Forum Dinozaury.com

Forum Dinozaury.com

z nami przeniesiesz się w czasie...
 
Teraz jest 21 stycznia 2018, o 05:17

Strefa czasowa: UTC + 1




Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 31 ]  Przejdź na stronę Poprzednia strona  1, 2
Autor Wiadomość
 Tytuł:
PostNapisane: 24 maja 2009, o 12:40 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2175
Szczerze mówiąc filogenetyk musi wiedzieć jak badać pokrewieństwa i jak one wyglądają w świetle ostatnich badań. Natomiast jeśli publikuje swe badania wg 1 nomenklatury, to nie musi znać się na drugiej, zwłaszcza jeśli w interesujących go grupach phylocode'a się nie stosuje. Oczywiście lepiej żeby znał oba systemy, ale nie ma takiej konieczności.
Oczywiście "nikomu" i "system lineuszowski" to były skróty myślowe, o czym sam wiesz.
Dyskusję Twoją z Dawidem czytałem. Dalej jestem zdania, że filokod jest wygodny dopóki bazujemy na niewielkiej liczbie taksonów. Jeżeli jest ich dużo, potrzebujemy drzewa, żeby się nie pogubić. Wtedy tradycyjny system ma przewagę, bo można się w nim swobodnie poruszać, nawet gdy taksonów jest dużo. Możliwe, że system tradycyjny jest bardziej mętny przy definiowaniu taksonów, ale za to jest plastyczny i cierpliwie znosi wszelkie zmiany.

_________________
Biologia UW


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł:
PostNapisane: 28 maja 2009, o 16:54 
Offline
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 15 marca 2006, o 12:39
Posty: 1599
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Utahraptor napisał(a):
Szczerze mówiąc filogenetyk musi wiedzieć jak badać pokrewieństwa i jak one wyglądają w świetle ostatnich badań.


Ale nie musi znac nomenklature filogenetyczna. ;)

Utahraptor napisał(a):
Natomiast jeśli publikuje swe badania wg 1 nomenklatury, to nie musi znać się na drugiej, zwłaszcza jeśli w interesujących go grupach phylocode'a się nie stosuje.


Dokladnie.

Utahraptor napisał(a):
Oczywiście lepiej żeby znał oba systemy, ale nie ma takiej konieczności.


Zgadzam sie.

Utahraptor napisał(a):
Oczywiście "nikomu" i "system lineuszowski" to były skróty myślowe, o czym sam wiesz.


Tak, domyslilem sie, ale chcialem to podkreslic. ;)

Utahraptor napisał(a):
Dalej jestem zdania, że filokod jest wygodny dopóki bazujemy na niewielkiej liczbie taksonów. Jeżeli jest ich dużo, potrzebujemy drzewa, żeby się nie pogubić.


Zgadzam sie, ze sama nazwa "Squamata" nic nie mowi o tym, jak obszerna ta grupa jest. To ale nie znaczy, ze juz sam fakt, ze chodzi o definiowana nazwe, nie ma wiekszej wagi niz jakakolwiek ranga! Jak napisalem Dawidowi:

Daniel Madzia napisał(a):
Dawid Mazurek napisał(a):
Rangi są bardzo przydatne. Słysząc "rodzina" mam od razu w głowie obraz zmienności morfologicznej jakiej się mogę spodziewać w obrębie tej grupy (wspólny plan budowy charakterystyczny dla typu i dalsze daleko idące specjalizacje, sprawiające że wszystkie rodzaje z tej grupy są dość podobne). Płynne i niejednoznaczne? - Ale działa! ;)


Nie mam zamiar twierdzic, ze ja wyobrazam sobie pod pojeciem "rodzina" cos innego. Ja wyobrazam sobie stosunkowo niewielka grupe razem spokrewnionych organizmow (czesto morfologicznie podobnych). Jednak odkrywajac nowy podobny organizm i przyjmujac, ze w ramach roznych rodzin wystepuja roznie duze roznice, nie jestem w stanie z "rangowym" systemem powiedziec czy ten organizm to przedstawiciel juz znanej rodziny, czy przedstawia on inna rodzine. Fajnym przykladem sa nietoperze. Dlaczego rodzaj Icaronycteris nie nalezy do Icaronycteridae, ale do Archaeonycteridae? A czy tu jest naprawde tak duza roznica by Onychonycteris musial nalezec do nowej rodziny Onychonycteridae?


