Testowanie hipotez filogenetycznych

[Utahraptor]

Wątek wydzielony z dyskusji na temat Qianzhousaurus w temacie "Nowe dinozaury 2014". ~Dino

___________________________________________

Trochę głupio się czuję oceniając innych paleontologów, gdy ja sam dopiero raczkuję w tej dziedzinie. Ale był recenzentem naszego (mojego i moich kolegów) artykułu. Nie ocenił go źle (żeby nie było, że jestem na niego zdenerwowany, czy coś). Jednak część jego uwag była w naszej wspólnej ocenie bezsensowna. Podobne wrażenia miałem czytając jeden z jego ostatnich artykułów. W mojej ocenie (być może niesłusznej) ten paleontolog w doskonale opanował szereg elementów warsztatu paleontologicznego, ale jego myślenie w kategoriach naukowych budzi moje wątpliwości.
Zgadzam się z Tobą, że można ten rodzaj w ED od początku traktować jako synonim.

[nazuul]

Jakieś konkrety na potwierdzenie zarzutów?

[Utahraptor]

Np. domagał się przeprowadzenia testu statystycznego dla kilku pomiarów, po co?
Albo "testował" wyniki analiz pewnych danych przy użyciu tych samych danych analizowanych w taki sam sposób...

[nazuul]

Tj. konkretnie...?

[Utahraptor]

Niedźwiedzki, G., Brusatte, S. L., Sulej, T., and Butler, R. J. In press. Basal dinosauriform and theropod dinosaurs from the middle-late Norian (Late Triassic) of Poland: implications for Triassic dinosaur evolution and distribution. Palaeontology, str. 14.

To further test these identifications, we included these five Porezba specimens in a revised version of the phylogenetic analysis of Nesbitt et al. (2009), which focused on the relationships of early dinosaurs and closely related nondinosaurian dinosauromorphs (Niedzwiedzki et al. 2014). We also added six new characters to the analysis (Appendix), to encapsulate features of the scapula-coracoid, pelvis, femur, tibia and fibula that are shared between some of the Polish specimens and a handful of early dinosaurs.

Przy pomocy pewnych cech zaproponowano przynależność badanych okazów do pewnych grup. Po czym przy użyciu tych samych cech zrobiono analizę filogenetyczną. Nie ma tu mowy o testowaniu, gdyż użyto tych samych danych w ten sam sposób (raz ręcznie, raz komputerowo).

[nazuul]

Rozumiem, że tego pierwszego zarzutu to nie skonkretyzujesz, przynajmniej na razie.

Co do drugiego, to najpierw formalnie - to Niedźwiedzki jest pierwszym autorem, więc na niego powinna spadać głównie odpowiedzialność za ewentualne błędy (co należy odróżnić od mojej oceny sytuacji Qianzhousaurus).
Merytorycznie: nie widzę skazy metodologicznej. Nie chce mi się teraz patrzeć, czy wyłącznie te 6 cech zadecydowało o "ręcznym" umiejscowieniu kości w kladach, załóżmy nawet, że tak. Zrobienie analizy tylko z tych cech byłoby jedynie niepotrzebne (co nie znaczy, że bezsensowne, nieuzasadnione, błędne itp.), jako udowadnianie już udowodnionego. Zrobienie analizy nawet w takim przypadku się przydać - może wskazać nieparsymoniczność rozkładu cech stwierdzonych wg sposobu pierwszego. Te cechy jednak dodano do bardzo obszernej macierzy i na pozycje tych kości powinien mieć wpływ całość danych z macierzy (rozkład cech u taksonów i tych kości). Analiza może wykryć dodatkowe cechy mające wpływ na osąd co do pozycji filogenetycznej tych kości.
Tok rozumowania był taki: aby przetestować hipotezę "ręczną", wrzucamy kości do macierzy. Ponieważ stwierdziliśmy wcześniej istotne cechy do identyfikacji niezawarte w macierzy, to je do niej dodajemy.Błędem byłoby niedodanie cech uznanych za istotne do analizy, która ma w założeniu przetestować hipotezy całościowo.
Przypuszczam, że dwutorowość wynikła tak naprawdę z tego, że połowa autorów chciała zrobić to "ręcznie" a druga połowa "komputerowo".

