji.

Baron i in. zaproponowali kilka zmian w nazewnictwie. Klad Ornitischia+Theropoda określili nieużywaną od dziesiątek lat nazwą Ornithoscelida (Huxley, 1870). Konieczne okazało się przedefiniowanie wielu nazw kladów. Zastrzeżenia budzą dwie propozycje. Przyjęto, że Saurischia ma zawierać zauropody, lecz niekoniecznie teropody, co stoi w sprzeczności z tradycyjną zawartością tej nazwy. Należało raczej zdefiniować Saurischia jako najszerszy klad zawierający teropoda (np. Megalosaurus) i zauropoda (np. Cetiosaurus), lecz nie ptasiomiednicznego (np. Triceratops). W przedstawionym przez Barona i in. schemacie nazwa Saurischia by się więc nie pojawiła. Zbędna jest zmiana definicji Sauropomorpha, z której wykluczono Herrerasauria. Przynależność herrezaurów do zauropodomorfów nie powinna być problemem.


Baron, M., Norman, D.B. & Barrett, P.M. (2017) "A new hypothesis of dinosaur relationships and early dinosaur evolution" Nature, 543, 501–506 doi:10.1038/nature21700
Mortimer, M. (online, 2010) http://theropoddatabase.blogspot.com/20 ... -that.html

rysunki:
https://www.cam.ac.uk/research/news/new ... amily-tree

------

W przypadku zauropodomorfów nazwa Saurischia jest dalej niekwestionowana

wg mnie to kiepski pomysł, jak wyżej napisałem

Co do trychotomii (Sauropodomorpha, Theropoda, Ornithischia) to chyba dobry pomysł. Tylko co wtedy z herrerazaurami?

kolejny element politomii
EDIT: nic, nie muszą być kategorią w ED

[Dino]

Fajne, wklejone, poprawione kilka błędów:
http://www.dinozaury.com/2017/03/23/now ... inozaurow/

[Daniel Madzia]

Dodać trzeba, że nowa hipoteza ma silne wsparcie.

Niezbyt. Bootstrap jest niski (66). Metodologicznie mam rowniez zastrzezenia. Skoro oczywiste bylo, ze o pracy bedzie sie pisalo jako o "największej rewolucji w dziedzinie badań nad pokrewieństwem dinozaurów od wielu lat", trzeba bylo bardziej sie postarac oraz - w wypadku recenzentow - koniecznie zasugerowac kolejne testy przy uzyciu innych metod (szczegolnie Bayesowskich). Ewidentnie wazniejszy byl efekt "wow" niz nauka. Niestety kolejne badania ponownie laczace teropody z zauropodomorfami nie beda tak naglosnione...

A wiekszej zbrodni na nomenklaturze filogenetycznej nie mozna bylo popelnic...

[nazuul]

Wiem, wiem. Decay index też nie powala. Ale podane przeze mnie w tekście, celowo sensacyjne dane o wsparciu są mocne a nie chciałem się zbytnio rozwijać. Fajnie by było, gdyby standardowo analizowano też metodą bayesowską.
Masz jakieś zastrzeżenia co do definicji prócz ww. przeze mnie i prócz doboru specyfikatorów?

EDIT:
przykładowe zmiany w ED:
- prawdopodobny teropod: http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... ldid=18122
- teropod: http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... ldid=18975

[Ag.Ent]

Dodać trzeba, że nowa hipoteza ma silne wsparcie.

Niezbyt. Bootstrap jest niski (66). (...)

Wiem, wiem. Decay index też nie powala. (...)

Bootstrap nie jest za wysoki, ale Bremer już dość przyzwoity (to nie jest "1" przy każdym węźle). No i liczba potencjalnych synapomorfii dla Ornithoscelida jest jednak duża (21 jednoznacznych i 6 niejednoznacznych).

Jest też kwestia bardzo ubogiego zapisu kopalnego ptasiomiednicznych z triasu. Już kilka lat temu Padian (2013) sugerował (w ostrożnych słowach), że jeśli dalej z triasowych osadów nie będzie się opisywać ich przedstawicieli, to należałoby się zastanowić, czy Ornithischia nie mogły wyewoluować z którychś "gadziomiednicznych". Na razie podchodzę z dużą rezerwą do koncepcji Barona i in., ale póki co jest chyba bardziej zgodna ze stratygrafią znanych form niż koncepcja Saurischia/Ornithischia.

[nazuul]

http://theropoddatabase.blogspot.com/20 ... lives.html
Kilka ciekawych spostrzeżeń. Jak to zwykle bywa, zgadzam się z opiniami Mortimera. Zob. tez trafne komentarze Marjanovića

Dodać trzeba, że nowa hipoteza ma silne wsparcie.

Niezbyt. Bootstrap jest niski (66). (...)

Wiem, wiem. Decay index też nie powala. (...)

Bootstrap nie jest za wysoki, ale Bremer już dość przyzwoity (to nie jest "1" przy każdym węźle).

Nie 1 . Kwestia oceny.

Szczerze mówiąc, dla mnie to najbardziej szokująca praca w tym roku (a właściwie to już od bardzo dawna)

Serio? Mnie nawet nie zdziwiło to. Kilka dni wcześniej czytałem ponownie właśnie post Mortimera z 2010 r. (jest też to: http://theropoddatabase.blogspot.com/20 ... other.html - ciekawe, ale chyba jednak nie: http://theropoda.blogspot.com/2010/09/o ... auria.html ).
Hmm, co mnie szokowało ostatnio... Notoryctes jako dryolestoid, Tullimontrum jako kręgowiec, >200 anchiornisów

Ja bym jednak tak proponował (co do innych definicji zob. wskazany na wstępnie wpis Mortimera):
http://www.encyklopedia.dinozaury.com/i ... ldid=19155
http://www.encyklopedia.dinozaury.com/i ... ldid=19153

[szerman]

Czyli będziemy w ED wpisywać grupę Ornithoscelida tylko dla niepewnych teropodów? Nie zapoznałem się dokładnie z pracką (tak naprawdę praktycznie tylko artem Macieja i Tomka), ale im mniej niepotrzebnych ingerencji w ED, tym lepiej.

