Forum Dinozaury.com

Osobnik A1 żyjący w triasie i będący przedstawicielem gatunku A, jest przodkiem w linii prostej osobników B1, C1 i D1 żyjących w jurze i należących do, kolejno, gatunków: B, C, D. Jakiego rodzaju pokrewieństwo może nam ujawnić kladogram?

Pokrewieństwo może różne pokazać ;) . Jeśli cechy zostaną dobrze odczytane (pod warunkiem, że w ogóle się zachowały, oczywiście trzea brać pod uwage kontekst - tzn prawdopodobnych krewnych, żeby znać plezjomorfie itp.) to A będzie taksonem siostrzanym kladu tworzonego przez pozostałe. Już chyba kiedyś na forum o tym pisałem; to dość oczywiste. :)

Ciekawe do czego zmierzasz :)


EDIT
Oczywiście obecne metody nie są doskonałe, ale w przyszłości pewnie zostaną udoskonalone, żeby pokazywały rzeczwiste "drzewo życia" ;)

nazuul pisze:Ciekawe do czego zmierzasz :)

Z tego co zaobserwowałem na forum, to Dawid jest raczej przeciwnikiem kladystyki, więc może chce na tym przykładzie wykazać jej braki, itp. ;)

Chciałem pokazać, że - oczywiście pomijając niekompletność danych, subiektywne opinie badacza itd. itp. - kladystyka nie pokazuje nam drzewa pokrewieństw. Pokazuje nam w sposób "udający" drzewo życia, czyli po prostu drzewkowato, podobieństwo pod względem pewnych cech.

W formie kladogramu można np. przedstawić rodzaje ciastek (odniesienie do dawnego linku Daniela), ale pokazany związek podobieństw nie ma charakteru genetycznego - każde ciastko stwarzane jest niezależnie, nie ma rozmnażania.

Poprzez parsymoniczne procedury ustalamy, że to nie tyle podobieństwo co widzimy na końcowym kladogramie, a pokrewieństwo (wyznaczamy wśród cech synapomorfie).

Tylko jak możemy mówić o badaniu filogenezy w sytuacji, kiedy nie ma nawet OPCJI pokazania pokrewieństwa przodek-potomek (A1->B1). Zbudujcie sobie drzewo genealogiczne rodziny, ale uznające TYLKO pokrewieństwa rodzeństw, monofiletyczne rody i związki małżeńskie kończące się najwyżej dwójką dzieci ;)

Szerman, kto powiedział, że jestem przeciwnikiem kladystyki? Bynajmniej :P :)

Dawid Mazurek pisze:Szerman, kto powiedział, że jestem przeciwnikiem kladystyki? Bynajmniej :P :)

Skoro inni (vide szerman) postrzegają Cię jako przeciwnika, to może jednak nim jesteś? :P Czytałem stare dyskusje na Wikipedii, kiedy rzeczywiście prezentowałeś się jako zdecydowany zwolennik kladystyki - zestawiając to z Twoim obecnym podejściem, to faktycznie teraz wyglądasz raczej na przeciwnika :P Przynajmniej z "zewnątrz".

Dawid Mazurek pisze:Tylko jak możemy mówić o badaniu filogenezy w sytuacji, kiedy nie ma nawet OPCJI pokazania pokrewieństwa przodek-potomek (A1->B1). Zbudujcie sobie drzewo genealogiczne rodziny, ale uznające TYLKO pokrewieństwa rodzeństw, monofiletyczne rody i związki małżeńskie kończące się najwyżej dwójką dzieci ;)

To prawda, że obecne metody rekonstruowania filogenezy nie są doskonałe (czy coś w ogóle jest?), ale jak dotąd nikt nic lepszego w tym kierunku nie wynalazł. :)

Karol Linneusz pisze:Do Ciebie, mój drogi botaniku, kieruję te zasady. Jeśli wydadzą Ci się warte, stosuj je również. Jeśli nie - zaproponuj, proszę, coś lepszego!

Zawsze aktualne (nie same zasady, tylko podejście) ;)

nazuul pisze: Oczywiście obecne metody nie są doskonałe, ale w przyszłości pewnie zostaną udoskonalone, żeby pokazywał rzeczwiste "drzewo życia" ;)

Takie idee były w nauce postulowane w XIX wieku ;) Prawdziwego drzewa nigdy nie poznamy, mamy stawiać testowalne hipotezy w oparciu o dostępne dane.

Od nazuula: chodziło mi o pokazywanie przodków i potomków - jak to Dawid pisał. Oczywiście hipotezy filogenetyczne ciągle będą tylko hipotezami; z "rzeczywistością" rzeczwiście przegiąłem ;)

Dawid Mazurek pisze:Tylko jak możemy mówić o badaniu filogenezy w sytuacji, kiedy nie ma nawet OPCJI pokazania pokrewieństwa przodek-potomek (A1->B1).

To jedno z wielu upraszczających założeń, które trzeba zaakceptować na samym początku. Każda metoda ma jakieś założenia, najczęściej mało zgodne z rzeczywistością. Zwolennicy kladystyki bronią się w ten sposób, że zapis kopalny jest na tyle fragmentaryczny, że prawdopodobieństwo znalezienia przodka jest bardzo małe.

Ag.Ent pisze:Skoro inni (vide szerman) postrzegają Cię jako przeciwnika, to może jednak nim jesteś?

Niech żyje różnorodność poglądów :P Dobrze, bo można dyskutować, a jak to poszerza horyzonty :D
Swoją drogą, ja strasznie się zapaliłem do kladystyki w zeszłym roku. Jednak mój entuzjazm malał wraz ze wzrostem mojej wiedzy na ten temat. Miałem nadzieję, że rozmowa z prof. Elżanowskim mi pomoże, ale on tylko potwierdził moje obawy :| .

Ag.Ent pisze:To prawda, że obecne metody rekonstruowania filogenezy nie są doskonałe (czy coś w ogóle jest?), ale jak dotąd nikt nic lepszego w tym kierunku nie wynalazł. :)

Trudno mi powiedzieć, mogę rzucić hasło "Chronofiletyka", ale to byłby kolejny wątek. Ogólnie z filogenetyką wiąże się kilka tematów, o których warto byłoby podyskutować :)

Ag.Ent pisze:Skoro inni (vide szerman) postrzegają Cię jako przeciwnika, to może jednak nim jesteś? :P Czytałem stare dyskusje na Wikipedii, kiedy rzeczywiście prezentowałeś się jako zdecydowany zwolennik kladystyki - zestawiając to z Twoim obecnym podejściem, to faktycznie teraz wyglądasz raczej na przeciwnika :P Przynajmniej z "zewnątrz".

