Forum Dinozaury.com

Forum Dinozaury.com

z nami przeniesiesz się w czasie...
 
Teraz jest 17 października 2019, o 00:14

Strefa czasowa: UTC + 1




Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 94 ]  Przejdź na stronę Poprzednia strona  1, 2, 3, 4
Autor Wiadomość
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 1 sierpnia 2019, o 19:17 
Offline
Sylurski fałdopłetwy
Sylurski fałdopłetwy

Dołączył(a): 4 czerwca 2018, o 14:29
Posty: 149
Lokalizacja: Małopolska
Piotr B. napisał(a):
Brakuje wiarygodnych danych molekularnych. Jedyne dane molekularne w postaci kolegenu, ale jak wiesz dane wysoce kontrowersyjne, dostarcza Schweitzer. Z Jej danych molekularnych wynikałoby, że ptaki nie pochodzą od dinozaurów (patrz fig. 4 w Schweitzer et al., 2009). Z przypuszczalnie dinozaurowych protein wynika, że Brachylophosaurus i Tyrannosaurus są bliżej spokrewnione ze sobą wzajemnie, niż któryś z nich z ptakami, czyli ptaki nie należą do Dinosauria.

Schweitzer, M.H. et al., 2009. Biomolecular Characterization and Protein Sequences of the Campanian Hadrosaur B. canadensis. Science 324: 626-631. https://doi.org/10.1126/science.1165069


Naprawdę? C'mon! Incomplete lineage sorting. Filogeneza jednej sekwencji to nie filogeneza organizmów.


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 1 sierpnia 2019, o 19:53 
Offline
Dewoński labirintodont
Dewoński labirintodont

Dołączył(a): 15 listopada 2008, o 18:02
Posty: 285
Lokalizacja: Częstochowa
Dane nie tylko są skąpe, ale też wielu powątpiewa w ich prawdziwość. Fakty są jednak takie, że z jedynych znanych na dzień dzisiejszy przypuszczalnych danych molekularnych wynikałoby, że ptaki nie pochodzą od dinozaurów. Możesz pobrać te sekwencje z bazy NCBI i samemu je przeanalizować, jak i ja zrobiłem.


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 1 sierpnia 2019, o 20:15 
Offline
Kredowy tyranozaur
Kredowy tyranozaur

Dołączył(a): 19 marca 2009, o 20:55
Posty: 2014
Lokalizacja: Wrocław
Imię i nazwisko: Tomasz Skawiński
Piotr B. napisał(a):
Dane nie tylko są skąpe, ale też wielu powątpiewa w ich prawdziwość. Fakty są jednak takie, że z jedynych znanych na dzień dzisiejszy przypuszczalnych danych molekularnych wynikałoby, że ptaki nie pochodzą od dinozaurów. Możesz pobrać te sekwencje z bazy NCBI i samemu je przeanalizować, jak i ja zrobiłem.
Tylko że to nie są jedyne potencjalne dinozaurze molekuły... Zobacz np. ryc. 6B w publikacji Schroeter i in. 2017, gdzie brachylofozaur jest zagnieżdżony wewnątrz Neornithes.


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 1 sierpnia 2019, o 20:36 
Offline
Dewoński labirintodont
Dewoński labirintodont

Dołączył(a): 15 listopada 2008, o 18:02
Posty: 285
Lokalizacja: Częstochowa
Ag.Ent napisał(a):
Piotr B. napisał(a):
Dane nie tylko są skąpe, ale też wielu powątpiewa w ich prawdziwość. Fakty są jednak takie, że z jedynych znanych na dzień dzisiejszy przypuszczalnych danych molekularnych wynikałoby, że ptaki nie pochodzą od dinozaurów. Możesz pobrać te sekwencje z bazy NCBI i samemu je przeanalizować, jak i ja zrobiłem.
Tylko że to nie są jedyne potencjalne dinozaurze molekuły... Zobacz np. ryc. 6B w publikacji Schroeter i in. 2017, gdzie brachylofozaur jest zagnieżdżony wewnątrz Neornithes.
Znam publikację z 2017, ale tam w analizie w ogóle nie był uwzględniony Tyrannosaurus.

Mój argument brzmi: wedle tych danych Brachylophosaurus i Tyrannosaurus są ze sobą wzajemnie bliżej spokrewnione, niż któryś z nich (np. Tyrannosaurus) z ptakami. Zwrócił na to uwagę Feduccia w książce z 2012, choć do prawdziwości samych danych zespołu Schweitzer jest w książce sceptycznie nastawiony.