[nazuul]

Tak. Proponuję zawsze wpisywać w systematyce Ornithischia, Sauropodomorpha i Theropoda i takie też kategorie. Ornithoscelida rzadko będzie potrzebne tak naprawdę - a własciwie nigdy. Identyczna (teoretycznie) jest sytuacja ze Saurischia (oba to klady, do których należy Theropoda i druga grupa i są ważne przy jednej z hipotez [tradycyjna/Baron et al.] a przy alternatywnej stają się synonimem Dinosauria). Czy ze Saurischia rezygnować zupełnie? Chyba jednak nie, bo po pierwsze to dużo mało sensownej roboty a po drugie między Saurischia a Ornithoscelida jest taka różnica, że są taksony, które mogą być bazalnymi Saurischia i/lub mają niepewną pozycję w tym kladzie (np. herrerazaur, tawa) - ale zawsze należą do Saurischia (w hipotezie Baron et al. Saurischia = Dinosauria). Natomiast nie ma taksonów, których przynależność do Ornithoscelida jest kwestionowana - póki co (należy się spodziewać odkrycia taksonów, których zaklasyfikowanie to teropodów lub ptasiomiednicznych będzie kłopotliwe tak jak jest np. z eoraptorem: Dinosauria: Saurischia [?=Dinosauria]: ?Eusaurischia: ?Sauropodomorpha/?Theropoda).
Herrerazaury to bym tak rozwiązał: http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... ldid=18614

trzy podstawowe hipotezy filogenetyczne:
tradycyjna [Saurischia ważne] z problematycznymi Saurischia w Theropoda http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... n..2C_2009
tradycyjna [Saurischia ważne]z problematycznymi Saurischia u podtsawy tego kaldu http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... 16_.28I.29
Baron et al. [Ornithoscelida ważne] http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... n..2C_2017

Jest to może skomplikowane, ale znacznie prostsze niż systematyka Abelisauridae.

artem Macieja i Tomka

właściwie to ja tylko (bez pytania się o zgodę) zamieściłem w artykule jedno zdanie, które Tomek napisał na forum (bo nie chciało mi się tego samego drugi raz pisać), który wcale może nie zgadzać się z opiniami z tego artykułu - także trudno tu mówić o autorstwie... pewnie powinienem przeredagować, wpisując zamiast "Warto jednak zauważyć", "Jak TS zwuważył,"

[szerman]

No właśnie - najsensowniej będzie zostawić w klasyfikacji Saurischia i w jego haśle dopisać spostrzeżenia Barona i in.

[Utahraptor]

Mówiłem, by nie używać Saurischia w systematyce?

trzeba bylo bardziej sie postarac oraz - w wypadku recenzentow - koniecznie zasugerowac kolejne testy przy uzyciu innych metod (szczegolnie Bayesowskich).

Czy ja wiem, czy w tym przypadku to by wiele zmieniło? Publikacje, które czytałem, a które używały obu tych metod, miały prawie identyczne wyniki przy obu metodach. Raczej sięgnąłbym po metody wykorzystujące czas geologiczny ;)
Moim zdaniem powinniśmy się skupić na tym jakie cechy wspierają taką topologię, a nie dyskutować o nomenklaturze, czy numerkach. To jest oddalanie sprawy od meritum, co widać na przytoczonych blogach. Może wieczorem przeczytam dokładnie pracę i wtedy opowiem się za lub przeciw tej hipotezie. Po pobieżnym przejrzeniu pracy wygląda to trochę na przyciąganie długich gałęzi: z jednej strony krótkie gałęzie herrerazaurydów i zauropodomorfów, a z drugiej długie teropodów i ptasiomiednicznych (oczywiście z małymi wyjątkami).
Rozstrzygnięcie pewnie i tak przyjdzie dopiero z jakimś karnijskim ptasiomiednicznym. Swoją drogą gdzie ten moment, gdy były tylko dwie gałęzie dinozaurów?

[nazuul]

Mówiłem, by nie używać Saurischia w systematyce?

stan się diametralnie zmienił.
Najważniejsze klady powinny zawsze być, żeby można się było zorientować jakie jest pokreiweństwo iluś dowolnie wybranych dinków z ED, kategorie to są właśnie te najważniejsze klady. Ważna jest spójność. Mimo wszystko (tj. mimo Baron et al.) to jest istotna jednostka. W najnowszych hasłach (Saurophaganax i Xingxiulong) zastosowano Saurischia tylko jako kategorię - wydaje się, że to ma sens. Zastanawiam się jeszcze nad tym.

Publikacje, które czytałem, a które używały obu tych metod, miały prawie identyczne wyniki przy obu metodach.

pierwsze, które przyszły mi do głowy:
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... z.2C_2010A (por. 1-4 z 5)
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... _.28IIb.29 vs. http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... _.28IIa.29
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... 6_.28Ib.29 vs http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... 6_.28Ia.29
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... hy.2C_2012 vs. http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... ..2C_2011B

Moim zdaniem powinniśmy się skupić na tym jakie cechy wspierają taką topologię, a nie dyskutować o nomenklaturze, czy numerkach. To jest oddalanie sprawy od meritum, co widać na przytoczonych blogach.

i też jakie cechy podważają taką topologię
wszystkie te zagadnienia są ważne, może nomenklatura trochę mniej

co do czasu, to mam takie samo wrażenie jak Ag.Ent, że nowa hipoteza jest bardziej zgodna z czasem, ale to by trzeba przetestować a nie zdawać się na wrażenie

Po pobieżnym przejrzeniu pracy wygląda to trochę na przyciąganie długich gałęzi: z jednej strony krótkie gałęzie herrerazaurydów i zauropodomorfów, a z drugiej długie teropodów i ptasiomiednicznych (oczywiście z małymi wyjątkami).

skąd taki wniosek?