Zatem "To further test these identifications" jest poprawnym wyrażeniem.

użyto tych samych danych w ten sam sposób (raz ręcznie, raz komputerowo).

Ktoś inny powie, że użyto jednak w inny sposób (raz ręcznie, raz komputerowo).

Zresztą, nawet gdyby Twój zarzut okazał się słuszny, to nie wpływa znacząco na wagę zarzutów wobec diagnozy Qianzhousaurus.

[Utahraptor]

To nie ma wpływu na wagę zarzutów wobec Q., bo dotyczy innej kwestii. Przypadek Q. jest przykładem nie zastosowania parsymonii.
Przypadek, który ja podałem dotyczy testowalności hipotezy naukowej. Dotyczy tej samej osoby, gdyż jak mi wiadomo od III autora, to właśnie Brusatte był odpowiedzialny za porównanie z innymi taksonami i analizę filogenetyczną.
Jeżeli tworzymy hipotezę naukową w oparciu o jakąś metodologię, to by ją przetestować musimy użyć innych/nowych danych albo innej metodologii wobec tych samych danych. Tutaj ten warunek nie został spełniony. Mam wrażenie, że autor ma problemy ze zrozumieniem co to jest testowanie naukowe.

[Ag.Ent]

Wtrącę tylko, że stosowanie kladystyki poza wskazaniem pozycji filogenetycznej pokazuje też ilościowo "moc" danej identyfikacji (np. gdzie takson znajduje się w strict consensus, a gdzie w 50% majority rule?). Analogicznie, stosuje się metody statystyczne do ustalenia czy populacja składająca się z 60 samców i 40 samic różni się pod względem struktury płci od populacji z 40 samcami i 60 samicami (choć przecież na oko wydaje się, że zdecydowanie tak).

[Utahraptor]

Wtrącę tylko, że stosowanie kladystyki poza wskazaniem pozycji filogenetycznej pokazuje też ilościowo "moc" danej identyfikacji (np. gdzie takson znajduje się w strict consensus, a gdzie w 50% majority rule?). Analogicznie, stosuje się metody statystyczne do ustalenia czy populacja składająca się z 60 samców i 40 samic różni się pod względem struktury płci od populacji z 40 samcami i 60 samicami (choć przecież na oko wydaje się, że zdecydowanie tak).

Tylko pytanie, czy jest prawdą to co piszesz ;) . W książce "Metody numeryczne w taksonomii" przeczytałem, że:

W swej istocie metoda [kladystyczna] poszukuje "tego jednego, najlepszego" drzewa, choć to rzeczywiście znalezione nie musi być najlepsze, a poziomu ufności dla obliczonego drzewa określić się nie da: technika jest osadzona w przyczynowo-skutkowym obrazie historycznych zaszłości, bynajmniej nie w probabilistycznym podejściu do opisu procesów ewolucyjnych.

Nie znam się na matematyce, ale z przytoczonego fragmentu wynika, że chyba nie masz racji.

[Ag.Ent]

Kimże jestem, by kłócić się z prof. Falniowskim? No ale skoro zostałem wywołany do tablicy, to spróbuję jakoś odpowiedzieć.

(...) poziomu ufności dla obliczonego drzewa określić się nie da (...)