Eh, te błędy młodości ;) Mogę powiedzieć to co Mateusz - moja wiedza wzrosła. Co wcale nie uczyniło ze mnie wroga kladystyki. [To strasznie wygodne tak się określać w dyskusji.] Jestem po prostu bardziej wyważony i mniej entuzjastyczno-hurraoptymistyczny :)

Utahraptor pisze:Niech żyje różnorodność poglądów :P Dobrze, bo można dyskutować, a jak to poszerza horyzonty :D

Pewnie, że dobrze - np. o wężach można się dużo w ten sposób dowiedzieć :D

Dawid Mazurek pisze:Mogę powiedzieć to co Mateusz - moja wiedza wzrosła.

Utahraptor pisze: Jednak mój entuzjazm malał wraz ze wzrostem mojej wiedzy na ten temat. Miałem nadzieję, że rozmowa z prof. Elżanowskim mi pomoże, ale on tylko potwierdził moje obawy :| .

A czego się dowiedzieliście, co wpłynęło na Wasz stosunek do kladystyki? Bo moja wiedza na ten temat też rośnie z dnia na dzień (choć nie mam żadnych "formalnych" związków z biologią w wydaniu akademickim), a jednak coraz bardziej przekonuję się do kladystyki :)

Dawid Mazurek pisze:Co wcale nie uczynło ze mnie wroga kladystyki.

Nic takiego nie pisałem :) Ale swoją drogą to ciekawe zagadnienie z punktu widzenia filozofii - czy człowiek jest tym za kogo sam się uważa, czy tym, za kogo uważają go inni. Ale to nie miejsce na takie dyskusje :)

Hehe, jak to Mateusz wczoraj stwierdził - mnie i jego profesor Dzik uważa za kladystów :P

A czego się dowiedzieliście, co wpłynęło na Wasz stosunek do kladystyki?

Generalnie chodzi chyba o to (przynajmniej w moim przypadku), że zapoznałem się z filozofią różnych podejść do problemu ustalania pokrewieństwa - o co nam chodzi i jak to robimy, co uzyskujemy. Czytając tylko prace o podejściu kladystycznym nie sposób popatrzeć na to z zewnątrz.
Co budzi wątpliwości:
1) nienaukowość kladogramów (nie ma możliwości ich falsyfikacji)
2) mylenie kladogramu z graficznym przedstawieniem filogenezy
3) brak koordynatów czasowych
4) ewolucja = specjacja = dywergencja
5) saltacjonizm
6) problem z wyborem i wartościowaniem cech
7) oszczędność! (dzieje życia nie były parsymoniczne)
8.) czym coś sobie bliższe filogenetycznie tym bliższe morfologicznie
9) podejrzane związki z filokodowcami i innymi anty-linneuszami, czy anty-parafiletystami :wink:
10) brak wpływu na przebieg obliczeń (czary-mary i z tabelki mamy ewolucję)

Coś a propos: http://www.biol.uw.edu.pl/ewolucja/do_p ... ja%205.pdf

Takie ciekawe tematy, a ja mam tak malo czasu... :( Ostatnie bardzo ogolnie sledzilem watek o wezach i juz w tedy zyczylem sobie, bym mial czas zajac sie wszystkim tym, o czym sie pisalo. Teraz kolejny taki temat.

Zaden kladysta oczywiscie nie bedzie twierdzil, ze wynik jego analizy pokazuje rzeczywiste zwiazki pomiedzy analizowanymi osobnikami. Czyli... jesli wynik analizy wyglada np. tak: (A + (B + (C + D))), nikt z zdrowym rozsadkiem nigdy nie powie, ze np. B nie moze byc przodkiem C, a C przodkiem D (lub D przodkiem C). Jednak nawet gdy pracujemy np. z czterema taksonami, ktore zyly np. w srodkowym triasie, na tym samym - czy niedalekim - obszarze i sa znane z po sobie idacych warstw, to nie mozemy z zupelna pewnoscia powiedziec, ze chodzi o prosta linie przodkow i potomkow. My mozemy zaproponowac tylko najbardziej prawdopodobna hipoteze (à la "widocznie chodzi o bardzo bliskich krewnych, ktorzy - ze wzgledu na to, ze wystepuja w po sobie idacych warstwach i zyli na tym samym obszarze - moga przedstawiac prosta linie ewolucyjna"). U niektorych znanych bezkregowcow jest hipotetycznie mozliwe, ze gatunek* z nizszej warstwy jest przodkiem gatunku znanego z warstw wyzszych, ale 100% pewnosci w tej sprawie nigdy miec nie mozemy. O kregowcach chyba nie trzeba w ogole gadac... (* zakladam, ze wszyscy wiemy, jak pojecie gatunek jest niedokladne.)

A wiec co do kladystyki (pojecia strasznie ogolnego, co chyba wszyscy wiemy) - kladystyka oczywiscie nie jest w stanie odpowiedziec z dokladnoscia do mamusi i tatusia (lub "mamusiotatusia"), i nikt nic takiego nie twiedzi. Kladystyka nigdy nie podaje ostatecznej odpowiedzi; tylko "proponuje" hipoteze filogenetyczna, ktora jest tak dokladna, jak (1) pozwala dostepny material i (2) jak sie na kladystyce znamy (my, autorzy); jesli sie na kladystyce nie znamy, to produkujemy nonsensy. Kladystyka jest jednak ciagle nieporownywalnie dokladniejsza niz ludzki mozg, bo jest w stanie rozwazac gigantyczna ilosc informacji.

Z innej beczki - jakis czas temu otrzymalem pytanie czy przestalbym sie kierowac nomenklatura filogenetyczna, gdyby ktos zaproponowal dokladniejsze rozwiazanie. Odpowiedzialem, ze tak, czym chcialbym powiedziec to, ze nie jestem i nigdy nie bede popieral cos, o czym wiem, ze dziala gorzej niz alternatywa. Jesli mam czterdziesci taksonow, u ktorych chcialbym zbadac pokrewienstwo, to oczywiscie przeprowadze analize filogenetyczna, bo o niej wiem, ze potrafi pracowac z duzo wieksza iloscia informacji niz ja. W temacie dotyczacym ewolucji wezy byla dyskusja o utracie konczyn w zwiazku z parsymonia:

Utahraptor [url=http://www.dinozaury.com/forum/viewtopic.php?t=3489]tutaj[/url] pisze:U węży wyglądało to tak, że przodkowie węży utracili przednie kończyny (raczej) i zmniejszyli tylne. Następnie rozdzieliły się na szereg dzisiejszych linii ewolucyjnych, które traciły kończyny tylne niezależnie. Jednak nie wszystkie - Boidae postanowiły wykorzystać je, nie do lokomocji, lecz (o ile dobrze pamiętam) do chwytania partnerki przez samce, dlatego pozostały.
Nie jest to parsymoniczne? Ale mamy na to szereg dowodów. Po za tym ewolucja nie rządzi się regułą parsymonii (wręcz przeciwnie), dlatego nie możemy do rozważań filogenetycznych polegać tylko na niej.