[Utahraptor]

pierwsze, które przyszły mi do głowy:
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... z.2C_2010A (por. 1-4 z 5)
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... _.28IIb.29 vs. http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... _.28IIa.29
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... 6_.28Ib.29 vs http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... 6_.28Ia.29
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... hy.2C_2012 vs. http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... ..2C_2011B

Yyy, pod linkami kryją się dziesiątki taksonów na różnych drzewach, co wymaga sporo czasu, by je porównać. Mógłbyś po prostu napisać, czy są podobne, czy nie?

Moim zdaniem powinniśmy się skupić na tym jakie cechy wspierają taką topologię, a nie dyskutować o nomenklaturze, czy numerkach. To jest oddalanie sprawy od meritum, co widać na przytoczonych blogach.

i też jakie cechy podważają taką topologię
wszystkie te zagadnienia są ważne, może nomenklatura trochę mniej

To ile cech wspiera i jakie są wsparcia gałęzi jest mało istotne, bo cechy morfologiczne są subiektywne i nierównoważne, więc te liczbowe wyniki są sztuczne. Jeśli chodzi o kwestie nomenklatoryczne, to, pomimo zamieszania stworzonego przez autorów, nadal dobrze się rozumiemy, więc też nie widzę sensu by się nad tym jakoś dłużej pochylać. Natomiast cechy, które mogą tę topologię wspierać lub nie, są istotą tego doniesienia naukowego.

co do czasu, to mam takie samo wrażenie jak Ag.Ent, że nowa hipoteza jest bardziej zgodna z czasem, ale to by trzeba przetestować a nie zdawać się na wrażenie

Po pobieżnym przejrzeniu pracy wygląda to trochę na przyciąganie długich gałęzi: z jednej strony krótkie gałęzie herrerazaurydów i zauropodomorfów, a z drugiej długie teropodów i ptasiomiednicznych (oczywiście z małymi wyjątkami).

skąd taki wniosek?

Nie wniosek, a wrażenie ;) Wczesnych Ornithoscelida jest bardzo mało: pizanozaur, eoraptor i eodromeus - reszta to już koniec triasu, albo początek jury. Natomiast nowe Saurischia mają ciągły bogaty zapis od karniku. Moje wrażenie może być też podyktowane przez dziwne ustawianie tych gałęzi na skali czasu. Taksony z Santa Maria są u początku późnego triasu, a silezaur na środku noryku

Udało mi się przeczytać artykuł. Autorzy znaleźli szereg podobieństw między ptasiomiednicznymi a teropodami w całym niemal szkielecie. Podobieństwa w kończynach to raczej kwestia podobnej lokomocji, czyli szybkiej dwunożności. Jeśli miałbym podważać hipotezę o ich bliskim pokrewieństwie, to powiedziałbym, że podobieństwa w budowie szczęk, to wspólne pozostałości po wszystkożerności. Natomiast podobieństwa w mózgoczaszce mogą wynikać z podobnego ustawienia szyi? Niemniej rzeczywiście trudno powiedzieć które wspólne cechy, to symplezjomorfie, a które synapomorfie, a które to zwykła konwergencja. Zwłaszcza w sytuacji, gdy jakaś linia szybko podzieliła się na trzy różne. Niemniej podział na mało zwinne zauropodomorfy i herrerazaurydy oraz na zwinne ptasiomiedniczne i teropody może być sztuczny. Dlaczego ptasiomiedniczne miałyby utracić pneumatyzację szkieletu osiowego? Gdzie w tym wszystkim jest miejsce dla silezaurów?

[nazuul]

pierwsze, które przyszły mi do głowy:
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... z.2C_2010A (por. 1-4 z 5)
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... _.28IIb.29 vs. http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... _.28IIa.29
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... 6_.28Ib.29 vs http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... 6_.28Ia.29
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... hy.2C_2012 vs. http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... ..2C_2011B

Yyy, pod linkami kryją się dziesiątki taksonów na różnych drzewach, co wymaga sporo czasu, by je porównać. Mógłbyś po prostu napisać, czy są podobne, czy nie?

to kwestia oceny, wiec porównać musisz sam. Jak dla mnie różnice są znaczące.

Moim zdaniem powinniśmy się skupić na tym jakie cechy wspierają taką topologię, a nie dyskutować o nomenklaturze, czy numerkach. To jest oddalanie sprawy od meritum, co widać na przytoczonych blogach.

i też jakie cechy podważają taką topologię
wszystkie te zagadnienia są ważne, może nomenklatura trochę mniej

To ile cech wspiera i jakie są wsparcia gałęzi jest mało istotne, bo cechy morfologiczne są subiektywne i nierównoważne, więc te liczbowe wyniki są sztuczne.

polska szkoła paleontologii... ehhh, czyli wchodzimy znów w ocenę metodologii.
To samo na pewno można powiedzieć o pracach wspierających tradycyjną hipotezę.
Ciekawe, na ile prawdopodobna jest hipoteza Phytodinosauria: (Ornithischa+Sauropodomorpha)Theropoda. Patrząc na takiego buriolesta, to źle ona wygląda, ale kto wie.

Jeśli chodzi o kwestie nomenklatoryczne, to, pomimo zamieszania stworzonego przez autorów, nadal dobrze się rozumiemy, więc też nie widzę sensu by się nad tym jakoś dłużej pochylać.

Ja Ciebie rozumiem, ale nie zgadzam się z Twoim użyciem nazwy Saurischia i Sauropodomorpha, tj. sensu Baron et al.

Natomiast cechy, które mogą tę topologię wspierać lub nie, są istotą tego doniesienia naukowego.

jeśli coś jest istotą, jest to sama topologia

Wczesnych Ornithoscelida jest bardzo mało: pizanozaur, eoraptor i eodromeus - reszta to już koniec triasu, albo początek jury. Natomiast nowe Saurischia mają ciągły bogaty zapis od karniku.