Aby analiza mogła odrzucić lub potwierdzić pochodzenie ptaków od dinozaurów, musi uwzględniać sekwencje pochodzące zarówno od teropodów, jak dinozaurów ptasiomiedniczych (lub zauropodów). Z samego faktu, że Brachylophosaurus ląduje blisko ptaków, a w którejś z analiz został na tyle przyciągnięty, że wylądował pośród ptaków, nic nie wynika.


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 2 sierpnia 2019, o 18:52 
Offline
Ordowicki bezszczękowiec
Ordowicki bezszczękowiec

Dołączył(a): 13 czerwca 2019, o 09:55
Posty: 73
Piotrze, czytałem z wcześniejszych postów, że prof. Dzik zgadza się z twoimi poglądami na ten temat, lecz zobaczyłem, że chociaż uważa skansoriopterygidy, anchiornitydy oraz mikroraptorydy i kaudipterydy za cześć linii prowadzącej do dzisiejszych ptaków (nie pochodzących od dinozaurów) to nie uważa dromeozaurow, troodonow i owiraptorozaurow za wtórnie nielotne ptaki. Jednakże zaznaczył, że w przyszłości może się tak stać. Są to jednak dane z 2011 roku, lecz ciągle ta prawdopobnosc się nie spełniła. Czyli jak mówiłeś, należy szukać dowodów w formacjach wczesnojurajskich, a może odkryte zostanie "Liaoning 2


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 3 sierpnia 2019, o 11:53 
Offline
Dewoński labirintodont
Dewoński labirintodont

Dołączył(a): 15 listopada 2008, o 18:02
Posty: 285
Lokalizacja: Częstochowa
Taurovenator napisał(a):
Piotrze, czytałem z wcześniejszych postów, że prof. Dzik zgadza się z twoimi poglądami na ten temat, lecz zobaczyłem, że chociaż uważa skansoriopterygidy, anchiornitydy oraz mikroraptorydy i kaudipterydy za cześć linii prowadzącej do dzisiejszych ptaków (nie pochodzących od dinozaurów) to nie uważa dromeozaurow, troodonow i owiraptorozaurow za wtórnie nielotne ptaki. Jednakże zaznaczył, że w przyszłości może się tak stać. Są to jednak dane z 2011 roku, lecz ciągle ta prawdopobnosc się nie spełniła. Czyli jak mówiłeś, należy szukać dowodów w formacjach wczesnojurajskich, a może odkryte zostanie "Liaoning 2
Co to znaczy, że "ciągle ta prawdopodobność się nie spełniła"? Jeśli to masz na myśli, metodologia kladystyczna jest na tyle ułomna, że nie liczyłbym na to, że w jej ramach kiedykolwiek się coś spełni. Jeśli w bliższej lub dalszej przyszłości skumulują się przekonujące dla szerszego grona odbiorców fakty przeciwko dinozaurowemu pochodzeniu ptaków, nadejdą one z innych dziedzin niż komputerowa kladystyka oparta o morfologię szkieletu. Wedle moich informacji -również niepublikowanych- przeważająca część opozycji do dinozaurowej hipotezy o pochodzeniu ptaków uważa owiraptorozaury za wtórnie nielotne ptaki.


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 4 sierpnia 2019, o 07:06 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6484
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Piotr B. napisał(a):
nazuul napisał(a):
I dane niemorfologiczne.
Jakie dane niemorfologiczne?

Metabolizm, jaja, opieka nad młodymi, pozycja snu łączą ptaki z dinozaurami, ale nie z krokodylomorfami.

Piotr B. napisał(a):
Z opublikowanych badań wynika również, że wszystkie Pennaraptora w tym Oviraptorosauria miały latającego przodka (Hutson and Hutson, 2018).

Hutson, J.D. and Hutson. K.N. 2018. Retention of the flight-adapted avian finger-joint complex in the Ostrich helps identify when wings began evolving in dinosaurs. Ostrich 2018: 1–14. http://dx.doi.org/10.2989/00306525.2017.1422566

OK, wycofuję się z tego:
„(Oviraptorosauria), który nie wykazuje przystosowań do lotu, podobnie jak bardziej bazalne klady (oczywiście jest szansa, że Scansoriopterygidae to Oviraptorosauria), rozsądnym więc jest zatem przyjęcie, że latały/opadały tylko Paraves.”
Ale podtrzymuję pogląd dotyczący meritum tej kwestii, tj. że bardziej prawdopodobne jest, że błona występowała tylko u Scansoriopterygidae i że lot musiał mieć pierwotnie związek z lotkami (skoro występują one u Oviraptorosauria i Paraves).
Jednak nie jestem zupełnie przekonany, że Pennaraptora miały latającego przodka - są nielotne hipotezy powstania skrzydeł (pennibrachia), jak zachowania godowe.