Dla całego kladogramu chyba nie, ale istnieją testy statystyczne mające określić poziom ufności dla konkretnego kladu na kladogramie, jak np. bootstrap, jacknife (testy nieparametryczne) czy parametric bootstrap (np. Felsenstein 1985, Sanderson 1989, Soltis i Soltis 2003, Zander 2004). Nawet jeśli zgodzimy się z krytykami (Kluge i Wolf 1993), to jednak wydaje mi się, że nie zmienia to poprawności mojej powyższej analogii do statystyki. Skoro dyskutujemy tu o analizie z pracy Niedźwiedzkiego i in. (2014), posłużę się zaczerpniętym z niej przykładem - skoro np. kość strzałkowa ZPAL V.39/46 znajduje się w Herrerasauridae na drzewie ścisłej zgodności (Fig. 9A) - co oznacza, że należy do tego kladu na każdym wygenerowanym w analizie najbardziej parsymonicznym drzewie (bootstrap = 100%) - czyli analiza silnie wspiera przynależność do tego kladu (co można moim zdaniem uznać za analogię wyniku statystycznie istotnego w jakimkolwiek badaniu wykorzystującym metody statystyczne).

DISCLOSURE
Przypominam, że w kwestiach kladystyki jestem tylko amatorem.

[Utahraptor]

A ja jestem kompletnym amatorem z matematyki. Niestety zmuszasz mnie do dyskusji na tym trudnym poletku Odpowiem tak jak to rozumiem, ewentualnie wskaż błąd.

Istnieje szereg technik szacujących "poziom ufności dla konkretnego kladu na konkretnym kladogramie". To prawda. Jeśli jednak nie znamy prawdopodobieństwa kladogramu, to co to zmienia? Prawdopodobieństwo będzie większe lub mniejsze w zależności od całego kladogramu, którego wartości nie znamy. Nic to nie mówi, czy dany klad jest w rzeczywistości prawdopodobny. Dlatego porównanie do statystyki rzeczywistych i probabilistycznych obiektów mnie nie przekonuje.

Jeżeli dobrze rozumiem sposób działania samoopróbkowania (bootstrap), to przykład z kością strzałkową jest chybiony. Technika sprawdza jednorodność sygnału w danych (darowałem sobie opis metody). W tym wypadku mamy kość strzałkową (ile cech?) i znaki zapytania. Więc wartość 100% jest łatwa do przewidzenia. Nie znamy zbyt wielu kości strzałkowych u triasowych teropodów, a sama kość nie ma "towarzyszy" (inne kości), którzy by mogli potwierdzić lub zaprzeczyć związkowi z herrerazaurydami. Uświadomcie mnie, dlaczego w takich wypadkach samoopróbkowania używać? Brusatte użył Jackknife, ale zasada jest podobna. Dlaczego użył? Nie wiem.

[Ag.Ent]

A ja jestem kompletnym amatorem z matematyki.

Ja tym bardziej ;) Mimo to odpowiem.

Nic to nie mówi, czy dany klad jest w rzeczywistości prawdopodobny.

Czy istnieje jakakolwiek metoda pozwalająca nam ocenić czy dany klad istnieje realnie, czy to tylko efekt zastosowanej metodyki?

W tym wypadku mamy kość strzałkową (ile cech?) i znaki zapytania. Więc wartość 100% jest łatwa do przewidzenia.

Oj, nie. Sam robiłem sporo podobnych testów na niekompletnych kościach strzałkowych, więc widziałem, że uzyskanie 100% poparcia nie jest wcale oczywiste.

Nie znamy zbyt wielu kości strzałkowych u triasowych teropodów, a sama kość nie ma "towarzyszy" (inne kości), którzy by mogli potwierdzić lub zaprzeczyć związkowi z herrerazaurydami.

Możliwe, że wszystkie pojedyncze kości z Poręby to jeden takson. To prawdopodobne zwłaszcza w przypadku strzałki oraz kości łopatkowo-kruczej i udowej, które też są identyfikowane jako herrerazaurydowe. Oczywiście, nie mamy pewności czy to na pewno ten sam takson, ale zważywszy na fakt, że herrerazaurydy są w ogóle bardzo rzadkie, wydaje się mało prawdopodobne, byśmy mieli tu więcej niż jeden ich gatunek. Można więc chyba wstępnie założyć, że te kości raczej wspierają identyfikację herrerazaurydową.