Ta wiara, że zapis jest dobry...
Zauropodomorfy się zróżnicowały, bo miały więcej czasu, albo z jakichkolwiek innych przyczyn w zapisie kopalnym albo choćby w tej topologii jest ich więcej. Podstawowa teza publikacji to Ornithoscelida. Herrerazaury czy Guaibasaurus mogą równie dobrze być ornitoscelidami. Ja bym nie przykładał do tego wagi.
Twoje dostrzeżenie LBA w ogóle mnie nie przekonuje.

Moje wrażenie może być też podyktowane przez dziwne ustawianie tych gałęzi na skali czasu.

fakt. Jest dziwne (por. np. taksony z Ischigualasto z DOI: 10.1080/02724634.2013.818546), ale może o czymś nie wiemy .

Autorzy znaleźli szereg podobieństw między ptasiomiednicznymi a teropodami w całym niemal szkielecie. Podobieństwa w kończynach to raczej kwestia podobnej lokomocji, czyli szybkiej dwunożności.

Jakże to byłoby proste, gdyby to tylko o to chodziło i gdyby zawsze cechy związane np. z lokomocją nie były informatywne. Jak to było fajnie, gdy się klasyfikowało wg kilku kluczowych cech.
Ale czy na pewno wynikają z podobnej lokomocji?
Za ryc. 2:
cecha 12: nie widzę związku z lokomocją
cecha 13: jw.
cecha 14: chyba jest związek
cecha 15: jest związek
cecha 16: nie wiem
cecha 17: nie wiem
cecha 18: nie wiem

Jeśli miałbym podważać hipotezę o ich bliskim pokrewieństwie, to powiedziałbym, że podobieństwa w budowie szczęk, to wspólne pozostałości po wszystkożerności. Natomiast podobieństwa w mózgoczaszce mogą wynikać z podobnego ustawienia szyi?

których ciekawe czemu zauropodomorfy nie mają...
Ale czyżby? Ja z reguły nie dostrzegam takiego związku, bo nie wiem po prostu (to nie na mnie jednak spoczywa ciężar dowodu):
1, nie widzę związku
2, nie wiem
3, nie widzę związku;
4, nie widzę związku
5, nie wiem;
6, nie wiem
7, chyba jest związek;
8, nie wiem;
9, nie wiem;
10, nie widzę związku;
11, chyba jest związek

Niemniej rzeczywiście trudno powiedzieć które wspólne cechy, to symplezjomorfie, a które synapomorfie, a które to zwykła konwergencja. Zwłaszcza w sytuacji, gdy jakaś linia szybko podzieliła się na trzy różne.

Tylko jak to sensownie przetestować? Wg Ciebie rozmieszczeniem czasowym taksonów albo stwierdzeniem a priori wagi cech?

Niemniej podział na mało zwinne zauropodomorfy i herrerazaurydy oraz na zwinne ptasiomiedniczne i teropody może być sztuczny.

może. A może nie
ale czy na pewno taki Pampadromaeus albo Buriolestes są mało zwinne? To by trzeba pomierzyć proporcje, i zob. też powyższa dyskusję o przystosowaniach lokomocyjnych

Dlaczego ptasiomiedniczne miałyby utracić pneumatyzację szkieletu osiowego?

To jest problematyczne przy każdej hipotezie filogenezy

Gdzie w tym wszystkim jest miejsce dla silezaurów?

Nie wiadomo. Wg Barona i in. wiemy gdzie.

[Utahraptor]

pierwsze, które przyszły mi do głowy:
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... z.2C_2010A (por. 1-4 z 5)
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... _.28IIb.29 vs. http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... _.28IIa.29
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... 6_.28Ib.29 vs http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... 6_.28Ia.29
http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... hy.2C_2012 vs. http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... ..2C_2011B

Yyy, pod linkami kryją się dziesiątki taksonów na różnych drzewach, co wymaga sporo czasu, by je porównać. Mógłbyś po prostu napisać, czy są podobne, czy nie?

to kwestia oceny, wiec porównać musisz sam. Jak dla mnie różnice są znaczące.

Jeśli twoim zdaniem różnice są znaczące, to można spróbować.

To ile cech wspiera i jakie są wsparcia gałęzi jest mało istotne, bo cechy morfologiczne są subiektywne i nierównoważne, więc te liczbowe wyniki są sztuczne.

polska szkoła paleontologii... ehhh, czyli wchodzimy znów w ocenę metodologii.
To samo na pewno można powiedzieć o pracach wspierających tradycyjną hipotezę.

Nie miałem zamiaru krytykować w ten sposób kladystyki, ani wyników tej pracy. Chodziło mi o to, że liczba cech, bootstrap itd. będą zależały od tego jak Ci badacze subiektywnie podzielą morfologię tych zwierząt na cechy. Dlatego skupiłbym się na tej morfologii, od której to wszystko się wzięło.

Jeśli chodzi o kwestie nomenklatoryczne, to, pomimo zamieszania stworzonego przez autorów, nadal dobrze się rozumiemy, więc też nie widzę sensu by się nad tym jakoś dłużej pochylać.

Ja Ciebie rozumiem, ale nie zgadzam się z Twoim użyciem nazwy Saurischia i Sauropodomorpha, tj. sensu Baron et al.

Rozumiem wasze niezadowolenie, ale pogadajmy o morfologii tych zwierząt ;)

Natomiast cechy, które mogą tę topologię wspierać lub nie, są istotą tego doniesienia naukowego.

jeśli coś jest istotą, jest to sama topologia

Ale wynika ona z zastosowanych cech ;)

Wczesnych Ornithoscelida jest bardzo mało: pizanozaur, eoraptor i eodromeus - reszta to już koniec triasu, albo początek jury. Natomiast nowe Saurischia mają ciągły bogaty zapis od karniku.