Jeśli mimo zastrzeżeń trzymać się drzew molekularnych podanych w wątku, to Twoja hipoteza o krokodylowym pochodzeniu ptaków także jest błędna - gdyż ptaki są taksonem siostrzanym lub dinozaurów lub dinozaury są ptakami, ale nigdy nie mają podobnych związków z krokodylami.
Nie jest ważne, czy przedstawiamy (jakąkolwiek/jedną/rozsądną) alternatywę - ważne, że by ptaki nie były dinozaurami.
Sugeruję przyjrzeć się pterozaurom.

Z tego co podajesz wynika, że wg Ciebie ptaki to Pennaraptora, które wywodzą się z bliżej nieokreślonego wczesnojurajskiego krokodylomorfa. Co z Alvarezsauroidea, Therizinosauria, Ornithomimosauria czy Fukuiraptor? Co z Limusaurus i wszystkim, co znajduje się (wg dominującej hipotezy filogenezy teropodów) między ww. taksonami a nim? Dinozaury czy krokodylomorfy? Rozmawiamy o hipotezach filogenetycznych, warto je sprecyzować abyśmy wiedzieli, o czym właściwie mówimy.

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 4 sierpnia 2019, o 13:44 
Offline
Dewoński labirintodont
Dewoński labirintodont

Dołączył(a): 15 listopada 2008, o 18:02
Posty: 285
Lokalizacja: Częstochowa
Hipoteza o krokodylomorfowym pochodzeniu ptaków jest jedną z alternatyw do hipotezy dinozaurowej. Nie twierdzę, że jest z pewnością właśnie tą właściwą spośród nich, ale przy obecnym stanie wiedzy wydaje mi się godna uwagi, zwłaszcza biorąc pod uwagę, że znacznie łatwiej ją "testować" niż alternatywę w postaci "wczesnych archozaurów". Jeśli prześledzić ten wątek, zacząłem pisać o wczesnojurajskich krokodylomorfach w odpowiedzi na post Taurovenatora, wedle którego niedinozaurowe pochodzenie ptaków miałoby implikować długą ghost lineage. Osobom nieprzekonanym do dinozaurowego pochodzenia ptaków dość często zarzuca się nie podawanie żadnej alternatywy, także podaję wczesnojurajskie krokodylomorfy jako alternatywę na tyle sprecyzowaną, by dało się o niej rozmawiać i to bez bardzo długiej ghost lineage.

Odnoszę wrażenie, że większość danych na temat opieki nad młodymi u dinozaurów pochodzi albo od Ornithischia i Sauropoda, od których nikt nie twierdzi, że pochodzą ptaki, albo od Pennaraptora, przy których jest dyskusyjne, czy w ogóle były dinozaurami. W każdym wypadku wydaje mi się ciężko z opieki nad młodymi wyciągnąć przekonujące wnioski na temat pochodzenia ptaków.

Co się tyczy metabolizmu, z kilku powodów myślę, że metabolizm żyjących krokodyli jest wtórnie obniżony. Ogólnie mówiąc przypuszczam, że funcjonowanie układów oddechowego i pokarmowego (i być może krwionośnego?) u triasowych i jurajskich krokodylomorfów mogło pod paroma względami silniej przypominać to u ptaków, niż ma to miejsce u żyjących Crocodilia. Paru paleontologów-obrońców dinozaurowej hipotezy o pochodzeniu ptaków (choćby Bakker), jak również paru biologów badających dzisiejsze krokodyle sugerowało, że wtórne obniżenie metabolizmu u krokodyli związane było z ich półwodnym trybem życia, nurkowaniem, itd. Jak pisaliśmy powyżej, formy późnotriasowe-wczesnojurajskie często były długonogie i może nawet nadrzewne lub szybkobiegające.