Nie chodzi o rzadzenie sie parsymonia przez ewolucje, ale rzadzeniem sie parsymonia przez analize (choc znow gadam strasznie ogolnie... ech...), co jest kompletnie odrebny temat. Analizy uwzgledniaja dziesiatki (czasami setki, a czasami tysiace) innych znakow, ktore tez sa istotne i ich "suma" spokojnie moze sugerowac, ze konczyny najprawdopodobniej zostaly utracone kilka razy (takich wypadkow - wykrytych dopiero przez analizy filogenetyczne [wlasnie z tego powodu, bo "widza wiecej rzeczy"] - jest sporo rowniez w ramach innych grup; np. konczyny i miednica mozazauroidow prawdopodobnie tez przystosowaly sie do wodnego srodowiska kilka razy).

Dawid Mazurek pisze:Generalnie chodzi chyba o to (przynajmniej w moim przypadku), że zapoznałem się z filozofią różnych podejść do problemu ustalania pokrewieństwa - o co nam chodzi i jak to robimy, co uzyskujemy. Czytają tylko prace o podejściu kladystycznym nie sposób popatrzeć na to z zewnątrz.

"Science is a way of thinking much more than it is a body of knowledge" (Carl Sagan). Kazdy naukowiec mysli! :) I wszyscy kladysci wiedza, co kladystyka potrafi, a co nie. :)

Dawid Mazurek pisze:Co budzi wątpliwości:
1) nienaukowość kladogramów (nie ma możliwości ich falsyfikacji)

Kladogram to diagram oparty na podstawie analizy informacji. Wynik wiec przedstawia hipoteze filogenetyczna, ktora jest testowana kazda kolejna analiza i nowymi danymi.

Dawid Mazurek pisze:2) mylenie kladogramu z graficznym przedstawieniem filogenezy

Kladogram to diagram, co kazdy wie. Kladogram to informacja, ktora Ty, jako naukowiec, pozniej rozwazasz...

Dawid Mazurek pisze:3) brak koordynatĂłw czasowych

Kwestia dyskusji naukowej - u niektorych analiz "czas" nie brakuje, ale w tedy powstaje pytanie czy informacja ta nie jest mylaca.

Dawid Mazurek pisze:4) ewolucja = specjacja = dywergencja

Nie wiem, o co dokladnie chodzi, ale o kladystyke nie. ;)

Dawid Mazurek pisze:5) saltacjonizm

Naukowiec to clowiek, ktory uzywa glowy. Pojecie saltacjonizmu wiec zna, bierze go (+ milion innych rzeczy) w uwage i tworzy hipotezy. ;)

Dawid Mazurek pisze:6) problem z wyborem i wartościowaniem cech

Kwestia czlowieka; nie metody. Ta potrafi rozwazac duzo rzeczy roznymi sposobami. ;) (Jednak zgoda - kladystyka w rekach amatora nie ma co robic; ale to znow jestesmy u kwestii czlowieka, a nie metody ;)).

Dawid Mazurek pisze:7) oszczędność! (dzieje życia nie były parsymoniczne)

Racja, nie byly. :P

Dawid Mazurek pisze:8.) czym coś sobie bliższe filogenetycznie tym bliższe morfologicznie

Kladystyka to nie tylko morfologia, a u wymarlych organizmow nic lepszego nie mamy (+ jestesmy naukowcami i uzywamy glowy ;)).

Dawid Mazurek pisze:9) podejrzane związki z filokodowcami i innymi anty-linneuszami, czy anty-parafiletystami

"FiloKodowiec" nie jest "anty-linneuszowcem" ("Rangowiec wspolczesny" jest bardziej "anty-linneuszowski") - byly artykuly naukowe na ten temat (moge przeslac mailem). ;) Oprocz tego... he? :|

Dawid Mazurek pisze:10) brak wpływu na przebieg obliczeń (czary-mary i z tabelki mamy ewolucję)

Nieprawda. ;) Wplyw autora na przebieg jest ogromny i dlatego wazne, by autor wiedzial, co robi. Ty robisz ustawienia, komputer sie nimi kieruje (nigdy nie czaruje).

Dawid Mazurek pisze:Coś a propos: http://www.biol.uw.edu.pl/ewolucja/do_p ... ja%205.pdf

Pana profesora uwazam za bardzo sympatycznego i inteligentnego czlowieka, i po tym, kiedy mialem mozliwosc tydzien uczestniczyc w wykopaliskach pod jego kierownictwem, uwazam, ze ma ogromna wiedze na rozne tematy. Nie zgadzam sie jednak z nim w niektorych rzeczach odnosnie systematyki, co chyba w nauce jest rzecza zupelnie normalna. ;)

Dawid :!: Miałeś nie kontynuować tematu :P W dodatku zdradziłeś wszystkim sekret, że jesteśmy kladystami :P

Ag.Ent pisze:A czego się dowiedzieliście, co wpłynęło na Wasz stosunek do kladystyki? Bo moja wiedza na ten temat też rośnie z dnia na dzień (choć nie mam żadnych "formalnych" związków z biologią w wydaniu akademickim), a jednak coraz bardziej przekonuję się do kladystyki

Dobór cech. Do analizy kladystycznej należy wykorzystywać cechy homologiczne, unikać homoplazji. Skąd wiemy o homologii/homoplazji cech? Z analiz filogenetycznych. Tworzy się pewna kwadratura koła.
To tylko jeden z kilku problemów.

Mateusz zadeklarował, że dołączy.

Więc, na początek:
- czemu homoplazje miałyby być mnie parsymoniczne od homologii?
- wszystko w nauce musi być testowalne - jak przetestować kladogram?
- cechy do macierzy wybieramy a priori i a priori ważymy, czy wrzucamy równoważne śmiecie wedle zasady trash in, trash out?
- na kladogramie widać dywergencje, a co z podziałem populacji na 3, lub 4 linie, scaleniem dwóch w jedną, anagenezą... czy na dobrą sprawę - co z jakąkolwiek ewolucją? Na obecną chwilą, kladystyka cofnęła nas do epoki przeddariwnowskiej. Kladogramy pokazują idealny porządek "drabiny jestestw". Co z przebiegiem ewolucji, zależnościami przyczynowo-skutkowymi, gdzie pytania "dlaczego"?
- wiek znalezisk - bez znaczenia?

Przypominam - nie jestem wrogiem kladystyki

Dawid Mazurek pisze:- czemu homoplazje miałyby być mnie parsymoniczne od homologii?

Nie muszą być mniej parsymoniczne, to właśnie analizami kladystycznymi wykryto, że wiele cech nie jest homologicznych (na marginesie, gdyby ktoś nie wiedział: ostatnio w Science ukazał się ciekawy artykuł Homoplasy: from detecting pattern to determining process and mechanism of evolution).