Ta wiara, że zapis jest dobry...
Zauropodomorfy się zróżnicowały, bo miały więcej czasu, albo z jakichkolwiek innych przyczyn w zapisie kopalnym albo choćby w tej topologii jest ich więcej. Podstawowa teza publikacji to Ornithoscelida. Herrerazaury czy Guaibasaurus mogą równie dobrze być ornitoscelidami. Ja bym nie przykładał do tego wagi.
Twoje dostrzeżenie LBA w ogóle mnie nie przekonuje.

Nie chodziło mi o to, że hipoteza kłóci się z zapisem kopalnym lub nie. Zalecałbym po prostu sceptycyzm, gdy stosujemy metodę podatną na LBA.

Moje wrażenie może być też podyktowane przez dziwne ustawianie tych gałęzi na skali czasu.

fakt. Jest dziwne (por. np. taksony z Ischigualasto z DOI: 10.1080/02724634.2013.818546), ale może o czymś nie wiemy .

Możliwe, bardzo bym się ucieszył z doprecyzowania stratygraficznego wielu triasowych znalezisk. Myślę, że tego typu artykuły będą temu sprzyjały.

Autorzy znaleźli szereg podobieństw między ptasiomiednicznymi a teropodami w całym niemal szkielecie. Podobieństwa w kończynach to raczej kwestia podobnej lokomocji, czyli szybkiej dwunożności.

Jakże to byłoby proste, gdyby to tylko o to chodziło i gdyby zawsze cechy związane np. z lokomocją nie były informatywne. Jak to było fajnie, gdy się klasyfikowało wg kilku kluczowych cech.
Ale czy na pewno wynikają z podobnej lokomocji?
Za ryc. 2:
cecha 12: nie widzę związku z lokomocją
cecha 13: jw.
[...]
cecha 18: nie wiem

Jeśli miałbym podważać hipotezę o ich bliskim pokrewieństwie, to powiedziałbym, że podobieństwa w budowie szczęk, to wspólne pozostałości po wszystkożerności. Natomiast podobieństwa w mózgoczaszce mogą wynikać z podobnego ustawienia szyi?

których ciekawe czemu zauropodomorfy nie mają...
Ale czyżby? Ja z reguły nie dostrzegam takiego związku, bo nie wiem po prostu (to nie na mnie jednak spoczywa ciężar dowodu):
1, nie widzę związku
2, nie wiem
[...]

Niemniej rzeczywiście trudno powiedzieć które wspólne cechy, to symplezjomorfie, a które synapomorfie, a które to zwykła konwergencja. Zwłaszcza w sytuacji, gdy jakaś linia szybko podzieliła się na trzy różne.

Tylko jak to sensownie przetestować? Wg Ciebie rozmieszczeniem czasowym taksonów albo stwierdzeniem a priori wagi cech?

Niemniej podział na mało zwinne zauropodomorfy i herrerazaurydy oraz na zwinne ptasiomiedniczne i teropody może być sztuczny.

może. A może nie
ale czy na pewno taki Pampadromaeus albo Buriolestes są mało zwinne? To by trzeba pomierzyć proporcje, i zob. też powyższa dyskusję o przystosowaniach lokomocyjnych

Redukcja i zrastanie się różnych elementów w stopie jest często obserwowana u szybko biegających zwierząt. Natomiast budowa ręki służyła innym celom, gdy zwierzę biega na dwóch nogach. Oczywiście te cechy mogły powstać jeszcze u wspólnego przodka, przez co być przydatne filogenetycznie. Chciałem zwrócić uwagę na to, że mamy zwierzęta o różnych tendencjach ewolucyjnych. Jedne doskonaliły zdolności do szybkiego, dwunożnego biegu (ptasiomiedniczne i teropody), drugie ku dużym rozmiarom ciała i powolnej lokomocji. Nie mówię, że to nie może się pokrywać z rzeczywistą filogenezą. Na pewno Baronowi i in. nie można zarzucić, że proponowane przez nich synapomorfie są w jakiś oczywisty sposób skorelowane ze sobą. Jak rozstrzygnąć ten spór? Nie wiem. Wiemy trochę mało o triasowych ptasiomiednicznych, więc niepewność pozostanie. Na pewno warto dyskutować o cechach. Kiedy pojawiają się w zapisie kopalnym? Które są ze sobą mocniej skorelowane od innych? Jakie znaczenie miały dla biologii tych zwierząt? Na ile rzeczywiście są podobne między różnymi grupami?

Gdzie w tym wszystkim jest miejsce dla silezaurów?

Nie wiadomo. Wg Barona i in. wiemy gdzie.

Nie spodziewam się tu rewelacji, ale przyjrzę się silezaurowi pod kątem cech Ornithoscelida.

[Ag.Ent]

Szczerze mówiąc, dla mnie to najbardziej szokująca praca w tym roku (a właściwie to już od bardzo dawna)

Serio? Mnie nawet nie zdziwiło to. Kilka dni wcześniej czytałem ponownie właśnie post Mortimera z 2010 r.
(...)
Hmm, co mnie szokowało ostatnio... Notoryctes jako dryolestoid, Tullimontrum jako kręgowiec, >200 anchiornisów

Fakt, w pierwszej chwili praca Barona i in. rzeczywiście mnie zszokowała, ale kiedy na spokojnie przeczytałem artykuł i trochę się nad tym zastanowiłem, to też ten "szok" minął Właściwie to jakiś czas temu po lekturze artykułu Padiana (2013) miałem nawet jeszcze bardziej "heretyckie" pomysły nt. pokrewieństwa ptasiomiednicznych ;)

Z kolei mnie z tych prac, które wymieniłeś, żadna nie zszokowała ;) (a Notoryctes formalnie dalej nieopublikowany...).

Nie chodziło mi o to, że hipoteza kłóci się z zapisem kopalnym lub nie. Zalecałbym po prostu sceptycyzm, gdy stosujemy metodę podatną na LBA.

Która nie jest?