Przypuszczam, że większość dinozaurów roślinożernych miało niski "typowo gadzi" metabolizm i były ektotermiczne, jak dla mnie najewidentniej ankylozaury, choć mogły istnieć też wyjątki o znacznie wyższym metabolizmie i zwłaszcza mam tu na myśli hadrozaury. Moim zdaniem dowody wskazują na to, że typowy metabolizm teropodów był "średni", tj. wyższy niż u dziś żyjących krokodyli (co nie znaczy, że krokodylomorfów triasowych i jurajskich) lecz niższy niż u dzisiejszych ptaków.

Załączam mój tekst na temat układu pokarmowego - część forumowiczów już go zna i jak można z niego wyczytać, moim zdaniem rozważania o fizjologii przeczą dinozaurowemu pochodzeniu ptaków raczej niż go wspierają.

O Scansoriopterygidae i locie już się wypowiedziałem. Problem kladystów tkwi w tym, że na każdy temat MUSZĄ mieć zdanie - komputer każdą gałaź gdzieś zakotwiczyć musi, także kladysta nie może nie posiadać zdania. Nie mam wyrobionego poglądu na temat Alvarezsauroidea i Therizinosauria i nie wiem, czym były. Na temat Ornithomimosauria i Limusaurus przypuszczam, że były wtórnie nielotnymi ptakami.


Załączniki:
Bajdek 2018 (v2), Comparative digestive physiology of archosaurs with notes on bird origins.pdf [1.05 MiB]
Pobrane 29 razy
Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 4 sierpnia 2019, o 14:31 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6484
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Hipoteza o krokodylomorfowym pochodzeniu ptaków jest zatem hipotezą roboczą. Pora na zebranie danych.
Niemniej, już przesądziłeś, że ptaki nie pochodzą od dinozaurów.

Piotr B. napisał(a):
Jeśli prześledzić ten wątek, zacząłem pisać o wczesnojurajskich krokodylomorfach w odpowiedzi na post Taurovenatora, wedle którego niedinozaurowe pochodzenie ptaków miałoby implikować długą ghost lineage.

Od początku bezskutecznie o to pytałem: "Jaka jest sensowna alternatywa dla dinozaurowego pochodzenia ptaków i dlaczego miała by lepiej tłumaczyć dane?"

Co do twierdzeń o opiece nad młodymi i metabolizmu, to się mogę zgodzić (z pewnymi nieistotnymi uwagami).

Zob. np. prace cytowane w podanym wyżej Xu i in., 2014 co do jaj)*

Piotr B. napisał(a):
Problem kladystów tkwi w tym, że na każdy temat MUSZĄ mieć zdanie - komputer każdą gałaź gdzieś zakotwiczyć musi, także kladysta nie może nie posiadać zdania.

To nie jest "problem" tylko kladystów.
Aha, czyli obecny stan wiedzy nie pozwala na ustalenie pochodzenia ptaków. Jest pewna dobrze udokumentowana hipoteza. To teraz trzeba przedstawić kontrargumenty, wskazać alternatywę i argumenty za nią. No i wykazać, dlaczego alternatywa jest lepsza.
Już cytowałem w tym wątku niekladystyczne publikacje o pochodzeniu ptaków od teropodów.

Załączony manuskrypt - polecam przeczytać komentarze na stronie PeerJ.

Piotr B. napisał(a):
Nie mam wyrobionego poglądu na temat Alvarezsauroidea i Therizinosauria i nie wiem, czym były. Na temat Ornithomimosauria i Limusaurus przypuszczam, że były wtórnie nielotnymi ptakami.

Weźmy takiego Limusaurus. Podałeś dwie, wątpliwe cechy mające świadczyć o jego ptasiości. Jednak on wygląda plezjomorficznie i ceratozaurowo, o czym świadczy np. kilkadziesiąt cech wyliczonych przez Xu i in. (2009) (tak, niektóre też są u ptaków). Co z prawdopodobnymi krewnymi Limusaurus, jak Elaphrosaurus czy Masiakasaurus? Zostają tam gdzie są czy idą za Limusaurus?*


*Jak to z reguły w tym wątku było i jest, odpowiedziałeś tylko połowicznie.

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 4 sierpnia 2019, o 16:43 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6484
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Proponuję konsensus: Pennaraptora pochodzą od Heterodontosauridae (prawdopodobnie od Manidens).