Brusatte użył Jackknife, ale zasada jest podobna. Dlaczego użył? Nie wiem.

Może ma to związek z tym, że stosunkowo spora liczba analizowanych okazów jest bardzo niekompletna, a wówczas jackknife sprawdza się lepiej niż bootstrap? Nie wiem, tylko spekuluję.

Mercuriceratops gemini - nowy chasmozauryn, opisany na podstawie prawej k. łuskowej...

I w jakim czasopiśmie dobrym!

[Utahraptor]

Czy istnieje jakakolwiek metoda pozwalająca nam ocenić czy dany klad istnieje realnie, czy to tylko efekt zastosowanej metodyki?

Na pewno są techniki, które radzą sobie z tym lepiej, ale nauka nigdy Ci nie powie, że coś istnieje na prawdę. Powie tylko, że istnieje z dużym prawdopodobieństwem. W tym wypadku analogii nie widzę.

Oj, nie. Sam robiłem sporo podobnych testów na niekompletnych kościach strzałkowych, więc widziałem, że uzyskanie 100% poparcia nie jest wcale oczywiste.
[...]
Może ma to związek z tym, że stosunkowo spora liczba analizowanych okazów jest bardzo niekompletna, a wówczas jackknife sprawdza się lepiej niż bootstrap? Nie wiem, tylko spekuluję.

Widzę, że muszę przytoczyć działanie tej metody. Jackknife losowo usuwa kawałki macierzy i sprawdza, czy wynik się powtarza. Jeżeli masz tylko jedną kość, to twój takson ma prawie same znaki zapytania. Wycinanie z niego dowolnej liczby tych znaków zapytania wyniku nie zmieni. Wsparcie pozostanie wysokie, ale nie będzie o niczym świadczyło. Ty używałeś bootstrapu. Ta technika działa podobnie, ale jedne informacje usuwa, a inne mnoży i sprawdza, czy wynik się powtórzy. Widocznie cechy, które miałeś były bardziej zmienne niż te, których używał Brusatte. Jeżeli nawiązujesz do welocypa, to jest to oczywiste. Cechy welocypa pojawiają się u różnych taksonów (kilka alternatywnych pozycji), więc wsparcie od początku będzie mniejsze. Mi się wydaje, że miarodajność tej techniki zależy od zestawu danych. W obu tych przypadkach dane nie zezwalają na uzyskanie miarodajnych wyników tą techniką i nie powinno się jej używać.

Możliwe, że wszystkie pojedyncze kości z Poręby to jeden takson. To prawdopodobne zwłaszcza w przypadku strzałki oraz kości łopatkowo-kruczej i udowej, które też są identyfikowane jako herrerazaurydowe. Oczywiście, nie mamy pewności czy to na pewno ten sam takson, ale zważywszy na fakt, że herrerazaurydy są w ogóle bardzo rzadkie, wydaje się mało prawdopodobne, byśmy mieli tu więcej niż jeden ich gatunek. Można więc chyba wstępnie założyć, że te kości raczej wspierają identyfikację herrerazaurydową.

Ja cały czas abstrahowałem od interpretacji przedstawionej w tej pracy. Chodziło mi tylko o zastosowanie powyższych technik w kontekście testowania naukowego.

[Ag.Ent]

Na pewno są techniki, które radzą sobie z tym lepiej, ale nauka nigdy Ci nie powie, że coś istnieje na prawdę.

Zastanawiam się, czy w przypadku jakiejkolwiek nauki historycznej to w ogóle możliwe...

Jackknife losowo usuwa kawałki macierzy i sprawdza, czy wynik się powtarza. Jeżeli masz tylko jedną kość, to twój takson ma prawie same znaki zapytania. Wycinanie z niego dowolnej liczby tych znaków zapytania wyniku nie zmieni.

