Forum Dinozaury.com

Myślę, że podstawowymi narzędziami komputerowymi paleontologa są pakiet biurowy, edytory grafiki i pdfów, lecz tych zapewne nie ma potrzeby głębiej omawiać na forum paleo. Paleontolodzy wykorzystują jednak też inne aplikacje, np. służące zarządzaniu literaturą, konstrukcji drzew filogenetycznych, albo fotogrametrii, które by można jedną po drugiej przedstawić w tym wątku, a aplikacji tych jest mnóstwo - zapewne coś komuś się przyda.

Z jakich programów korzystacie i do czego

***

Zacznę od dwóch programów, które dotychczas były mi najbardziej potrzebne. Oba z nich są cross-platform, tj. chodzą zarówno na Linuxie, jak Macu, jak Windowsie:

Zotero - Program do zarządzania literaturą

Program potrafi sformatować literaturę według 9799 styli różnych pism, co znacząco ułatwia pracę przy pisaniu czegokolwiek. Oczywiście wpierw dodajemy pracki do naszej bazy danych, co można zrobić poprzez manualną edycję lub też automatyczne przeciągając pdfa w okno programu, a nawet z poziomu przeglądarki internetowej dzięki pluginowi do Firefoxa (co prawda dane z niektórych pdfów, zwłaszcza mniejszych pism, nie wczytają się do końca, ale wówczas można poprawić manualnie.)

Myślę, że osobom, które jako tako nic nie piszą, program może się przydać ze względu na funkcję wyszukiwania. Tak np. po wpisaniu słowa "coprolite" wyświetlają mi się na liście wszystkie prace z zawierające ten wyraz w tytule lub abstrakcie i wystarczy kliknięcie, by otworzyć odnośnego pdfa na dysku lub też artykuł na stronie internetowej.

MEGA X - Program do analizy molekularnej

Ten program ma niemal wszystko, co jest potrzebne do szczęścia, więc nie będę wszystkich funkcji wymieniać. Stosowałem go zasadniczo do dopasowywania sekwencji nukleotydów lub białek, a następnie do konstrukcji drzew filogenetycznych, jak również ich kalibracji czasowej, ale funkcji jest więcej. Jest możliwość bezpośredniego importu z NCBI.

***

P.S.1 Jeśli dział "Gniazdo raptorów - luźne rozmowy paleontologiczne" jest niewłaściwy, proszę o przeniesienie. Nie umieściłem tego w "Off Topicu", gdyż temat jest bezpośrednio związany z pracą paleontologa.

P.S.2 Jeśli ktoś z Was wciąż posiada program Past w niewspieranej już wersji 3, będę wdzięczny, jakby mi mógł przesłać plik .exe. Obecna wersja programu to 4.03, ale ja potrzebuję 3, która nie jest już dostępna do pobrania, a z listy mailingowej programu mi nie odpisali.

Jakie programy? To oczywiście zależy od problemu, przed jakim stoję. W przypadku prac anatomicznych są to głównie programy do obróbki grafiki, natomiast do badań ewolucyjnych korzystam przede wszystkim z trzech programów:
* TNT - darmowy program do analiz filogenetycznych metodą największej parsymonii. Ma też dodatkowe funkcje, takie jak mapowanie cech na analizowanym kladogramie, co ułatwia zobrazowanie sobie ewolucji danej cechy (ale do tego wolę używać innego programu, o którym poniżej),
* Mesquite - darmowy program składający się z modułów. Można w nim skonstruować elegancką macierz do analizy filogenetycznej (ładniejszą niż wklepana po prostu w notatnik), narysować własne drzewko, dodać macierz z cechami i przeprowadzić rekonstrukcję stanów ancestralnych (przy użyciu squared-change parsimony albo maksymalizacji wiarygodności). Możliwości jest całe mnóstwo, ale z większości modułów nigdy nie korzystałem, więc nie wiem dokładnie, co można dzięki nim osiągnąć,
* R - darmowy program do analiz statystycznych. Istnieją zapewne tysiące "nakładek", które można pobrać ze strony wydawcy. Ich mnogość sprawia, że możliwości programu są praktycznie nieograniczone. Ja wykorzystywałem go do analiz sygnału filogenetycznego (na ile obserwowana zmienność w danej cesze jest tłumaczona pokrewieństwem pomiędzy różnymi gatunkami) oraz międzygatunkowych analiz statystycznych uwzględniających pokrewieństwa badanych taksonów (przy wykorzystaniu filogenetycznej uogólnionej metody najmniejszych kwadratów, PGLS). Sam program nie jest szczególnie prosty dla początkujących (R ma swój język programowania), ale wydano mnóstwo poradników i książek na temat tego programu, więc jest to do ogarnięcia

Super lista! Wziąłem się za intensywne testowanie Mesquite.

ImageJ/Fiji - do obróbki m.in. serii zdjęć (np. z CT).

Drishti - darmowy program do generowania obiektów 3D z plastrów CT.

Meshlab - darmowy program do obrabiania modeli 3D z np. fotogrametrii lub skanów CT.