Dawid Mazurek pisze:- wszystko w nauce musi być testowalne - jak przetestować kladogram?

Inną analizą i nowymi danymi ;)

Dawid Mazurek pisze:- na kladogramie widać dywergencje, a co z podziałem populacji na 3, lub 4 linie (...)

Kwestia, czy dana populacja/takson może w ogóle podzielić się na więcej niż dwie linie potomne, jest kontrowersyjna i wciąż niewyjaśniona. Zresztą często na kladogramach nie brak politomii

Dawid Mazurek pisze:Co z przebiegiem ewolucji, zależnościami przyczynowo-skutkowymi, gdzie pytania "dlaczego"?

Zadaje je badacz analizując dany kladogram i wysuwając najlepsze hipotezy w związku z wynikami analizy Kladystyka przecież nie wyklucza możliwości badania przyczyn ewolucji.

Dawid Mazurek pisze:- wiek znalezisk - bez znaczenia?

Może mieć znaczenie, ale równie dobrze może być informacją mylącą. Gdybyśmy np. kilka lat temu badali Alvarezsauroidea i uwzględniali wiek wszystkich znanych przedstawicieli tej grupy (późna kreda), moglibyśmy dojść do wniosku, że była to wówczas (tj. w późnej kredzie) stosunkowo młoda grupa, skoro nie ma żadnych dowodów na to, by były starsze - podczas gdy obecnie wiemy, że pierwsi jej przedstawiciele żyli jeszcze przed archeopteryksem. Zresztą zapis kopalny jest tak niekompletny, że przedstawiciele wielu grup z danego okresu nigdy nie zostaną odkryci, mimo iż istnieli.

Poza tym, żeby się argumenty nie powtarzały: viewtopic.php?f=30&t=3557 ;)

Dawid Mazurek pisze:Mateusz zadeklarował, że dołączy.

Że co, że mam wejść do kubła na pomyje?

Pytanie do Ag.Enta: Czy to, że w jakiejś analizie jakaś cecha wyskoczyła w kilku różnych liniach, to znaczy, że jest homoplazją? Możemy dać w oparciu o to taką hipotezę, ale równie dobrze może być tak, że te wszystkie linie tworzą grupę monofiletyczną i cecha jest homologiczna.

Mnie irytuje fakt, że badacze nie zastanawiają się nad ideą i ograniczeniami kladystyki. Znam kilka przypadków, gdzie wrzucano kladogram do pracy, by była bardziej "naukowa", albo by hipoteza przedstawiona przez badaczy była bardziej wiarygodna. Albo recenzentów, którzy chcieli analizy kladystycznej w pracy bez żadnej argumentacji jakby była czymś niezbędnym lub ostateczną wyrocznią.

Widziałem też pracki, gdzie analizowano jakieś strasznie małe macierze. Kilkanaście cech można porównać samemu i żaden komputer nie zrobi tego lepiej.

Eeehhh

Utahraptor pisze:Pytanie do Ag.Enta: Czy to, że w jakiejś analizie jakaś cecha wyskoczyła w kilku różnych liniach, to znaczy, że jest homoplazją?

Wybaczcie, że ja się wetknę ze swoimi 3 groszami. Oczywiście, że nie znaczy to, że tak wlaśnie jest, to wciąż hipoteza, która będzie dalej badana.

Utahraptor pisze:Możemy dać w oparciu o to taką hipotezę, ale równie dobrze może być tak, że te wszystkie linie tworzą grupę monofiletyczną i cecha jest homologiczna.

Oczywiście, a jak to sprawdzisz? Analizą

Pozostałe to oczywiście żadne argumenty przeciw metodzie, ale wskazanie błedów ludzkich.

Utahraptor pisze:Kilkanaście cech można porównać samemu i żaden komputer nie zrobi tego lepiej.

Czyżby? Mogą zrobić to identycznie, ale jednak komp się nie potknie w obliczeniach, a człowiek może . Dlatego nie możesz powiedzieć, że "komputer nie zrobi tego lepiej".

Utahraptor pisze:Pytanie do Ag.Enta: Czy to, że w jakiejś analizie jakaś cecha wyskoczyła w kilku różnych liniach, to znaczy, że jest homoplazją? Możemy dać w oparciu o to taką hipotezę, ale równie dobrze może być tak, że te wszystkie linie tworzą grupę monofiletyczną i cecha jest homologiczna.

Oczywiście, że "tylko" hipoteza, ale oparta na solidnym argumencie. I, jak każda hipoteza, może okazać się nieprawdziwa.

Utahraptor pisze:Widziałem też pracki, gdzie analizowano jakieś strasznie małe macierze. Kilkanaście cech można porównać samemu i żaden komputer nie zrobi tego lepiej.

Sam też z ciekawości robiłem takie małe analizy i sporo zależy od wybranej przez badacza metody (kladystyka to nie tylko maximum parsimony , a poszczególne programy dają wiele różnych opcji "wewnątrz" konkretnej metody). Chociaż fakt, że analizowanie niewielu cech ma raczej niewielki sens, ze względu na kwestie związane z ich wybiórczym doborem.

nazuul pisze:Pozostałe to oczywiście żadne argumenty przeciw metodzie, ale wskazanie błedów ludzkich.

Dokładnie tak. Dobrze użyta analiza kladystyczna to bardzo silny, neutralny argument.

Ag.Ent pisze:

Dawid Mazurek pisze:- wszystko w nauce musi być testowalne - jak przetestować kladogram?

Inną analizą i nowymi danymi ;)

Wrooong. Inna analiza i inne dane nie mogą testować poprzedniej analizy!

Dawid Mazurek pisze:- na kladogramie widać dywergencje, a co z podziałem populacji na 3, lub 4 linie (...)

Kwestia, czy dana populacja/takson może w ogóle podzielić się na więcej niż dwie linie potomne, jest kontrowersyjna i wciąż niewyjaśniona. Zresztą często na kladogramach nie brak politomii

W biologii nie ma takiej kontrowersji! Podział linii na kilka i ich scalanie to zjawiska realne! Kladystyka je totalnie ignoruje!

Dawid Mazurek pisze:Co z przebiegiem ewolucji, zależnościami przyczynowo-skutkowymi, gdzie pytania "dlaczego"?

Zadaje je badacz analizując dany kladogram i wysuwając najlepsze hipotezy w związku z wynikami analizy Kladystyka przecież nie wyklucza możliwości badania przyczyn ewolucji.

Utopia. Pozycja taksonomiczna to ukonorowanie większości prac. W dodatku, w oparciu o samo drzewko nie da się "opowiedzieć" filogenezy.

Dawid Mazurek pisze:- wiek znalezisk - bez znaczenia?