Redukcja i zrastanie się różnych elementów w stopie jest często obserwowana u szybko biegających zwierząt. Natomiast budowa ręki służyła innym celom, gdy zwierzę biega na dwóch nogach. Oczywiście te cechy mogły powstać jeszcze u wspólnego przodka, przez co być przydatne filogenetycznie. Chciałem zwrócić uwagę na to, że mamy zwierzęta o różnych tendencjach ewolucyjnych. Jedne doskonaliły zdolności do szybkiego, dwunożnego biegu (ptasiomiedniczne i teropody), drugie ku dużym rozmiarom ciała i powolnej lokomocji. Nie mówię, że to nie może się pokrywać z rzeczywistą filogenezą. Na pewno Baronowi i in. nie można zarzucić, że proponowane przez nich synapomorfie są w jakiś oczywisty sposób skorelowane ze sobą. Jak rozstrzygnąć ten spór? Nie wiem. Wiemy trochę mało o triasowych ptasiomiednicznych, więc niepewność pozostanie. Na pewno warto dyskutować o cechach. Kiedy pojawiają się w zapisie kopalnym? Które są ze sobą mocniej skorelowane od innych? Jakie znaczenie miały dla biologii tych zwierząt? Na ile rzeczywiście są podobne między różnymi grupami?

Wydaje się, że niezależnie od koncepcji filogenetycznych, dinozaury są pierwotnie dwunożne. Kończyna przednia ulega wtedy "uwolnieniu" i nie podlega takiej presji związanej z poruszaniem się. Na ile więc prawdopodobne jest, by np. cechy 12 i 13 (Baron i in. 2017: ryc. 2) powstały niezależnie u teropodów i ptasiomiednicznych? Co do tych "tendencji ewolucyjnych" dotyczących lokomocji, to też moim zdaniem za duże uproszczenie. U ptasiomiednicznych częściej dochodziło do powstania czworonożności niż jakiegoś szczególnego doskonalenia biegania. Ponadto np. cechy kursorialne u heterodontozaurów mogą być autapomorficzne dla tej grupy. Co do cech czaszki, to też nie jestem przekonany, by większość z nich miała silny związek ze sposobem pobierania pokarmu (choć niektóre raczej tak). Zastanawiam się, co z tą diastemą - u ssaków roślinożernych odpowiada ona funkcjonalnemu podziałowi na zęby zrywające pokarm i rozcierające go. Może taki podział występował u heterodontozaura, ale wątpię, by był obecny u eoraptora.

Natomiast w kwestii nomenklatury (która jest mniej istotna) po zastanowieniu zgadzam się z Maciejem (i chyba też Danielem). Jeśli w obrębie dinozaurów faktycznie pierwszy podział to Ornithoscelida/Sauropodomorpha, to nazwa Saurischia nie powinna być stosowana. Natomiast przedefiniowanie nazwy Dinosauria tak, by obejmowała zauropody, uważam za dobrą rzecz (dobór specyfikatorów to kwestia drugorzędna, choć Baron i in. mogli zrobić to lepiej).

[Utahraptor]

Nie chodziło mi o to, że hipoteza kłóci się z zapisem kopalnym lub nie. Zalecałbym po prostu sceptycyzm, gdy stosujemy metodę podatną na LBA.

Która nie jest?

Może inaczej - bardzo podatną ;)

Wydaje się, że niezależnie od koncepcji filogenetycznych, dinozaury są pierwotnie dwunożne. Kończyna przednia ulega wtedy "uwolnieniu" i nie podlega takiej presji związanej z poruszaniem się. Na ile więc prawdopodobne jest, by np. cechy 12 i 13 (Baron i in. 2017: ryc. 2) powstały niezależnie u teropodów i ptasiomiednicznych?

I silezaurów ;) Cechy te występują także u nich. Oczywiście kość ramieniowa nie ma bliższej końcówki tak rozszerzonej jak u teropodów czy ptasiomiednicznych, ale krzywizna jest wyraźna (z jakiegoś powodu nie widać jej na rysunkach Dzik (2003)).

Co do tych "tendencji ewolucyjnych" dotyczących lokomocji, to też moim zdaniem za duże uproszczenie. U ptasiomiednicznych częściej dochodziło do powstania czworonożności niż jakiegoś szczególnego doskonalenia biegania. Ponadto np. cechy kursorialne u heterodontozaurów mogą być autapomorficzne dla tej grupy. Co do cech czaszki, to też nie jestem przekonany, by większość z nich miała silny związek ze sposobem pobierania pokarmu (choć niektóre raczej tak). Zastanawiam się, co z tą diastemą - u ssaków roślinożernych odpowiada ona funkcjonalnemu podziałowi na zęby zrywające pokarm i rozcierające go. Może taki podział występował u heterodontozaura, ale wątpię, by był obecny u eoraptora.

Owszem, u ptasiomiednicznych często dochodziło do czworonożności, ale zobacz jakie taksony mamy na kladogramie A diastema? Występuje u obu grup, ale czy jest podobna? Nie. Pełniła tę samą funkcję? Raczej nie.
Nieoficjalnymi kanałami dochodzą do mnie słuchy, że środowisko naukowe (a przynajmniej jego część) reaguje bardzo sceptycznie. Podobno szykowana jest odpowiedź.
Nie mam czasu przeczesywać całego materiału silezaura, ale mam pod ręką kość piszczelową, która według cechy 16 i 17 (Baron i in. 2017: ryc. 2) należy do Ornithoscelida... Przynajmniej jeden kręg grzbietowo-krzyżowy też występuje u silezaura. Kiepsko to wygląda w przypadku cech pozaczaszkowych. Może wieczorem zerknę na czaszkę silezaura, ale długi kontakt między kością łuskową a kwadratową oraz długi wyrostek paroccipital też wydaje mi się występować u tego taksonu. :?

