Analizy filogenetyczne

[ThePaleoFreak]

Witam. Przybyłem na forum w poszukiwaniu pomocy. Planuję zacząć swoją przygodę z analizami filogenetycznymi, a słyszałem, że są tu osoby, które już je robiły. Celem jest utworzenie jak najlepszej analizy w kontekście ustalenia czy Siats i Chilantaisaurus są megaraptoranami czy karcharodontozaurami. Analiza z osteologii Eotyrannus jest obszerna, ale brakuje w niej Murusraptor oraz zawiera ona błędną interpretacje kręgów Siats. Istnieje też matryca skupiona na megaraptoranach użyta min. w pracy o Maip i też przydałoby się ją wykorzystać. Myślałem nad połączeniem tych matryc o ile to możliwe, a jeśli nie to po prostu dodałbym Siats i pare innych taksonów do matrycy skupionej na megaraptoranach. Prosiłbym o pełną instrukcję. Jaki program zainstalowac, jak go obsługiwać i czy to co napisałem wyżej o łączeniu matryc ma sens.

[Taurovenator]

Zauważyłem, że w temacie o programach komputerowych dla paleontologów, do analiz filogenetycznych dobry jest TNT, natomiast jeśli chcesz złożyć matrycę to całkiem dobry podobno jest Mesquite.

[nazuul]

ustalenia czy Siats i Chilantaisaurus są megaraptoranami czy karcharodontozaurami.

Sugeruję nie ograniczać się tylko do tych hipotez, dobre obpróbkowanie tetanurów aż do zaawansowanych celurozaurów to konieczność. W pracy o Maip mało tego jest.

Łączenie macierzy jest najlepsze, ale znacznie trudniejsze niż wstawianie pojedynczych taksonów i cech do istniejących. Wiele cech będzie częściowo sobie odpowiadać, a wiele nie a dobrze byłoby wypełnić białe uplamy.
TNT jest coraz popularniejszy i zdecydowanie łatwiejszy w obsłudze (i darmowy) niż PAUP, sposób obsługi znajdziesz w necie, możesz czytać jakie opcje programów wybierane są w pracach (choć używane słownictwo nieraz niezupełnie odpowiada temu co jest w programie),
Brak zaawansowanego megaraptora (Murusraptor) nie powinien być aż tak istotny, ważne aby były taksony bardziej bazalne.

[ThePaleoFreak]

To są jakieś moje ostatnie desperackie próby pojęcia tego bo powoli tracę nerwy. Stwierdziłem, że jednak bazą będzie matryca z osteologii Eotyrannus gdyż jest bardzo obszerna. Chcę, jeśli to konieczne (może szczęśliwie udało im się zrobić tak, że wszystko się zgadza), zmienić kodowanie Siats zgodnie z nową interpretacją kręgów, dodać Murusraptor oraz uzupełnić kodowanie Megaraptor o młody okaz. Problem w tym, że matryca z pracy o Eotyrannus jest jakoś dziwnie zrobiona bo są pod sobą kolejne cechy numerowane przykładowo: 1, 2, 5, 8, 9, 10, 13. Dowiedziałem się, że reszta cech jest w matrycy Cau 2018 więc zadowolony użyłem tamtej. Sprawdzam zatem, które cechy Siats są zakodowane jako do ustalenia, w sensie mają 0 lub 1 i patrzę w matrycę, a tam cecha mówi o kręgach szyjnych, których Siats nie ma zachowanych (zatem powinno być ?), więc coś jest brzydko mówiąc spieprzone. Dodam jeszcze, że zwróciłem się o pomoc na to forum, gdyż poradniki z neta nie pomagają. Znalazłem jakiś filmik i gość pierwsze co robi to ładuje do programu jakiś plik tnt (format w sensie). Czym to jest i jak zdobyć w takim formacie pojęcia nie mam. Wygląda na to, że to chyba nie dla mnie.

[Dino]

Z reguły matryce w formacie .tnt lub .nex (NEXUS) są dołączane jako suplementy do odpowiednich publikacji - czasami z wbudowaną listą cech, a czasem znajduje się ona w odrębnym pliku, lub nawet jeszcze w innej, starszej publikacji, z której zmodyfikowano macierz w danym manuskrypcie.

Oba formaty można importować do Mesquito (ten program działa w środowisku Java, więc też należy je sobie zainstalować), a następnie dowolnie tam manipulować macierzą (ja np. jestem wzrokowcem i zawsze sobie ustawiam, żeby poszczególne stany cech były automatycznie barwione na odpowiedni kolor), dodając/zmieniając taksony, stany cech i następnie wyeksportować do interesującego nas formatu (najlepiej do polecanego tu wcześniej darmowego TNT).

Podejrzewam, że tak samo jak większość osób na forum, uczyłem się tych programów za pomocą dostępnych w internecie manuali i eksplorowania software'u na własną rękę.

Jakbyś dalej natrafił na jakiś problem to dawaj znać. Pamiętaj, żeby podawać odnośniki do wykorzystywanych przez Ciebie plików.

[nazuul]

Często nie ma załączanych plików .tnt lub .nex, zwłaszcza w starszych pracach. Sporo jest też w nieoficjalnym źródle - stronie Graeme T. Lloyda https://www.graemetlloyd.com/matrdino.html
Cechy z macierzy z osteologii Eotyrannus pewnie zostały usunięte jako nieinformatywne (to okrojona wersja większej macierzy), i taka wersja właśnie powinna Ciebie interesować.
Błędy w macierzach się zdarzają.

[Ag.Ent]

Znalazłem jakiś filmik i gość pierwsze co robi to ładuje do programu jakiś plik tnt (format w sensie). Czym to jest i jak zdobyć w takim formacie pojęcia nie mam. Wygląda na to, że to chyba nie dla mnie.

Pliki w formacie .tnt są bardzo proste do zrobienia "własnoręcznie". Wystarczy po prostu stworzyć zwykły plik tekstowy w notatniku (format .txt) i ręcznie zmienić rozszerzenie na .tnt.

[nazuul]

Myślałem, że tylko ja tak robię.