Może mieć znaczenie, ale równie dobrze może być informacją mylącą. Gdybyśmy np. kilka lat temu badali Alvarezsauroidea i uwzględniali wiek wszystkich znanych przedstawicieli tej grupy (późna kreda), moglibyśmy dojść do wniosku, że była to wówczas (tj. w późnej kredzie) stosunkowo młoda grupa, skoro nie ma żadnych dowodów na to, by były starsze - podczas gdy obecnie wiemy, że pierwsi jej przedstawiciele żyli jeszcze przed archeopteryksem. Zresztą zapis kopalny jest tak niekompletny, że przedstawiciele wielu grup z danego okresu nigdy nie zostaną odkryci, mimo iż istnieli.

To dotyczy żab, ssaków... ale takie ceratopsy - tu stratofenetyka, z uwględnieniem wieku i paleobiogeografii, jest najrozsądniejszą opcją.

Dawid Mazurek pisze:

Ag.Ent pisze:

Dawid Mazurek pisze:- wszystko w nauce musi być testowalne - jak przetestować kladogram?

Inną analizą i nowymi danymi ;)

Wrooong. Inna analiza i inne dane nie mogą testować poprzedniej analizy!

Kladogram to nie analiza, tylko graficzne przedstawienie hipotezy filogenezy, którą jak najbardziej można testować.

Dawid Mazurek pisze:W biologii nie ma takiej kontrowersji! Podział linii na kilka i ich scalanie to zjawiska realne! Kladystyka je totalnie ignoruje!

Widocznie z Rieppela zapamiętałem tylko słowo "kontrowersja"

Dawid Mazurek pisze:Utopia. Pozycja taksonomiczna to ukonorowanie większości prac. W dodatku, w oparciu o samo drzewko nie da się "opowiedzieć" filogenezy.

Jak wyżej - to nie argument przeciwko metodzie.

Kladogram to nie analiza, tylko graficzne przedstawienie hipotezy filogenezy, którą jak najbardziej można testować.

Absolutnie nie!!! Kladogram to graficzne przedstawienie wyników analizy. Żadnej filogenezy, ewolucji, przodków, potomków - na kladogramie nie widać. Hipotezy filogenetyczne to inna sprawa.

Widocznie z Rieppela zapamiętałem tylko słowo "kontrowersja"

Przeczytam.

nazuul pisze: Pozostałe to oczywiście żadne argumenty przeciw metodzie, ale wskazanie błedów ludzkich.

Utahraptor pisze:Kilkanaście cech można porównać samemu i żaden komputer nie zrobi tego lepiej.

Czyżby? Mogą zrobić to identycznie, ale jednak komp się nie potknie w obliczeniach, a człowiek może . Dlatego nie możesz powiedzieć, że "komputer nie zrobi tego lepiej".

Nie mogę się z Tobą zgodzić. Komputer może tylko policzyć, człowiek może zanalizować. Komputer nie policzy nic ponad to, co mu da do policzenia człowiek. Gdy macierz jest duża, to jesteśmy skazani na komputer, ale lepiej to robić samemu. Nie chodzi o obliczanie drzew, tylko porównywanie cech w różnych taksonach, przecież napisałem :? . Komputer nie porównuje, nie myśli ewolucyjnie i ma cechy przepisane do konkretnych wartości, samych cech "nie widzi".
Tak po za tym chciałem się głównie pożalić właśnie na podejście jakie się zaczęło pojawiać w nauce. Sama metoda nie wydaje mi się taka zła, ale ma oczywiście ograniczenia, o których mogę napisać jeśli chcecie.
Kolejną rzeczą jaką zauważyłem, jest niekrytykowanie własnego drzewa. Widziałem pracki, gdzie kladogramy wyszły absurdalne. Jak zachowywali się ich autorzy? "To chyba nie do końca tak... raczej nawet inaczej... ale tak wyszło, więc zostaje." Z jednej strony można chwalić za uczciwość, z drugiej strony dlaczego nie znajdą przyczyn takich a nie innych wyników?

Podstawowym problemem w dyskusji na temat kladystyki jest niezrozumienie odnosnie roznicy miedzy metoda i wkladem czlowieka. Dawid zazwyczaj twierdzi, ze nie jest wrogiem kladystyki i ze lubi "stac po drugiej stronie" zeby mogl zanalizowac argumenty. Nie mam nic przeciwko takiemu podejsciu. Uwazam, ze czlowiek moze sie takim sposobem czegos nauczyc. Nie widzialem jednak na razie zadnego postepu w tej kwestii. Nadal pojawiaja sie te same pytania i te same zarzuty, pomimo ze wyraznie juz wskazano na roznice miedzy metoda i podejsciem czlowieka do tej metody.

Kolejnym problemem tej dyskusji sa argumenty, ktore maja byc "anty-kladystyczne" (lub w kontekscie dyskusji tak przynajmniej wygladaja), a tak naprawde dotycza interpretacji materialu niezaleznie od metody, ktorej sie uzywa. Mateusz np. zadal pytanie:

Mateusz pisze:Czy to, że w jakiejś analizie jakaś cecha wyskoczyła w kilku różnych liniach, to znaczy, że jest homoplazją? Możemy dać w oparciu o to taką hipotezę, ale równie dobrze może być tak, że te wszystkie linie tworzą grupę monofiletyczną i cecha jest homologiczna.

Owszem, moze byc cecha homologiczna. No i? To pytanie nie ma nic wspolnego z kwestia kladystyki. Ty mozesz publikowac hipoteze, ze cecha X danych dwudziestu taksonow jest cecha homologiczna i do tego narysujesz ladne drzewko, w ktorym zaznaczysz powstanie tej cechi i opiszesz jej ewolucje. Inny naukowiec przeczyta Twoja prace i postanowi sprawdzic waznosc danej cechy za posrednictwem analizy kladystycznej. Wstawi wiec te ceche do swojej macierzy i przeprowadzi analize. W jego analizie okaze sie, ze Twoja cecha jest homoplazja. Na podstawie swoich wynikow owy naukowiec bedzie twierdzil, ze obecnosc innych trzydziestu cech wskazuje na to, ze Twoja jedna cecha wyksztalcila sie kilka razy w ramach kilku kladow. Kto ma racje? Ty albo kladysta? Gdyby mi (trzeciej osobie sledzacej taka dyskusje) zalezalo na zrozumieniu ewolucji danej grupy, stwierdzil bym sobie, na podstawie jakich znakow wyszlo autorowi tak, a nie inaczej. Moze bym uznal, ze narobil duzo bledow, a moze okazaloby sie, ze mocno przesadziles z waznoscia tej cechy. Ale to nie argument przeciwko kladystyce.

Co do niektorych kwestii:

Dawid pisze:- czemu homoplazje miałyby być mnie parsymoniczne od homologii?