Gwoli ścisłości, w jackknife usuwany jest cały takson (czy, dokładniej, OTU), dlatego zastanawiam się, czy ta metoda nie byłaby lepsza do takiego zestawu danych. Zresztą było sporo prac o wyższości jackknife nad bootstrapem - może Brusatte też jest zwolennikiem tej metody i dlatego ją zastosował. Nie wiem.

[Utahraptor]

Gwoli ścisłości, w jackknife usuwany jest cały takson (czy, dokładniej, OTU), dlatego zastanawiam się, czy ta metoda nie byłaby lepsza do takiego zestawu danych. Zresztą było sporo prac o wyższości jackknife nad bootstrapem - może Brusatte też jest zwolennikiem tej metody i dlatego ją zastosował. Nie wiem.

Tak, masz rację, powinienem wspomnieć, że chodzi o OTU, a nie na przykład cechy. Może jackknife jest lepszy w przypadku fragmentarycznych OTU, a może nie. Trzeba się nad tym dłużej zastanowić, wypróbować. W przypadu Brusattego, nie podważam jego znajomości metod, których używa, ale wątpliwości moje budzi, czy potrafi myśleć w kategoriach naukowych. Nie wiem, chętnie bym z nim pogadał osobiście, zobaczyłbym co ma na swoją obronę.

[Grzegorz]

Napisz do Steva e-mail i sprawdz jego zdolnosci intelektualne! Widze, ze publikacja o Porebie wywolala dyskusje o metodach. Postaram sie kilka rzeczy wyjasnic. Tak dla jasnosci... to ja zaproponowalem zastosowanie kladystycznych metod analizy systematycznej (zwanych takze filogenetycznymi) w tej publikacji.

[Utahraptor]

Porozmawiam z nim na konferencji.
To dlaczego zaproponowałeś zastosowanie tych metod? Ty napisałeś akapit o testowaniu?

[Grzegorz]

A dlaczego nie uzywac innych metod? Chyba wrecz nalezy siegac po rozne metody i nie przywiazywac sie do utartych schematow, metod wnioskowania czy tez rekonstrukcji filogenezy. Nikt nie ma patentu na prawde. Kladystyka tez nie jest ostatecznym rozwiazaniem, jak twierdza czasami szacowni badacze. Nalezy szukac rozwiazan roznymi metodami i szukac odpowiedzi w roznych miejscach na rozne sposoby (dobrze to ilustruja nasze ostatnie doswiadczenia z pewnym manuskryptem : ). Opis, nawet jesli jest bardzo szczegolowy, to zawsze jest subiektywny. Kazdy z nas widzi to inaczej. Przekonalem sie o tym wielokrotnie w czasie weryfikacji wlasnych obserwacji czy ogladaniu "dobrze" opisanych okazow w roznych muzeach na swiecie. Publikacja Sterlinga Nesbitta i wspolautorow (2009) czy jego doktorat (Nesbitt 2011) to kawal dobrej roboty i nie mozna tego pomijac jak sie bada triasowe archozaury. Wrzucenie tam tych kilku kosci bylo w mojej ocenie forma testu. Opis i interepretacja to jedna sprawa, zobaczyc jak to "fruwa" w metodzie badania filogenezy innego naukowca... cenne doswiadczenie.

[Utahraptor]

Przepraszam jeśli czujecie się znużeni tą dyskusją, ale ja uważam ją za ważną.