Czyli:

Utahraptor napisał(a):
Wtedy tradycyjny system ma przewagę, bo można się w nim swobodnie poruszać, nawet gdy taksonów jest dużo.


Znow zacytuje odpowiedz, ktora napisalem Dawidowi:

Daniel Madzia napisał(a):
Wg [...] Bentona (1997), a raczej jego "rangologii", nie tylko ptaki nie sa dinozaurami, ale ani maniraptory nie leza w ramach dinozaurow (nie leza nawet w ramach archozaurow, bo sa na tym samym poziomie); ssaki nie sa synapsydami, ptaki nie sa diapsydami... On sam to ale nie pisze, bo w swojej klasyfikacji uwzglednia filogeneze. Tu jest naprawde przepieknie pokazane, jak "uzyteczne" sa rangi. Niemowiac juz o tym, ze to "wersja" jednego czlowieka. Inni uzywaja innych rangow (o roznych poziomach).


Nie zgadzam sie wiec z Toba w tym, ze "tradycyjny system ma przewagę, bo można się w nim swobodnie poruszać". Wg mnie nie mozna... Nie widze w tym logiki. Nomenklatura filogenetyczna ma sporo wzytych wyrazow, ktore czynia nomenklature dokladniejsza (po roznych wyrazach mozna sie orientowac, z czym mamy do czynienia - i nawet czy dana grupa obejmuje istniejace organizmy, czy nie).

Utahraptor napisał(a):
Możliwe, że system tradycyjny jest bardziej mętny przy definiowaniu taksonów


On w pierwszym rzedzie nic nie definiuje. A taksony same nie moga byc definiowane (tylko ich nazwy).

Utahraptor napisał(a):
ale za to jest plastyczny i cierpliwie znosi wszelkie zmiany.


Nomenklatura filogenetyczna znosi je duzo lepiej. :) Przy zmianie w systemie bazowanym na rangach musisz sam czachrowac z nazwami i rangami. Definiowane nazwy same sobie szukaja swoich grup. Ty sam nie musisz nic robic (tylko definiowac na podstawie logicznych zasad). Rangi mozesz ignorowac...

_________________
Wild Prehistory


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł:
PostNapisane: 30 maja 2009, o 14:19 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2175
Daniel Madzia napisał(a):
Utahraptor napisał(a):
Dalej jestem zdania, że filokod jest wygodny dopóki bazujemy na niewielkiej liczbie taksonów. Jeżeli jest ich dużo, potrzebujemy drzewa, żeby się nie pogubić.


Zgadzam sie, ze sama nazwa "Squamata" nic nie mowi o tym, jak obszerna ta grupa jest. To ale nie znaczy, ze juz sam fakt, ze chodzi o definiowana nazwe, nie ma wiekszej wagi niz jakakolwiek ranga!

Może i definicja jest precyzyjniejsza niż ranga, ale jeżeli coś czytam, piszę lub mówię o jakiejś grupie organizmów, to dzięki rangom nie muszę szukać drzewa filogenetycznego, albo czytać definicji bym, ja albo słuchacze/czytelnicy wiedzieli o jakiej grupie organizmów dokładnie mówię itd.
Daniel Madzia napisał(a):
Jak napisalem Dawidowi:

Dawid Mazurek napisał(a):
Rangi są bardzo przydatne. Słysząc "rodzina" mam od razu w głowie obraz zmienności morfologicznej jakiej się mogę spodziewać w obrębie tej grupy (wspólny plan budowy charakterystyczny dla typu i dalsze daleko idące specjalizacje, sprawiające że wszystkie rodzaje z tej grupy są dość podobne). Płynne i niejednoznaczne? - Ale działa! ;)