To dobry konsensus, bo:
Zadowoleni są zwolennicy koncepcji dinozaurowego pochodzenia ptaków, gdyż ta koncepcja jest przyjęta.
Zadowoleni są zwolennicy koncepcji nieteropodowego pochodzenia ptaków, gdyż ta koncepcja jest przyjęta.
Niezadowoleni są zwolennicy koncepcji teropodowego pochodzenia ptaków, gdyż ta koncepcja jest odrzucona.
Niezadowoleni są zwolennicy koncepcji niedinozaurowego pochodzenia ptaków, gdyż ta koncepcja jest odrzucona.

Argumenty za:
Heterodontosauridae były małe a chwytne dłonie i stopy [1] oraz ostre pazury pozwalały łazić po drzewach [2]. Prawdopodobnie endotermiczne. Zgodność z danymi molekularnymi.
Tianyulong miał prapióra.
Trójkątna czaszka. Okrągły oczodół. Dziób. S-kształtna szyja. Dość długie kończyny przednie. Dwunożność. Zrośnięcia kości kończyn tylnych. Ptasia stopa. Puste kości kończyn [3]. Ptasie położenie kości łonowej.
Późniejsze Heterodontosauridae są mniejsze i mają mniej zróżnicowane uzębienie niż wcześniejsze.

Brak problemu z numeracją palców.
Brak paradoksu czasowego.
Brak paradoksu nazwy Ornitischia.

Akceptujemy znaczną konwergencję między Heterodontosauridae: Pennaraptora i Theropoda (i podkladami).
Limusaurus pozostaje ceratozaurem.


[1] Becerra, M. G., Pol, D., Rauhut, O. W., & Cerda, I. A. (2016). New heterodontosaurid remains from the Cañadón Asfalto Formation: cursoriality and the functional importance of the pes in small heterodontosaurids. Journal of Paleontology, 90(3), 555-577.
[2] https://66.media.tumblr.com/ada70ee6edb ... 1_1280.jpg
[3] Butler, R. J., Galton, P. M., Porro, L. B., Chiappe, L. M., Henderson, D. M., & Erickson, G. M. (2009). Lower limits of ornithischian dinosaur body size inferred from a new Upper Jurassic heterodontosaurid from North America. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 277(1680), 375-381.

Obrazek
Obrazek

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 6 sierpnia 2019, o 21:44 
Offline
Dewoński labirintodont
Dewoński labirintodont

Dołączył(a): 15 listopada 2008, o 18:02
Posty: 285
Lokalizacja: Częstochowa
nazuul napisał(a):
Jeśli mimo zastrzeżeń trzymać się drzew molekularnych podanych w wątku, to Twoja hipoteza o krokodylowym pochodzeniu ptaków także jest błędna - gdyż ptaki są taksonem siostrzanym lub dinozaurów lub dinozaury są ptakami, ale nigdy nie mają podobnych związków z krokodylami.
Proszę bardzo... Maximum Likelihood method w oparciu o kolagen alpha-2(I). Aves grupują się z Crocodilia, a nie z Tyrannosaurus.

Wszystkie sekwencje są dostępne publicznie i bezpłatnie, podobnie jak oprogramowanie do ich analizy. Także nie ma potrzeby wierzyć Schweitzer, nie ma potrzeby wierzyć mi. Każdy może sam sprawdzić i wyciągnąć własne wnioski.


Załączniki:
analiza.png
analiza.png [ 13.51 KiB | Przeglądane 1726 razy ]
Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 7 sierpnia 2019, o 12:01 
Offline
Kredowy tyranozaur
Kredowy tyranozaur

Dołączył(a): 19 marca 2009, o 20:55
Posty: 2014
Lokalizacja: Wrocław
Imię i nazwisko: Tomasz Skawiński
Jeśli drzewo przedstawia kompletny wynik Twojej analizy, to niestety nie mówi on nam wiele. Np. nie ma żadnego niearchozaura, który mógłby służyć jako grupa zewnętrzna. U Schweitzer i in. (2009) był np. anolis, ale nawet sam anolis nie wystarczył do stworzenia poprawnego drzewa, stąd dodano sekwencje pochodzące od kilku(nastu?) kolejnych gatunków kręgowców. Po drugie, zarówno w majority-rule tree, jak i po usunięciu tyranozaura z analizy, ptaki i dinozaury tworzyły politomię. Po trzecie, przy sporej niekompletności sekwencji (która jest oczywista przy dawno wymarłych stworzeniach) takie błędy (misplacements) mogą się zdarzyć. Ponadto, jak przypuszczam, skorzystałeś z sekwencji podanych przez Schweitzer i in. (2009), podczas gdy Schroeter i in. (2017) opublikowali bardziej kompletne dane dla brachylofozaura - dane, które w ich analizie zdecydowanie przybliżyły go do ptaków (a nawet zagnieździły wewnątrz Neornithes (!), choć to oczywiście przykład takiego misplacement).