A dlaczego nie uzywac innych metod? Chyba wrecz nalezy siegac po rozne metody i nie przywiazywac sie do utartych schematow, metod wnioskowania czy tez rekonstrukcji filogenezy. Nikt nie ma patentu na prawde. Kladystyka tez nie jest ostatecznym rozwiazaniem, jak twierdza czasami szacowni badacze. Nalezy szukac rozwiazan roznymi metodami i szukac odpowiedzi w roznych miejscach na rozne sposoby (dobrze to ilustruja nasze ostatnie doswiadczenia z pewnym manuskryptem : ). Opis, nawet jesli jest bardzo szczegolowy, to zawsze jest subiektywny. Kazdy z nas widzi to inaczej. Przekonalem sie o tym wielokrotnie w czasie weryfikacji wlasnych obserwacji czy ogladaniu "dobrze" opisanych okazow w roznych muzeach na swiecie. Publikacja Sterlinga Nesbitta i wspolautorow (2009) czy jego doktorat (Nesbitt 2011) to kawal dobrej roboty i nie mozna tego pomijac jak sie bada triasowe archozaury. Wrzucenie tam tych kilku kosci bylo w mojej ocenie forma testu. Opis i interepretacja to jedna sprawa, zobaczyc jak to "fruwa" w metodzie badania filogenezy innego naukowca... cenne doswiadczenie.

Nie neguję stosowania tej metody jako takiej. Pytałem tylko o zastosowanie tej metody w tej konkretnej sytuacji. Nie prościej było po prostu sprawdzić w macierzy kto ma 0, a kto 1 dla danej cechy i zobaczyć, gdzie taksony z takimi samymi stanami są na drzewkach? Jest to szybsze i łatwiejsze w interpretacji.
Natomiast cała ta dyskusja zaczęła się od tego czy jest to testowanie naukowe, albo analiza statystyczna.
Moim zdaniem nie.

[Niekryty Krytyk]

"wątpliwości moje budzi, czy potrafi myśleć w kategoriach naukowych" - Utahraptor

W nauce, bezwzględna merytoryczna krytyka, również przeciw autorytetom, to podstawa postępu. Powyższy cytat jest jednak zwykłym argumentum ad personam, którego wykorzystanie może i byłoby jedynie nadużyciem, gdyby nie to, że został wykorzystany przez przez osobę aspirującą do bycia naukowcem, dodatkowo w sytuacji, gdy obrażany jest badacz zagraniczny, raczej bez możliwości publicznej obrony na forum swoich zdolności intelektualnych. Stawia to więc w złym świetle nie tylko samego krytyka, ale też szkodzi wizerunkowi polskiej nauki w ogóle.

[Utahraptor]

"wątpliwości moje budzi, czy potrafi myśleć w kategoriach naukowych" - Utahraptor

W nauce, bezwzględna merytoryczna krytyka, również przeciw autorytetom, to podstawa postępu. Powyższy cytat jest jednak zwykłym argumentum ad personam, którego wykorzystanie może i byłoby jedynie nadużyciem, gdyby nie to, że został wykorzystany przez przez osobę aspirującą do bycia naukowcem, dodatkowo w sytuacji, gdy obrażany jest badacz zagraniczny, raczej bez możliwości publicznej obrony na forum swoich zdolności intelektualnych. Stawia to więc w złym świetle nie tylko samego krytyka, ale też szkodzi wizerunkowi polskiej nauki w ogóle.

Rzeczywiście racja. Jest to niedobry dobór słów. Przepraszam i wycofuję się z tego zdania. Rzeczywiście nie można powiedzieć, że badacz w ten lub inny sposób myślał, gdyż nie mogę tego sprawdzić.

Miałem na myśli, brak zastosowania parsymonii i/lub testowania naukowego w podanych dwóch przypadkach.

[Niekryty Krytyk]

Twoja wypowiedź była niestosowna nie z powodu niemożności sprawdzenia myśli krytykowanego badacza. To nie stanowi istoty problemu. Nawet gdybyś jakim cudem miał pewność, co obrażany ma w głowie i byłoby to zgodne z Twoją tezą, Twój argument nadal byłby argumentem ad personam, jego użycie na forum publicznym - nieetyczne, zaś zastosowanie w dyskusji na temat wspominanego artykułu - zupełnie niemerytoryczne. Równie dobrze "argumentem" mogłoby być porównanie Waszego dorobku naukowego wg Scopus, weryfikacja trafności opublikowanych interpretacji, czy zestawienie światopoglądów i przekonań.