Nie mam zamiar twierdzic, ze ja wyobrazam sobie pod pojeciem "rodzina" cos innego. Ja wyobrazam sobie stosunkowo niewielka grupe razem spokrewnionych organizmow (czesto morfologicznie podobnych). Jednak odkrywajac nowy podobny organizm i przyjmujac, ze w ramach roznych rodzin wystepuja roznie duze roznice, nie jestem w stanie z "rangowym" systemem powiedziec czy ten organizm to przedstawiciel juz znanej rodziny, czy przedstawia on inna rodzine. Fajnym przykladem sa nietoperze. Dlaczego rodzaj Icaronycteris nie nalezy do Icaronycteridae, ale do Archaeonycteridae? A czy tu jest naprawde tak duza roznica by Onychonycteris musial nalezec do nowej rodziny Onychonycteridae?

Gdy znajdujesz nowy organizm, to szukasz rodzaju, do którego jest najbardziej podobny. Jeżeli różnice między nim, a innymi rodzajami są zbyt duże, sprawdzasz do której rodziny jest najbardziej podobny. Wtedy tworzysz nowy rodzaj, który dołącza do którejś z rodzin. Jeśli nie jesteś w stanie przypisać go do znanej rodziny, to szukasz w wyższej randze itd. Proste.
Oczywiście klasyfikacja ta jest czysto arbitralna, ale jeżeli uzasadnisz nowy takson odpowiednimi argumentami naukowymi, to zostanie on przyjęty i zaakceptowany. Dziwisz się, że tego nietoperza sklasyfikowano w tej rodzinie, a tamtego w innej? Sprawdź uzasadnienie w odpowiedniej publikacji :) .
Daniel Madzia napisał(a):
Czyli:
Utahraptor napisał(a):
Wtedy tradycyjny system ma przewagę, bo można się w nim swobodnie poruszać, nawet gdy taksonów jest dużo.


Znow zacytuje odpowiedz, ktora napisalem Dawidowi:

Daniel Madzia napisał(a):
Wg [...] Bentona (1997), a raczej jego "rangologii", nie tylko ptaki nie sa dinozaurami, ale ani maniraptory nie leza w ramach dinozaurow (nie leza nawet w ramach archozaurow, bo sa na tym samym poziomie); ssaki nie sa synapsydami, ptaki nie sa diapsydami... On sam to ale nie pisze, bo w swojej klasyfikacji uwzglednia filogeneze. Tu jest naprawde przepieknie pokazane, jak "uzyteczne" sa rangi. Niemowiac juz o tym, ze to "wersja" jednego czlowieka. Inni uzywaja innych rangow (o roznych poziomach).


Nie zgadzam sie wiec z Toba w tym, ze "tradycyjny system ma przewagę, bo można się w nim swobodnie poruszać". Wg mnie nie mozna... Nie widze w tym logiki. Nomenklatura filogenetyczna ma sporo wzytych wyrazow, ktore czynia nomenklature dokladniejsza (po roznych wyrazach mozna sie orientowac, z czym mamy do czynienia - i nawet czy dana grupa obejmuje istniejace organizmy, czy nie).

Nie tyle ptaki nie są diapsydami wg. Bentona, co wyewoluowały z nich w nową jakość. Są na tyle zmienione w porównaniu do innych diapsydów, że wydziela się je z nich. Jest to sztuczne i trochę problematyczne, gdy znajdujemy formy pośrednie, ale wygodne. Dlaczego? Bo nazwa nam wtedy powie więcej o wyglądzie zwierzaka. 1.Diapsyd? - a to ten z łuskami i dwoma otworami w czaszce (tradycyjnie). 2.Diapsyd? - ale chodzi o krokodyla, ptaka, czy żółwia, czy jeszcze coś innego? (filogenetycznie). Mam na myśli, to że dzielimy organizmy sztucznie, na łatwo odróżnialne zbiory, w których łatwo się poruszać. Należy dodać, że są to zbiory parafiletyczne i monofiletyczne, więc nie powinny kłuć w oczy filogenetyków.
Daniel Madzia napisał(a):
Utahraptor napisał(a):
ale za to jest plastyczny i cierpliwie znosi wszelkie zmiany.