Jak wyzej; to pytanie nie dotyczy kladystyki. Tak samo, jak w wiekszosci wypadkow kierujemy sie w zyciu zasada parsymonii bez doglebnego zastanawiania sie nad filozofia nauki, tak samo proponujemy w badaniach filogenetycznych hipotezy, ktore wymagaja najmniejsza ilosc zmian ewolucyjnych. To nie jest wylacznie sprawa kladystyki. Wyobraz sobie, ze masz cztery taksony: A, B, C i D (A jest starszy od B, C i D; a B, C i D sa tego samego wieku). A nie posiada cechy X, ale B, C i D ja posiadaja. Czy pierwsza mysl, ktora wpadnie Ci do glowy to mozliwosc, ze u B, C albo D ta cecha jest homoplazja? Ona moze byc; z A bowiem mogly ewoluowac np. dwie linie (jedna obejmujaca B i C, a druga D), u ktorych ta cecha mogla pojawic sie nie zaleznie od siebie. Przy rozwazaniu tak malej ilosci danych nie masz jednak powodu do watpienia. Poza tym analizy filogenetyczne nie przeprowadzaja sie wylacznie na zasadzie maximum parsimony.

Dawid pisze:- wszystko w nauce musi być testowalne - jak przetestować kladogram?

To pytanie nie do konca zrozumialem juz pierwszy raz, kiedy mi go zadales. I nadal nie wiem, co masz na mysli. Jesli uwazasz, ze kladogram nie jest graficznym przedstawieniem hipotezy filogenetycznej, a sam wynik analizy kladystycznej nie mozesz testowac, to co jest Twoim zdaniem hipoteza filogenetyczna? Czy Fig. 10 z publikacji dr Suleja (wraz z tekstem publikacji) jest hipoteza filogenetyczna? Moim zdaniem tak, bo w tekscie jest napisane, co jest podstawa dla tego drzewka. Ale tak samo, jak w wypadku wyniku analizy kladystycznej (ktory tez jest oparty na dostepnych danych), nie jestesmy w stanie testowac czy poszczegolne taksony naprawde sa przodkami tych mlodszych, bo nie mamy materialu genetycznego. Dzisiaj w ramach populacji kregowcow jestesmy wstanie zlapac jednego osobnika i stwierdzic, kto jest jego mamusia i kto tatusiem, ale u kregowcow triasowych tego nie wiemy i prawdopodobnie nigdy wiedziec nie bedziemy. Inaczej powiedziawszy – uwazanie wszystkich znanych taksonow kopalnych za przodkow i potomkow jest identycznie niemozliwe do testowania, jak uwazanie ich za linie boczne. A moim zdaniem uwazanie ich za linie boczne jest bardziej odpowiednie, bo material kopalny jest drastycznie niekompletny.

Dawid pisze:- cechy do macierzy wybieramy a priori i a priori ważymy, czy wrzucamy równoważne śmiecie wedle zasady trash in, trash out?

Prawdopodobnie nie do konca rozumiem. Najpierw ogladamy material i porownujemy z innymi skamienialosciami. Ustalamy cechy, ktore sa obecne w ramach grupy, ktorej filogeneza nas interesuje. Robimy liste cech i sprawdzamy, jak kazda poszczegolna cecha wyglada u reszty taksonow. Jesli widzimy trendy ewolucyjne (np. powolne pojawianie sie jakiegos otworu, malejaca ilosc paliczkow, powolne przedluzanie jednej kosci w stosunku do innej, wzrastajaca ilosc zebow itp. itd.), wprowadzamy odpowiednie ustawienia. Programy do analiz kladystycznych maja broszury (dosc grube), w ktorych opisane sa postepy, ktore mozna wybrac. Nie jest mozliwe w jednym poscie opisac wszystko, co mozesz z cechami zrobic.

W kwestii podzialu populacji na kilka linii: osobiscie nie widze zadnej kontrowersji, bo „populacja“ to pojecie bez jednoznacznej definicji (nawet jesli „populacja“ = „wszyscy przedstawiciele jednego i tylko jednego gatunku“, to nie wiemy, o co chodzi, bo „gatunek“ tez nie ma uniwersalnej definicji), a wiec moze obejmowac ogromna ilosc osobnikow, w ramach ktorych wyodrebnienie sie kilku linii nie moze byc kontrowersyjne. Jednak z powodu niejasnej definicji „populacji“ nie mozemy uzywac takiego argumentu przeciwko kladystyce. Tu chodzi o kwestie „przodka“, ktory moze byc tylko jeden (w sensie osobnika), a nie musi (np. u organizmow rozmnazajacych sie plciowo przodkiem mozna nazwac tzw. „cladogenetic set“; lub – jak autor, Mike Keesey, teraz preferuje – „cladogen“; np. mamusia i tatus sa „cladogen“); a u tego osobiscie tez nie widze problemu z podzialem na kilka linii (Rieppela czytalem). Cala sprawa to jednak kwestia potencjalnego ograniczenia metody. Anageneza, hybrydyzacja itd. itp. oczywiscie tez naleza do spraw, ktore trzeba brac pod uwage. Kladystyka nie formuje kompletna znajomosc ewolucji badanej grupy, ale ladnie pokazuje, na co powinnismy zwracac uwage i z czym powinnismy w przyszlosci liczyc.

Dawid pisze:- wiek znalezisk - bez znaczenia?

Paleontologia to wredna nauka, ktora ciagle poszerza zasieg czasowy mnostwa galezi ewolucyjnych, wiec uwazam, ze informacja czasowa w badaniach filogenetycznych moze byc czasami nawet mocno mylaca.

Dawid pisze:To dotyczy żab, ssaków... ale takie ceratopsy - tu stratofenetyka, z uwględnieniem wieku i paleobiogeografii, jest najrozsądniejszą opcją.

Dlaczego niestosowne jest przeprowadzanie analiz kladystycznych w ramach ceratopsow?

Mateusz pisze:Mnie irytuje fakt, że badacze nie zastanawiają się nad ideą i ograniczeniami kladystyki. Znam kilka przypadków, gdzie wrzucano kladogram do pracy, by była bardziej "naukowa", albo by hipoteza przedstawiona przez badaczy była bardziej wiarygodna. Albo recenzentów, którzy chcieli analizy kladystycznej w pracy bez żadnej argumentacji jakby była czymś niezbędnym lub ostateczną wyrocznią.

Zgadzam sie, ze sporo ludzi w ogole nie mysli o tej metodzie. Kladystyka oczywiscie ma ograniczenia, tak jak kazda metoda, i trzeba je znac, zeby robic dobra kladystyke. W kontekscie tematu tej dyskusji jednak stwierdzasz nieistotne rzeczy, poniewaz mowisz o ludziach, a nie o metodzie.

Mateusz pisze:Komputer może tylko policzyć, człowiek może zanalizować.