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 7 sierpnia 2019, o 15:34 
Offline
Dewoński labirintodont
Dewoński labirintodont

Dołączył(a): 15 listopada 2008, o 18:02
Posty: 285
Lokalizacja: Częstochowa
Rozbudowanej analizy nie zamieściłbym na forum, ale jest to oczywiste. Nie zamieściłem jednak analizy złej.

Większość opublikowanych sekwencji jest w 100% identyczna zarówno z sekwencjami od ptaków, jak krokodyli, przez z co z ich analizy niewiele wynika. Poniżej wykorzystałem kolagen alpha-2(I), który jest mniej konserwatywny od kolagenu aphla-1(I) i lepiej się analizuje przy krótkim łańcuchu. Wykorzystałem ten fragment sekwencji, który jest dostępny dla Tyrannosaurus.

Nikogo nie zastanawia dlaczego w analizie ze Schroeter et al. (2017) znalazło się aż 19 ptaków, ale tylko 2 krokodyle? Skąd tak absurdalna asymetria? Nikogo nie zastanawia też dlaczego zabrakło Tyrannosaurus?

W mojej analizie dysponowałem tylko dwoma dinozaurami, dałem więc tylko dwa ptaki i dwa krokodyle. Wyważyłem to zupełnie inaczej niż Ci badacze i zobaczyłem, co się stało.

Odnoszę wrażenie, że tym badaczom bardzo zależy na tym, by ich przypuszczalne dinozaurowe sekwencje zostały przciągnięte przez ptasie i wylądowały na drzewie tam, gdzie się zakłada, że powinny wylądować. Te sekwencje wzbudzają bowiem duże kontrowesje, jako że nie brakuje sceptyków widzących w nich zanieczyszczenie lub oszustwo.

Jeśli sekwencje od ptaków, krokodyli i dinozaurów są do siebie wzajemnie podobne w zbliżonym stopniu (a te znane nam owszem są), ale w analizie uwzględniamy 19 ptaków i tylko 2 krokodyle, uzyskujemy dzisięciokrotnie większe prawdopodobnieństwo, że w sekwencji od któregoś z ptaków z długiej ich listy trafi się jakiś fragment, który przyciągnie dinozaura (a jako, że mamy mało dinozaurów w analizie, a właściwie to tylko jednego dinozaura Brachylophosaurus, to automatycznie przyciągnie wszystkie dinozaury). A jak przyciągnie krokodyla, najwyżej nie opublikujemy tej wersji. Myślę, że tak to funkcjonuje.


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 7 sierpnia 2019, o 15:46 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6484
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Piotr B. napisał(a):
Nikogo nie zastanawia dlaczego w analizie ze Schroeter et al. (2017) znalazło się aż 19 ptaków, ale tylko 2 krokodyle? Skąd tak absurdalna asymetria?

Może po prostu dlatego, że >99% żyjących archozaurów to ptaki

Piotr B. napisał(a):
(...) Myślę, że tak to funkcjonuje.

a ja mam nadzieję, że uprawienie nauki funkcjonuje w sposób naukowy

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 7 sierpnia 2019, o 17:02 
Offline
Dewoński labirintodont
Dewoński labirintodont

Dołączył(a): 15 listopada 2008, o 18:02
Posty: 285
Lokalizacja: Częstochowa
nazuul napisał(a):
Piotr B. napisał(a):
Nikogo nie zastanawia dlaczego w analizie ze Schroeter et al. (2017) znalazło się aż 19 ptaków, ale tylko 2 krokodyle? Skąd tak absurdalna asymetria?

Może po prostu dlatego, że >99% żyjących archozaurów to ptaki
Linie ewolucyjne żyjących przedstawicieli krokodyli rozeszły się pod koniec wczesnej kredy lub na przełonie wczesnej i późnej kredy (Lee and Yates, 2018). Tymczasem linie ewolucyjne żyjących ptaków rozeszły się pod koniec późnej kredy (Prum et al., 2015). Odmienne mogło być tempo ewolucji molekularnej lub fizycznej, ale można argumentować, że odległości ewolucyjne pomiędzy żyjącymy krokodylami są większe niż pomiędzy żyjącymi ptakami. Krokodyle są w tym sensie bardziej zróżnicowane niż ptaki, więc myślę, że ich różnorodność winna być uwzględniana w analizach. Schroeter et al. (2017) uwzględnili 2 krokodyle obok 19 ptaków, która to asymetria jest dziwna, a co również dziwne oba krokodyle należały do pojedynczego rodzaju Alligator... Ja tymczasem użyłem przedstawicieli odmiennych rodzajów z najdalszych ewolucyjnie linii Crocodilia. Moja analiza jest od początku do końca inaczej zaprojektowana i przede wszystkim "wyważona".