Nomenklatura filogenetyczna znosi je duzo lepiej. :) Przy zmianie w systemie bazowanym na rangach musisz sam czachrowac z nazwami i rangami. Definiowane nazwy same sobie szukaja swoich grup. Ty sam nie musisz nic robic (tylko definiowac na podstawie logicznych zasad). Rangi mozesz ignorowac...


Jak powiedział Dawid: Czas pokaże.

Jeszcze wróćmy do nowego taksonu. Napisałem jak się go klasyfikuje wg. tradycyjnej nomenklatury. Jak to zrobić wg. filokodu? Trzeba metodami kladystycznymi stworzyć drzewo. Na podstawie tego drzewa sprawdzasz do jakiego kladu/taksonu jest on siostrzany. Łączysz je wtedy w nowy klad zawierający oba i zaliczasz do kladów, które są zawierają w sobie ten nowy. Pojawiają się conajmniej 2 problemy.
Obecnie badacze, publikując nowy rodzaj, dodają od siebie nową nazwę kladu, zawierający ten nowy i siostrzany klad/rodzaj do niego. Robi się tego za dużo. Dobra systematyka to taka, która nie jest za bardzo rozrośnięta. Dlatego Protista dzielimy na kilka typów, a nie kilkadziesiąt.
Gdy mamy współczesny organizm, to mamy dane molekularne, które, właściwie użyte i zinterpretowane, dają nam właściwy obraz filogenezy. Natomiast organizmy kopalne badamy na podstawie danych morfologicznych. Zależnie od przyjętej macierzy danych oraz taksonów użytych w analizie kladystycznej, otrzymamy różne drzewa. Dlatego jest to nie mniej arbitralne niż tradycyjne sposoby. W dodatku wiemy bardzo niewiele o rzeczywistej filogenezie np. gadów. Dlatego nomenklatura przypisana do filogenezy, której nie znamy, albo dopiero poznajemy, jest sztuczna, żeby nie powiedzieć fałszywa.

_________________
Biologia UW


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł:
PostNapisane: 31 maja 2009, o 01:38 
Offline
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur

Dołączył(a): 19 marca 2009, o 20:55
Posty: 1842
Lokalizacja: Wrocław
Imię i nazwisko: Tomasz Skawiński
Utahraptor napisał(a):
(...) jeżeli coś czytam, piszę lub mówię o jakiejś grupie organizmów, to dzięki rangom nie muszę szukać drzewa filogenetycznego, albo czytać definicji bym, ja albo słuchacze/czytelnicy wiedzieli o jakiej grupie organizmów dokładnie mówię itd.
Czyli to ranga sprawia, że mówiąc "ptak" masz na myśli ptaka? :) Nie chciałem się za bardzo wtrącać do dyskusji, bo interesuję się tym od niedawna i dopiero zaczynam powoli rozumieć; na początku też nie zgadzałem się z zapisem PhyloCode'u zalecającym niestosowanie rang. Teraz jednak widzę, że sprawia to same kłopoty - powoduje, że dany takson jest w klasyfikacji "wyrwany z kontekstu", tak jak np. ptaki są oderwane od dinozaurów - i tu się do końca nie zgodzę z Utahraptorem, że są na tyle odmienne od innych diapsydów, że można je z nich wydzielić - bo czemu np. ptakiem miałby być Archaeopteryx, a Microraptor pozostać "gadem", choć ten drugi jest bardziej "ptasi"? :)

PS. Pomijam tu rozbieżności w definicjach nazwy Aves: ja przyjąłem tutaj: Aves = < Archaeopteryx lithographica + Passer domesticus

PPS. Sorry, jeśli piszę głupoty albo banały :)


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł:
PostNapisane: 31 maja 2009, o 10:53 
Offline
Moderator
Moderator

