Oto moja hipoteza:
1. Może dlatego, że zostały przetrzebione przez mądrzejsze znacznie maniraptory?
Stegozaury z mojej wiedzy były "nie stadne". Natomiast w kredzie bardzo szybko rozwijały się drapieżniki, które były znacznie bardziej wyspecjalizowane i inteligentniejsze i większe niż te jurajskie. Do tego były liczniejsze i wiele gatunków polowało w stadach. Natomiast Stegozaur chociaż uzbrojony w płyty i kolce na ogonie miał niestety bardzo małą puszkę mózgową, co sugeruje poniekąd że był "głupi" jak na nowe czasy. Więc stadko mniejszych drapieżników mogło otoczyć łatwo takiego dorosłego samotnika i zamęczyć. Tak więc stegozaury w nowych czasach mogły stać się łatwym łupem, aż zostały zjedzone

Podsumowując, zostały przetrzebione przez drapieżniki, bo:
1. Nie były wystarczająco duże
2. A jednocześnie nie były szybkie
3. Mogły być nieporadne w walce (być może)
4. Miały bardzo mały mózg, co sugeruje, że:
nie miały pomysłu jak poradzić sobie z liczniejszym przeciwnikiem
nie wyczuwały zagrożenia wystarczająco skutecznie
5. Nie żyły w stadach (być może)