Lee MSY, Yates AM. 2018 Tip-dating and homoplasy: reconciling the shallow molecular divergences of modern gharials with their long fossil record.
Proc. R. Soc. B 285: 20181071. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2018.1071

Prum, R.O., et al. 2015. A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. https://doi.org/10.1038/nature15697


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 8 sierpnia 2019, o 13:28 
Offline
Kredowy tyranozaur
Kredowy tyranozaur

Dołączył(a): 19 marca 2009, o 20:55
Posty: 2014
Lokalizacja: Wrocław
Imię i nazwisko: Tomasz Skawiński
Piotr B. napisał(a):
A jak przyciągnie krokodyla, najwyżej nie opublikujemy tej wersji.
A mimo to opublikowali ilustrację z brachylofozaurem siostrzanym do krokodyli... (Schroeter i in. 2017: Fig. 6A).

Piotr B. napisał(a):
(...) można argumentować, że odległości ewolucyjne pomiędzy żyjącymy krokodylami są większe niż pomiędzy żyjącymi ptakami. Krokodyle są w tym sensie bardziej zróżnicowane niż ptaki, więc myślę, że ich różnorodność winna być uwzględniana w analizach.
Nawet jeśli przyjąć tę argumentację (z którą jednak nie do końca się zgadzam, bo moim zdaniem istotny powinien być nie bezwzględny czas rozejścia się linii, co raczej liczba pokoleń - a odstęp międzypokoleniowy jest u ptaków zwykle znacznie mniejszy niż u krokodyli), to jednak różnorodność ptaków (rozumiana nawet tylko jako liczba różnych linii ewolucyjnych) jest nieporównanie większa niż krokodyli. Ponadto w Twojej analizie jest uwzględniony jeden ptak pierwotny (paleognatyczny struś) i jeden stosunkowo zaawansowany (gołąb z Neoaves), podczas u Schweitzer i in. (2009) były dwa dość pierwotne (struś i kurczak z Galloanserae). Może to mieć znaczenie, bo jak widzieliśmy w analizach Schroeter i in. (2017), to właśnie Galloanserae mają największy potencjał do "przyciągnięcia" dinozaurów.


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 9 sierpnia 2019, o 03:29 
Offline
Dewoński labirintodont
Dewoński labirintodont

Dołączył(a): 15 listopada 2008, o 18:02
Posty: 285
Lokalizacja: Częstochowa
Ag.Ent napisał(a):
Np. nie ma żadnego niearchozaura, który mógłby służyć jako grupa zewnętrzna. U Schweitzer i in. (2009) był np. anolis, ale nawet sam anolis nie wystarczył do stworzenia poprawnego drzewa, stąd dodano sekwencje pochodzące od kilku(nastu?) kolejnych gatunków kręgowców.
Ag.Ent napisał(a):
Piotr B. napisał(a):
(...) można argumentować, że odległości ewolucyjne pomiędzy żyjącymy krokodylami są większe niż pomiędzy żyjącymi ptakami. Krokodyle są w tym sensie bardziej zróżnicowane niż ptaki, więc myślę, że ich różnorodność winna być uwzględniana w analizach.
Nawet jeśli przyjąć tę argumentację (z którą jednak nie do końca się zgadzam, bo moim zdaniem istotny powinien być nie bezwzględny czas rozejścia się linii, co raczej liczba pokoleń - a odstęp międzypokoleniowy jest u ptaków zwykle znacznie mniejszy niż u krokodyli), to jednak różnorodność ptaków (rozumiana nawet tylko jako liczba różnych linii ewolucyjnych) jest nieporównanie większa niż krokodyli. Ponadto w Twojej analizie jest uwzględniony jeden ptak pierwotny (paleognatyczny struś) i jeden stosunkowo zaawansowany (gołąb z Neoaves), podczas u Schweitzer i in. (2009) były dwa dość pierwotne (struś i kurczak z Galloanserae). Może to mieć znaczenie, bo jak widzieliśmy w analizach Schroeter i in. (2017), to właśnie Galloanserae mają największy potencjał do "przyciągnięcia" dinozaurów.
Takie ukorzenienie drzewa, by ptaki były grupą siostrzaną dinozaurów, jest możliwe do zrobienia - załączam taką wersję, jak rówież możliwe jest inne ukorzenienie, gdzie ptaki będą grupą siostrzaną krokodyli. Bez żadnego ukorzenienia ptaki grupują się tu z krokodylami.