W dodatku, oryginalnie użyłeś aspektu niedokonanego ("czy potrafi myśleć [...]"), a teraz używasz dokonanego ("w ten lub inny sposób myślał"), co odczytuję jako próbę wstecznego zmiękczenia oryginalnego zarzutu.

Przypomnę, że hipotezy naukowe powinny być testowalne, co nie znaczy że muszą być z urzędu testowane; równie dobrze hipoteza może być przedstawiona ad hoc. Korzystanie z tego samego zestawu danych z wykorzystaniem różnych metod, przy oczekiwanej powtarzalności rezultatów, nie jest niczym innym jak testowaniem zgodności metod. Poza tym, mogę sobie wyobrazić scenariusz, w którym modyfikacji macierzy prowadzi, chociażby, do numerycznej zmiany wsparcia pewnych kladów. Równie ważne jest też to, że kodowanie nowych okazów ma jak najbardziej praktyczny wymiar - kolejnym badaczom edytującym kolejne wcielenia macierzy ubyło roboty.

Pisałeś też wcześniej, że recenzent oczekiwał testu statystycznego dla zbioru ledwie kilku pomiarów. Należałoby się więc może zastanowić, czy wnioski wyciągane ze statystycznie nieistotnej liczby pomiarów są warte publikacji? Może taki a nie inny komentarz recenzenta był pobłażliwy i miał zachęcić do zebrania większej liczby danych lub zrezygnowania ze zbyt daleko idących wniosków?

[Utahraptor]

Jak najbardziej zgadzam się i zdaję sobie z tego sprawę, że było to złe sformułowanie, godzące w samą osobę badacza. Nie miałem jednak intencji obrażania wymienionego wcześniej autora, choć tak to niestety wyszło. Chciałem po prostu odpowiedzieć na ciekawość nazuula, dlaczego sytuacja z alioramusem mnie nie zaskoczyła. A nie była dla mnie zaskoczeniem nie ze względu na jakiś mój osobisty stosunek do naukowca, ale ze względu na jego publikacje. Niestety zrobiłem to w zupełnie zły sposób.

Przypomnę, że hipotezy naukowe powinny być testowalne, co nie znaczy że muszą być z urzędu testowane; równie dobrze hipoteza może być przedstawiona ad hoc. Korzystanie z tego samego zestawu danych z wykorzystaniem różnych metod, przy oczekiwanej powtarzalności rezultatów, nie jest niczym innym jak testowaniem zgodności metod. Poza tym, mogę sobie wyobrazić scenariusz, w którym modyfikacji macierzy prowadzi, chociażby, do numerycznej zmiany wsparcia pewnych kladów. Równie ważne jest też to, że kodowanie nowych okazów ma jak najbardziej praktyczny wymiar - kolejnym badaczom edytującym kolejne wcielenia macierzy ubyło roboty.

Zgadzam się, ale nie o to mi chodziło. Polecam przeczytać zacytowany przeze mnie artykuł.
Po pierwsze, gdyby chodziło o testowanie metody, to miałoby to odzwierciedlenie w dyskusji (porównanie metod), mamy natomiast dyskusję nad przynależnością taksonomiczną. Także zacytowany przeze mnie fragment odnosił się do testowania hipotezy o przynależności taksonomicznej, a nie testowania zgodności metod.
Po drugie nie mamy tu do czynienia ze stosowaniem różnych metod. Założenia były te same, dane były te same. Rozpatrujemy cechy jako potencjalne synapomorfie do ustalania pokrewieństw w najoszczędniejszy możliwy sposób. Najpierw zostało to zrobione ręcznie, a potem komputerowo. Dlatego chętnie się dowiem w jaki sposób zastosowano testowanie naukowe w tym fragmencie.