W takim razie stosujesz zupelnie niepowszechna definicje „analizowania“. Komputer oczywiscie potrafi analizowac i analizuje dla nas coraz czesciej. Rozumiem, ze podoba Ci sie taki argument (bo rzeczywiscie brzmi naukowo), ale jest niepoprawny. ;)

Mateusz pisze:Komputer nie policzy nic ponad to, co mu da do policzenia człowiek. Gdy macierz jest duża, to jesteśmy skazani na komputer, ale lepiej to robić samemu. Nie chodzi o obliczanie drzew, tylko porównywanie cech w różnych taksonach, przecież napisałem :? . Komputer nie porównuje, nie myśli ewolucyjnie i ma cechy przepisane do konkretnych wartości, samych cech "nie widzi".

Owszem, podczas analiz kladystycznych komputer analizuje macierze danych, ktore dla niego przygotowalismy, i na podstawie naszych ustawien i wlasnych algorytmow zaproponuje hipotezy filogenetyczne. Wiec tak, podczas analiz kladystycznych komputer robi to, co po nim chcemy (czyli zadne „czary-mary“, o ktorych w przeslosci pisal Dawid ). Osobiscie uwazam, ze mozna powiedziec, ze komputer „widzi“ cechy, bo jesli przygotujesz informatywna macierz, to komputer ma do rozpatrywania identyczna ilosc informacji, co Ty (a czasami nawet wiecej, jesli sam nie jestes autorem macierzy ), choc oczywiscie nie ma wiedze na temat procesow ewolucyjnych. Ale nikt chyba nie chce twierdzic, ze przeprowadzeniem analizy kladystycznej sprawa sie konczy. ;)

Mateusz pisze:Tak po za tym chciałem się głównie pożalić właśnie na podejście jakie się zaczęło pojawiać w nauce. Sama metoda nie wydaje mi się taka zła, ale ma oczywiście ograniczenia, o których mogę napisać jeśli chcecie.

Czasami wydaje mi sie, ze ciagle chce ktos naiwnym kladystom pokazac, ze ich metoda nie jest doskonala. Bo musza w koncu wiedziec. Ale ludzie, ktorzy naprawde znaja sie na kladystyce, oczywiscie znaja jej ograniczenia (i to duzo lepiej od anty-kladystow). Artykuly naukowe pisza sie dlatego, zeby naukowcy interpretowali wyniki swoich badan i dyskutowali na ten temat. Gdyby analiza kladystyczna powiedziala Ci wszystko i znala odpowiedz na kazde pytanie, wystarczyloby do redakcji przeslac „Nexus file“ i gotowe. Oczywiscie nie moge sie niezgodzic z tym, ze zbyt czesto sa wymagania recenzentow odnosnie analiz kladystycznych wrecz absurdalne, bo rzeczywiscie czesto wystarzcy im sam fakt, ze autor po prostu dorzucil do swojej pracy drzewko, choc macierz, na podstawie ktorej powstalo owe drzewko, zawiera mnostwo bledow, ale trzeba byc swiadomy tego, co jest metoda, a co wklad czlowieka. Bardziej niz dyskusje na temat ograniczen kladystyki (o ktorych istnieja artykuly naukowe; czyli zrodla kompetentniejsze od naszych niedoswiadczonych glow) proponowalbym pisac o poszczegolnych bledach, ktore sie robi w trakcie przeprowadzania analiz kladystycznych i interpretacji ich wynikow, bo takim sposobem nauczymy sie na pewno wiecej niz podczas kolejnych dyskusji na tematy, o ktorych juz byla mowa i ktore moim zdaniem ciagna sie wciaz w kolko. ;)

Daniel Madzia pisze:Owszem, moze byc cecha homologiczna. No i? To pytanie nie ma nic wspolnego z kwestia kladystyki. Ty mozesz publikowac hipoteze, ze cecha X danych dwudziestu taksonow jest cecha homologiczna i do tego narysujesz ladne drzewko, w ktorym zaznaczysz powstanie tej cechi i opiszesz jej ewolucje. Inny naukowiec przeczyta Twoja prace i postanowi sprawdzic waznosc danej cechy za posrednictwem analizy kladystycznej. Wstawi wiec te ceche do swojej macierzy i przeprowadzi analize. W jego analizie okaze sie, ze Twoja cecha jest homoplazja. Na podstawie swoich wynikow owy naukowiec bedzie twierdzil, ze obecnosc innych trzydziestu cech wskazuje na to, ze Twoja jedna cecha wyksztalcila sie kilka razy w ramach kilku kladow. Kto ma racje? Ty albo kladysta? Gdyby mi (trzeciej osobie sledzacej taka dyskusje) zalezalo na zrozumieniu ewolucji danej grupy, stwierdzil bym sobie, na podstawie jakich znakow wyszlo autorowi tak, a nie inaczej. Moze bym uznal, ze narobil duzo bledow, a moze okazaloby sie, ze mocno przesadziles z waznoscia tej cechy. Ale to nie argument przeciwko kladystyce.

Chodziło mi o to, że analiza kladystyczna nie przesądza która cecha jest homologiczna/konwergentna. Program generuje wiele drzew, najczęściej wyświetla te najkrótsze. Cechy mogą układać się różnie. Kladogram, który otrzymujemy, to sugestia. Następnie weryfikujemy wynik, o czym piszesz Danielu. Natomiast algorytm nie zastanawia się nad cechami. Ustawia je tak, by gałęzie były jak najkrótsze.

Daniel Madzia pisze: Dawid napisał(a):
- czemu homoplazje miałyby być mnie parsymoniczne od homologii?

Jak wyzej; to pytanie nie dotyczy kladystyki. Tak samo, jak w wiekszosci wypadkow kierujemy sie w zyciu zasada parsymonii bez doglebnego zastanawiania sie nad filozofia nauki, tak samo proponujemy w badaniach filogenetycznych hipotezy, ktore wymagaja najmniejsza ilosc zmian ewolucyjnych. To nie jest wylacznie sprawa kladystyki.

Wiemy, że ewolucja nie rządzi się regułą parsymonii. Pytanie zatem na ile obraz, który otrzymujemy z analiz, jest odległy od rzeczywistego.

Daniel Madzia pisze:Poza tym analizy filogenetyczne nie przeprowadzaja sie wylacznie na zasadzie maximum parsimony.

Są różne typy analiz filogenetycznych, ale wydawało mi się, że te kladystyczne zawsze wykorzystują zasadę MP. Nie spotkałem się analizą kladystyczną, która nie wykorzystywała MP. Możesz podać jakieś?

Daniel Madzia pisze:To pytanie nie do konca zrozumialem juz pierwszy raz, kiedy mi go zadales. I nadal nie wiem, co masz na mysli. Jesli uwazasz, ze kladogram nie jest graficznym przedstawieniem hipotezy filogenetycznej, a sam wynik analizy kladystycznej nie mozesz testowac, to co jest Twoim zdaniem hipoteza filogenetyczna?