[Dino]

Mortimer przygląda się matrycy:
https://theropoddatabase.blogspot.com/2 ... l?spref=tw

[Utahraptor]

Może wieczorem zerknę na czaszkę silezaura, ale długi kontakt między kością łuskową a kwadratową oraz długi wyrostek paroccipital też wydaje mi się występować u tego taksonu. :?

Potwierdzam, że przynajmniej te dwie cechy też są u silezaura.

Mortimer przygląda się matrycy:
https://theropoddatabase.blogspot.com/2 ... l?spref=tw

Miazga, wygląda to gorzej niż myślałem. Mortimer porównuje macierz Barona do macierzy Petersa. Proponuje wstrzymać się z jakimikolwiek zmianami w ED pod Barona. Można ewentualnie zrobić hasło o Ornithoscelida jako ciekawostkę.

[Ag.Ent]

Miazga, wygląda to gorzej niż myślałem. Mortimer porównuje macierz Barona do macierzy Petersa. Proponuje wstrzymać się z jakimikolwiek zmianami w ED pod Barona. Można ewentualnie zrobić hasło o Ornithoscelida jako ciekawostkę.

Gwoli ścisłości nie samą macierz, tylko sposób sformułowania niektórych cech - wzajemna korelacja, nieprawidłowe uporządkowanie...

Natomiast hipotezę Ornithoscelida potwierdza megamacierz Cau. Ciekawe, co panowie wyprodukują wspólnymi siłami (+ Marjanović) - szykują się do napisania pracy do PeerJ.

[nazuul]

To ile cech wspiera i jakie są wsparcia gałęzi jest mało istotne, bo cechy morfologiczne są subiektywne i nierównoważne, więc te liczbowe wyniki są sztuczne.

polska szkoła paleontologii... ehhh, czyli wchodzimy znów w ocenę metodologii.
To samo na pewno można powiedzieć o pracach wspierających tradycyjną hipotezę.

Nie miałem zamiaru krytykować w ten sposób kladystyki, ani wyników tej pracy. Chodziło mi o to, że liczba cech, bootstrap itd. będą zależały od tego jak Ci badacze subiektywnie podzielą morfologię tych zwierząt na cechy. Dlatego skupiłbym się na tej morfologii, od której to wszystko się wzięło.

Zgadza się.
Dlatego post Mortimera jest tak ważny.
Ty jednak z góry stwierdziłeś, że „te liczbowe wyniki są sztuczne”, więc nie dziw się mojej reakcji.

Wczesnych Ornithoscelida jest bardzo mało: pizanozaur, eoraptor i eodromeus - reszta to już koniec triasu, albo początek jury. Natomiast nowe Saurischia mają ciągły bogaty zapis od karniku.

Ta wiara, że zapis jest dobry...
Zauropodomorfy się zróżnicowały, bo miały więcej czasu, albo z jakichkolwiek innych przyczyn w zapisie kopalnym albo choćby w tej topologii jest ich więcej. Podstawowa teza publikacji to Ornithoscelida. Herrerazaury czy Guaibasaurus mogą równie dobrze być ornitoscelidami. Ja bym nie przykładał do tego wagi.
Twoje dostrzeżenie LBA w ogóle mnie nie przekonuje.

Nie chodziło mi o to, że hipoteza kłóci się z zapisem kopalnym lub nie. Zalecałbym po prostu sceptycyzm, gdy stosujemy metodę podatną na LBA.

czyli właściwie zawsze

Redukcja i zrastanie się różnych elementów w stopie jest często obserwowana u szybko biegających zwierząt.

Ostatnio wziąłem na warsztat opis balaura – swego czasu sprawdzałem te zrośnięcia. Patrząc na dane tam zawarte (zostaną zaktualizowane jedynie w niewielkim stopniu), to u dwunożnych zwierząt (tj. teropodów) ja nie widzę takiej korelacji. Klasyczne szybkobiegające teropody (z arctometatarusus - http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... _-_tabelka oraz Limusaurus czy Elaphorosaurus) często nie mają zrośnięć. Można za to dostrzec, że zrośnięcia występują raczej u mniejszych taksonów (z arctometatarusalnych taksonów nie mają ich tyranozaurydy, ornitomimozaury, ale za to mają alwarezzaurydy). Zrośnięcia u balaura tłumaczy się czym innym (opis zaktualizowany niebawem).
Baron i in. wyróżnili tylko jeden przypadek zrośnięcia: fusion of distal tarsals to metatarsals.
Oczywiście zrastanie się jest zawsze skorelowane z ontogenezą a ta jest problematyczna u dinozaurów.

Natomiast budowa ręki służyła innym celom, gdy zwierzę biega na dwóch nogach.

nadal nie widzę związku z cechami 12-13. Uwolniona ręka mogła pójść w różnym kierunku.

Chciałem zwrócić uwagę na to, że mamy zwierzęta o różnych tendencjach ewolucyjnych. Jedne doskonaliły zdolności do szybkiego, dwunożnego biegu (ptasiomiedniczne i teropody), drugie ku dużym rozmiarom ciała i powolnej lokomocji. Nie mówię, że to nie może się pokrywać z rzeczywistą filogenezą.

Skąd przeświadczenie, że cechy związane z lokomocją są gorsze od innych? Inne cechy nie są przystosowaniami do czegoś? Skąd mamy wiedzieć, że cechy np. mózgoczaszki czy kręgów grzbietowych, które nie uwidaczniają jakiś ewidentnych (dających się łatwo rozpoznać), potencjalnie szybko ewoluujących cech, nie są właśnie takimi szybko ewoluującymi cechami. Albo skąd mamy wiedzieć, ile zmian w genach wymaga dana cecha? Moim zdaniem częste stwierdzanie, że „dana cecha jest związana z [odżywianiem, lokomocją itp.], więc jest mało informatywna filogenetycznie”, jest bezpodstawne. Nie wiemy po prostu, co mogło szybko ewoluuować np. 235 Ma u dinozaurów!