Pisałeś też wcześniej, że recenzent oczekiwał testu statystycznego dla zbioru ledwie kilku pomiarów. Należałoby się więc może zastanowić, czy wnioski wyciągane ze statystycznie nieistotnej liczby pomiarów są warte publikacji? Może taki a nie inny komentarz recenzenta był pobłażliwy i miał zachęcić do zebrania większej liczby danych lub zrezygnowania ze zbyt daleko idących wniosków?

W paleontologii kręgowców jest to norma, że mamy do czynienia z pojedynczymi okazami. Nie kojarzę publikacji (choć bardzo możliwe, że takie są), by ktoś używał statystyki przy porównywaniu pojedynczych okazów. Wydaje mi się to trochę trywialne, że istotność statystyczna będzie w takich sytuacjach na niskim poziomie. Nie wiem co sobie myślał recenzent, mnie to trochę zdziwiło.

[nazuul]

(...) mamy natomiast dyskusję nad przynależnością taksonomiczną. Także zacytowany przeze mnie fragment odnosił się do testowania hipotezy o przynależności taksonomicznej, a nie testowania zgodności metod.
Po drugie nie mamy tu do czynienia ze stosowaniem różnych metod. Założenia były te same, dane były te same. Rozpatrujemy cechy jako potencjalne synapomorfie do ustalania pokrewieństw w najoszczędniejszy możliwy sposób. Najpierw zostało to zrobione ręcznie, a potem komputerowo. Dlatego chętnie się dowiem w jaki sposób zastosowano testowanie naukowe w tym fragmencie.

Ja już się wypowiedziałem co sądzę o obecności testowania w tym fragmencie (i jeśli dobrze odczytuję, także Ag.Ent "stosowanie kladystyki poza wskazaniem pozycji filogenetycznej pokazuje też ilościowo "moc" danej identyfikacji"), a co sądzą inni na ten temat? Grzegorz, Niekryty Krytyk?

Wreszcie jakiś konkretny post w temacie
Zamiast jakiejś dziwnej dyskusji.

Można wyodrębnić do nowego wątku. Utahraptor lub szerman - uczcie się.

Natomiast co do meritum tego wątku:

Mercuriceratops gemini - nowy chasmozauryn, opisany na podstawie prawej k. łuskowej...

I w jakim czasopiśmie dobrym!

Nowy, bazalny hadrozauroid z późnej kredy Chin (wreszcie rodzaj dinozaura opisany na podstawie więcej niż pojedynczej kości...) Zhanghenglong yangchengensis

Chyba trzeba coś wyjaśnić. Kryza ceratopsydów składa się z k. łuskowych i ciemieniowej (już u najmniejszych znanych okazów jedna całość) i różków na nich (zob. diagram czaszki triceratopsa). Wiadomo, że ceratopsydy różnią się głównie czaszkami - "identyczność' szkieletu pozaczaszkowego jest powszechnie znana, ale zob. Maidment i Barrett, 2011.
Na ile kryza jest diagnostyczna? Np. Longrich, 2010: to - NMC 8803, fragment k. ciemieniowej jest diagnostyczne, a to - elementy nieznane ciemnoszare, nie jest (nieważne, że ten drugi okaz ma długie rogi, a inne nie mają wcale, to ten sam gatunek; liczy się liczba różków na k. ciemieniowej, 6 czy 10 - Campbell i in., 2013, abstrakty z konferencji SVP, s. 99)
Mercuriceratops to dwie identyczne k. łuskowe o unikalnej budowie. Przypadek?

[Utahraptor]

Ja już się wypowiedziałem co sądzę o obecności testowania w tym fragmencie (i jeśli dobrze odczytuję, także Ag.Ent "stosowanie kladystyki poza wskazaniem pozycji filogenetycznej pokazuje też ilościowo "moc" danej identyfikacji")

Dobrze, w takim razie co, według Ciebie, jest testowaniem naukowym i dlaczego ten przypadek ma spełniać te kryteria?
Z tego wszystkiego zapisałem się na egzamin z filozofii .