Dołączył(a): 22 października 2007, o 18:29
Posty: 2175
Miło, że prezentujesz swój pogląd w tej dyskusji :)
Wszyscy się uczymy, ja się uczę od Daniela, on poznaje argumenty przeciw. Podejrzewam, że gdyby nie on, nie dowiedziałbym się tyle o filokodzie, za co jestem mu wdzięczny. Nie wiem jeszcze, czy, jeśli zostanę naukowcem, będę używał tej nomenklatury, czy tamtej. Ważne by znać wady i zalety obu.
Taksony w tradycyjnej klasyfikacji nie są wyrwane z kontekstu. Po prostu jest podział na systematykę i filogenezę. Pierwsze to narzędzie, drugie to dziedzina nauki (moim zdaniem). Narzędzie powinno być proste, łatwe w użyciu i uniwersalne. Systematykę wykorzystuje się we wszystkich dziedzinach biologii, dlatego dobrze, żeby każdy biolog mógł jej swobodnie używać, bez czasochłonnego zagłębiania się w nią. Filogenetyka jest bardzo złożona, więc systematyka odzwierciedlająca filogenezę byłaby bardzo skomplikowana. Łatwiej jest podzielić arbitralnie organizmy na kilka łatwo odróżnialnych grup niż na kolejne ciągi kladogenezy. Granice i tak będą sztuczne, dokładnej filogenezy nie znamy.

_________________
Biologia UW


Góra
 Zobacz profil  
 
 Tytuł:
PostNapisane: 31 maja 2009, o 17:02 
Offline
Jurajski allozaur
Jurajski allozaur
Avatar użytkownika

Dołączył(a): 15 marca 2006, o 12:39
Posty: 1599
Lokalizacja: Třinec, Česká republika
Ag.Ent napisał(a):
na początku też nie zgadzałem się z zapisem PhyloCode'u zalecającym niestosowanie rang.


Nie, FiloKod nie zaleca niestosowanie rangow. On je tylko nie wymaga. Zob. Note 3.1.2.

Utahraptor napisał(a):
Narzędzie powinno być proste, łatwe w użyciu i uniwersalne. Systematykę wykorzystuje się we wszystkich dziedzinach biologii, dlatego dobrze, żeby każdy biolog mógł jej swobodnie używać, bez czasochłonnego zagłębiania się w nią.


Zgoda.

Utahraptor napisał(a):
Filogenetyka jest bardzo złożona, więc systematyka odzwierciedlająca filogenezę byłaby bardzo skomplikowana.


A nie jest. ;) Tylko zeby to stwierdzic, trzeba o tym poczytac. ;) Mysle, ze najbardziej komplikowany jest poczatek. Trzeba to sobie po prostu poukladac w glowie.

Utahraptor napisał(a):
Granice i tak będą sztuczne, dokładnej filogenezy nie znamy


Granice [zasiegu nazw w ramach nomenklatury filogenetycznej] sa tak dokladne, jak tylko moga byc. Nikt oczywiscie nie jest w stanie absolutnie dokladnie stwierdzic zasieg poszczegolnych nazw, na podstawie definicji ale jestesmy w stanie "czytac" z kladogramow. ;) Z systemem opartym na rangach to nie jest mozliwe. On tego nie potrafi, bo w jego ramach nazwy nie maja zasieg.

_________________
Wild Prehistory


Góra
 Zobacz profil  
 
Wyświetl posty nie starsze niż:  Sortuj wg  
Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 31 ]  Przejdź na stronę Poprzednia strona  1, 2

Strefa czasowa: UTC + 1


Kto przegląda forum

Użytkownicy przeglądający ten dział: Brak zidentyfikowanych użytkowników i 1 gość


Nie możesz rozpoczynać nowych wątków
Nie możesz odpowiadać w wątkach
Nie możesz edytować swoich postów
Nie możesz usuwać swoich postów
Nie możesz dodawać załączników

Szukaj:
Skocz do:  
cron
Copyright © 2005-2013 Dinozaury.com! - z nami przeniesiesz się w czasie...
Powered by phpBBphpBB Group
Template made by DEVPPL/ThatBigForum
Przyjazne użytkownikom polskie wsparcie phpBB3 - phpBB3.PL