Forum Dinozaury.com

Witam. Przybyłem na forum w poszukiwaniu pomocy. Planuję zacząć swoją przygodę z analizami filogenetycznymi, a słyszałem, że są tu osoby, które już je robiły. Celem jest utworzenie jak najlepszej analizy w kontekście ustalenia czy Siats i Chilantaisaurus są megaraptoranami czy karcharodontozaurami. Analiza z osteologii Eotyrannus jest obszerna, ale brakuje w niej Murusraptor oraz zawiera ona błędną interpretacje kręgów Siats. Istnieje też matryca skupiona na megaraptoranach użyta min. w pracy o Maip i też przydałoby się ją wykorzystać. Myślałem nad połączeniem tych matryc o ile to możliwe, a jeśli nie to po prostu dodałbym Siats i pare innych taksonów do matrycy skupionej na megaraptoranach. Prosiłbym o pełną instrukcję. Jaki program zainstalowac, jak go obsługiwać i czy to co napisałem wyżej o łączeniu matryc ma sens.

Zauważyłem, że w temacie o programach komputerowych dla paleontologów, do analiz filogenetycznych dobry jest TNT, natomiast jeśli chcesz złożyć matrycę to całkiem dobry podobno jest Mesquite.

ThePaleoFreak pisze: ↑

24 grudnia 2023, o 23:29

ustalenia czy Siats i Chilantaisaurus są megaraptoranami czy karcharodontozaurami.

Sugeruję nie ograniczać się tylko do tych hipotez, dobre obpróbkowanie tetanurów aż do zaawansowanych celurozaurów to konieczność. W pracy o Maip mało tego jest.

Łączenie macierzy jest najlepsze, ale znacznie trudniejsze niż wstawianie pojedynczych taksonów i cech do istniejących. Wiele cech będzie częściowo sobie odpowiadać, a wiele nie a dobrze byłoby wypełnić białe uplamy.
TNT jest coraz popularniejszy i zdecydowanie łatwiejszy w obsłudze (i darmowy) niż PAUP, sposób obsługi znajdziesz w necie, możesz czytać jakie opcje programów wybierane są w pracach (choć używane słownictwo nieraz niezupełnie odpowiada temu co jest w programie),
Brak zaawansowanego megaraptora (Murusraptor) nie powinien być aż tak istotny, ważne aby były taksony bardziej bazalne.

To są jakieś moje ostatnie desperackie próby pojęcia tego bo powoli tracę nerwy. Stwierdziłem, że jednak bazą będzie matryca z osteologii Eotyrannus gdyż jest bardzo obszerna. Chcę, jeśli to konieczne (może szczęśliwie udało im się zrobić tak, że wszystko się zgadza), zmienić kodowanie Siats zgodnie z nową interpretacją kręgów, dodać Murusraptor oraz uzupełnić kodowanie Megaraptor o młody okaz. Problem w tym, że matryca z pracy o Eotyrannus jest jakoś dziwnie zrobiona bo są pod sobą kolejne cechy numerowane przykładowo: 1, 2, 5, 8, 9, 10, 13. Dowiedziałem się, że reszta cech jest w matrycy Cau 2018 więc zadowolony użyłem tamtej. Sprawdzam zatem, które cechy Siats są zakodowane jako do ustalenia, w sensie mają 0 lub 1 i patrzę w matrycę, a tam cecha mówi o kręgach szyjnych, których Siats nie ma zachowanych (zatem powinno być ?), więc coś jest brzydko mówiąc spieprzone. Dodam jeszcze, że zwróciłem się o pomoc na to forum, gdyż poradniki z neta nie pomagają. Znalazłem jakiś filmik i gość pierwsze co robi to ładuje do programu jakiś plik tnt (format w sensie). Czym to jest i jak zdobyć w takim formacie pojęcia nie mam. Wygląda na to, że to chyba nie dla mnie.

Z reguły matryce w formacie .tnt lub .nex (NEXUS) są dołączane jako suplementy do odpowiednich publikacji - czasami z wbudowaną listą cech, a czasem znajduje się ona w odrębnym pliku, lub nawet jeszcze w innej, starszej publikacji, z której zmodyfikowano macierz w danym manuskrypcie.

Oba formaty można importować do Mesquito (ten program działa w środowisku Java, więc też należy je sobie zainstalować), a następnie dowolnie tam manipulować macierzą (ja np. jestem wzrokowcem i zawsze sobie ustawiam, żeby poszczególne stany cech były automatycznie barwione na odpowiedni kolor), dodając/zmieniając taksony, stany cech i następnie wyeksportować do interesującego nas formatu (najlepiej do polecanego tu wcześniej darmowego TNT).

Podejrzewam, że tak samo jak większość osób na forum, uczyłem się tych programów za pomocą dostępnych w internecie manuali i eksplorowania software'u na własną rękę.

Jakbyś dalej natrafił na jakiś problem to dawaj znać. Pamiętaj, żeby podawać odnośniki do wykorzystywanych przez Ciebie plików.

Często nie ma załączanych plików .tnt lub .nex, zwłaszcza w starszych pracach. Sporo jest też w nieoficjalnym źródle - stronie Graeme T. Lloyda https://www.graemetlloyd.com/matrdino.html
Cechy z macierzy z osteologii Eotyrannus pewnie zostały usunięte jako nieinformatywne (to okrojona wersja większej macierzy), i taka wersja właśnie powinna Ciebie interesować.
Błędy w macierzach się zdarzają.

ThePaleoFreak pisze: ↑

26 grudnia 2023, o 20:36

Znalazłem jakiś filmik i gość pierwsze co robi to ładuje do programu jakiś plik tnt (format w sensie). Czym to jest i jak zdobyć w takim formacie pojęcia nie mam. Wygląda na to, że to chyba nie dla mnie.

Pliki w formacie .tnt są bardzo proste do zrobienia "własnoręcznie". Wystarczy po prostu stworzyć zwykły plik tekstowy w notatniku (format .txt) i ręcznie zmienić rozszerzenie na .tnt.

Myślałem, że tylko ja tak robię.