Tyrannosaurus i Brachylophosaurus wciąż jednak grupują się ze sobą wzajemnie, zamiast ten pierwszy z ptakami, nawet po dodaniu przedstawiciela Galloanserae. Rzutem oka widać, że analizowane sekwencje są znacznie bardziej zróżnicowane u krokodyli niż u ptaków, także krokodyle są bardziej zróżnicowane pod względem struktury kolagenu.

Na załączonym drzewie ptaki są blisko spokrewnone z dinozaurami, ale nie są dinozaurami.


Załączniki:
analiza 2.png
analiza 2.png [ 19.01 KiB | Przeglądane 1632 razy ]
Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 9 sierpnia 2019, o 19:17 
Offline
Moderator
Moderator
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 3 grudnia 2007, o 19:51
Posty: 6484
Lokalizacja: Wielkopolska
Imię i nazwisko: Maciej Ziegler
Dopatrujesz się działania mającego na celu wsparcie dominującej hipotezy (i jak się okazuje błędnie, skoro kladogram grupujący ptaki z krokodylami został opublikowany), podczas gdy prostszym wyjaśnieniem takiego doboru jest dostępność próbek (zdziwiłbym się widząc w takim badaniu z 30 krokodyli i 30 ptaków). To nie jest dziedzina gdzie w tle są wielkie pieniądze czy ideologia, aby dopatrywać się takich manipulacji.

_________________
Obrazek
[Stamp: Apsaravis] [Avatar: P. Weimer, CC BY-NC-SA 2.0]


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
 Tytuł: Re: Pochodzenie ptaków: dinozaury czy inna grupa
PostNapisane: 10 sierpnia 2019, o 13:34 
Offline
Paleogeński prawaleń
Paleogeński prawaleń
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 23 czerwca 2009, o 10:40
Posty: 3886
Lokalizacja: B-B
Imię i nazwisko: Marcin Szermański
nazuul napisał(a):
To nie jest dziedzina gdzie w tle są wielkie pieniądze czy ideologia, aby dopatrywać się takich manipulacji.

Też mi się tak wydaje. O ile np. rewelacje z dziedziny egiptologii mogą być stopowane (m.in. konieczność pisania podręczników do historii od podstaw), to w paleontologii (dinozaurologii) osobiście nie widzę żadnych objawów "zabetonowania" środowiska naukowego. Ba - chyba niemal każdy paleontolog marzy o jakimś wielkim odkryciu, które wywróciłoby do góry nogami obecnie panujący konsensus. Umysły paleontologów zdają się być elastyczne, a sensacyjne odkrycia są nagłaśniane, nie tuszowane ani manipulowane. Tylko trzeba twardych dowodów. Chyba każda dekada od XIX w. miała swoją paleontologiczną bombę.

Posty dotyczące blokowania badań egiptologicznych zostały wyodrębnione do osobnego tematu: http://www.forum.dinozaury.com/viewtopi ... =30&t=7262

_________________
"Mastodon sapiens"


Góra
 Zobacz profil  
Cytuj  
Wyświetl posty nie starsze niż:  Sortuj wg  
Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 94 ]  Przejdź na stronę Poprzednia strona  1, 2, 3, 4

Strefa czasowa: UTC + 1


Kto przegląda forum

Użytkownicy przeglądający ten dział: Brak zidentyfikowanych użytkowników i 1 gość


Nie możesz rozpoczynać nowych wątków
Nie możesz odpowiadać w wątkach
Nie możesz edytować swoich postów
Nie możesz usuwać swoich postów
Nie możesz dodawać załączników

Szukaj:
Skocz do:  
cron
Copyright © 2005-2013 Dinozaury.com! - z nami przeniesiesz się w czasie...
Powered by phpBBphpBB Group
Template made by DEVPPL/ThatBigForum
Przyjazne użytkownikom polskie wsparcie phpBB3 - phpBB3.PL