By coś było naukowe, musi móc podlegać weryfikacji. Inaczej mówiąc musi dać się przetestować. Testowanie ma na celu potencjalne odrzucenie hipotezy, nie jej potwierdzenie. Mówiąc krótko hipoteza naukowa musi być falsyfikowalna, czyli skonstruowana tak, by dało się ją potencjalnie obalić. Np. stwierdzenie "Widziałem ducha" nie jest hipotezą naukową, bo nie da się jej zweryfikować. Hipotezę można testować przez kolejne doświadczenia naukowe, obserwacje (ale nie w przypadku paleo) lub niezależny zestaw danych (w paleo możliwe). Gdy ustalasz hipotezę przodek-potomek, szukasz w warstwach między nimi formy pośredniej. Jeśli znajdujesz zwierzaka, który nie spełnia wymogów przodek-forma pośrednia-potomek, to odrzucasz hipotezę. Jeżeli znajdujesz formę pośrednią, to testujesz tę hipotezę dalej szukając kolejnych form pośrednich, aż dojdziesz do poziomu zmian populacyjnych. Oczywiście nie zawsze znajdujesz formy pośrednie, ale jest to hipoteza falsyfikowalna przynajmniej w teorii.

Daniel Madzia pisze:Prawdopodobnie nie do konca rozumiem. Najpierw ogladamy material i porownujemy z innymi skamienialosciami. Ustalamy cechy, ktore sa obecne w ramach grupy, ktorej filogeneza nas interesuje.

W przypadku macierzy złożonych z kilkuset cech, takie szczegółowe badania są czasowo prawie niemożliwe. Dobór cech jest w takich przypadkach wątpliwy. Oczywiście jest to problem badaczy nie metody, choć paradoksalnie tę metodę właśnie stworzono po to by obliczać drzewa z tak dużych zestawów cech i taksonów, których nie ogarniają "ręcznie" badacze.
Problemem metody jest złudne wrażenie obiektywności. Cechy trzeba wybrać i zważyć. Dokonuje tego badacz według własnej koncepcji.
Można oczywiście wrzucić losowe cechy do macierzy (najlepiej jak najwięcej) i dać im tą samą wartość, ale jest to wbrew naszej wiedzy o ewolucji (nie wszystkie cechy są informatywne filogenetycznie i tak samo informatywne filogenetycznie).

Daniel Madzia pisze:Paleontologia to wredna nauka, ktora ciagle poszerza zasieg czasowy mnostwa galezi ewolucyjnych, wiec uwazam, ze informacja czasowa w badaniach filogenetycznych moze byc czasami nawet mocno mylaca.

Ale zasięgi taksonów się mocno nie zmieniają, szczególnie gatunków. Problem dotyczy raczej większych grup, ale wtedy hipotezy filogenetyczne i tak są bardziej generalne i nie precyzują dokładnego powstania całej grupy. Zresztą o to chodzi, by koncepcje można było weryfikować, a nie czynić je odpornymi na nowe dane.

Daniel Madzia pisze:W kontekscie tematu tej dyskusji jednak stwierdzasz nieistotne rzeczy, poniewaz mowisz o ludziach, a nie o metodzie.

Wyraźnie sygnalizowałem, że piszę o przykładowych błędach badaczy z użyciem tej metody. Jeśli uważasz, że to nie właściwy temat na tę dyskusję, to wystarczyło powiedzieć. Jednak na końcu piszesz, że lepiej porozmawiajmy o błędach badaczy przy robieniu analiz i interpretacji wyników. Mógłbyś się zdecydować.

Daniel Madzia pisze:W takim razie stosujesz zupelnie niepowszechna definicje „analizowania“. Komputer oczywiscie potrafi analizowac i analizuje dla nas coraz czesciej. Rozumiem, ze podoba Ci sie taki argument (bo rzeczywiscie brzmi naukowo), ale jest niepoprawny.

Spieramy się o kwestię semantyczną. Komputer może liczyć wg podanych mu algorytmów, nie potrafi natomiast analizować jak człowiek. By nie czynić tego fragmentu dyskusji jałowym, dodam, że nie ewolucyjnego modelu zmian morfologicznych. Możemy do analizy wrzucać już znane patterny, następstwa cech, ale one mają się nijak do nowych cech/taksonów. Inaczej sprawa wygląda w analizach molekularnych, gdzie te modele zmian istnieją i znane są statystyczne proporcje między nukleotydami oraz częstości różnych zmian.

Daniel Madzia pisze:Osobiscie uwazam, ze mozna powiedziec, ze komputer „widzi“ cechy, bo jesli przygotujesz informatywna macierz, to komputer ma do rozpatrywania identyczna ilosc informacji, co Ty

Cechy morfologiczne mają charakter ciągły, nie dyskretny. My widzimy każdą cechę w kontekście całego organizmu, z uwzględnieniem zmienności i stanu zachowania. Nie mówiąc już o aspekcie funkcjonalnym. Ciężko to wszystko zakodować. Pamiętaj, że każde przetworzenie informacji nie jest w 100% wierne i trochę ją upośledza.

Utahraptor pisze:Są różne typy analiz filogenetycznych, ale wydawało mi się, że te kladystyczne zawsze wykorzystują zasadę MP. Nie spotkałem się analizą kladystyczną, która nie wykorzystywała MP. Możesz podać jakieś?

Jako przykład podam jedną publikację, którą cytowałem w trakcie naszej dyskusji o wężach, bo tam jest to widoczne już w tytule. Phylogeny of snakes (Serpentes): combining morphological and molecular data in likelihood, Bayesian and parsimony analyses - czyli największe prawdopodobieństwo (maximum likelihood), wnioskowanie bayesowskie (Bayesian inference) i największa parsymonia (maximum parsimony). To trzy najpopularniejsze (pewnie są jeszcze inne, ale nie znam, a w każdym razie nie pamiętam ich teraz), każda z nich ma swoje silniejsze i słabsze strony, jak wszystko.

Musicie odróżniać różne metody od siebie. Tam zastosowano nie samą kladystykę, ale i inne metody. Mi chodziło o analizę kladystyczną bez MP. W przypadku danych molekularnych MP używa się co raz rzadziej.

A dlaczego ML i BI miałyby już nie być kladystyką? MP została opracowana jako pierwsza spośród tych metod, stąd pewnie twierdzenie, że MP = kladystyka sensu stricto. Później opracowane metody nie różnią się jednak od niej jakoś diametralnie - głównie matematyczną metodą obliczania najbardziej optymalnego drzewa. Zresztą nawet w obrębie pojedynczego programu można wybierać pomiędzy analizą MP a ML (np. PAUP* daje taka możliwość; vide Lee et al. 2007, powyżej), ale to na marginesie.
Jeśli przyjąć, że analiza kladystyczna jest metodą grupowania organizmów (a nawet niekoniecznie organizmów) w zhierarchizowane jednostki na podstawie danych cech, to ML i BI wpasowują się w nią równie dobrze, jak MP.