Miazga, wygląda to gorzej niż myślałem. Mortimer porównuje macierz Barona do macierzy Petersa. Proponuje wstrzymać się z jakimikolwiek zmianami w ED pod Barona. Można ewentualnie zrobić hasło o Ornithoscelida jako ciekawostkę.

Gwoli ścisłości nie samą macierz, tylko sposób sformułowania niektórych cech - wzajemna korelacja, nieprawidłowe uporządkowanie...

nie tylko. Kodowanie młodych taksonów tak jak dorosłych (zrośnięcia) to błąd w samych kodowań, wiele cech nie jest "ordered" ("additive"). Czyli sama macierz jest jest trefna.
To nie jest jednak aż taka "miazga" - wygląda to gorzej niż z reguły, ale często są tego typu błędy. Mortimer je nieraz wychwytuje, ale rzadko komu chce się sprawdzać macierze. To jest jeszcze łatwe w miarę do stwierdzenia, gorzej sprawa wygląda z pojedynczymi, przypadkowymi zerami zamiast jedynek.

po lekturze artykułu Padiana (2013) miałem nawet jeszcze bardziej "heretyckie" pomysły nt. pokrewieństwa ptasiomiednicznych ;)

dawaj na stół
właściwie to o jaką pracę chodzi?

[Utahraptor]

Nie chodziło mi o to, że hipoteza kłóci się z zapisem kopalnym lub nie. Zalecałbym po prostu sceptycyzm, gdy stosujemy metodę podatną na LBA.

czyli właściwie zawsze

Niestety w przypadku nieptasich dinozaurów nie mamy DNA, a innych metod dinozaurolodzy nie chcą używać. Dlatego, poza oczywistymi sytuacjami, filogeneza tej grupy pozostaje bardzo niepewna.

Redukcja i zrastanie się różnych elementów w stopie jest często obserwowana u szybko biegających zwierząt.

Ostatnio wziąłem na warsztat opis balaura – swego czasu sprawdzałem te zrośnięcia. Patrząc na dane tam zawarte (zostaną zaktualizowane jedynie w niewielkim stopniu), to u dwunożnych zwierząt (tj. teropodów) ja nie widzę takiej korelacji. Klasyczne szybkobiegające teropody (z arctometatarusus - http://encyklopedia.dinozaury.com/index ... _-_tabelka oraz Limusaurus czy Elaphorosaurus) często nie mają zrośnięć. Można za to dostrzec, że zrośnięcia występują raczej u mniejszych taksonów (z arctometatarusalnych taksonów nie mają ich tyranozaurydy, ornitomimozaury, ale za to mają alwarezzaurydy). Zrośnięcia u balaura tłumaczy się czym innym (opis zaktualizowany niebawem).
Baron i in. wyróżnili tylko jeden przypadek zrośnięcia: fusion of distal tarsals to metatarsals.
Oczywiście zrastanie się jest zawsze skorelowane z ontogenezą a ta jest problematyczna u dinozaurów.

Nie wiem jak sprawnie biegały te dinozaury, ale u strusi liczba elementów w stopie jest mocno zredukowana.

Chciałem zwrócić uwagę na to, że mamy zwierzęta o różnych tendencjach ewolucyjnych. Jedne doskonaliły zdolności do szybkiego, dwunożnego biegu (ptasiomiedniczne i teropody), drugie ku dużym rozmiarom ciała i powolnej lokomocji. Nie mówię, że to nie może się pokrywać z rzeczywistą filogenezą.

Skąd przeświadczenie, że cechy związane z lokomocją są gorsze od innych? Inne cechy nie są przystosowaniami do czegoś? Skąd mamy wiedzieć, że cechy np. mózgoczaszki czy kręgów grzbietowych, które nie uwidaczniają jakiś ewidentnych (dających się łatwo rozpoznać), potencjalnie szybko ewoluujących cech, nie są właśnie takimi szybko ewoluującymi cechami. Albo skąd mamy wiedzieć, ile zmian w genach wymaga dana cecha? Moim zdaniem częste stwierdzanie, że „dana cecha jest związana z [odżywianiem, lokomocją itp.], więc jest mało informatywna filogenetycznie”, jest bezpodstawne. Nie wiemy po prostu, co mogło szybko ewoluuować np. 235 Ma u dinozaurów!

Przecież napisałem powyżej, że te zmiany nie musiały iść na przekór filogenezie. Po prostu warto się zastanawiać z czym mogą być związane cechy wspólne obu grup. Jakie mają znaczenie adaptacyjne, jak wygląda ich rozwój, na ile są zmienne w populacji, w filogenezie? Na ile są podobne w obu grupach? To pomaga ocenić ich wiarygodność.

Kodowanie młodych taksonów tak jak dorosłych (zrośnięcia) to błąd w samych kodowań, wiele cech nie jest "ordered" ("additive"). Czyli sama macierz jest jest trefna.
To nie jest jednak aż taka "miazga" - wygląda to gorzej niż z reguły, ale często są tego typu błędy. Mortimer je nieraz wychwytuje, ale rzadko komu chce się sprawdzać macierze. To jest jeszcze łatwe w miarę do stwierdzenia, gorzej sprawa wygląda z pojedynczymi, przypadkowymi zerami zamiast jedynek.

Oczywiście błędy będą się zdarzać zawsze. Na pewno w moich kodowaniach też jakieś są. Tu jednak razi mnie skala tych błędów. Czym się autorzy kierowali dodając np. cechy nieinformatywne? Mnie jednak przeraża najbardziej, że żaden z recenzentów nie zwrócił uwagi na macierz, która stanowi jedyną zawartość merytoryczną tej pracy. Przecież błędy widać od razu. Co w takim razie było przedmiotem recenzji? Gramatyka? Jeśli nikt nie recenzuje macierzy, to jak można mieć zaufanie do artykułów filogenetycznych? Moim zdaniem recenzje i recenzenci powinni być jawni, a w formularzach dla recenzentów powinny być pytania o dodatek i czy sprawdzili chociaż niektóre kodowania dodane przez autorów.